首先QTL是数量性状位点,比如身高是一个数量性状,其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点,而eQTL就是控制数量性状表达位点,即能控制数量性状基因(如身高基因)表达水平高低的那些基因的位点. 数量性状基因座:控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座.常利用DNA分子标记技术对这些区域进行定位,与连续变化的数量性状表型有密切关系 表达数量性状基因座(expression Quantitative Trait Loci,eQTL)是对上述概念的进一步深化,它指的是染色体上一些能特定调控…

一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs. 基因组位点,解释了基因表达的变化. A quantitative trait locus (QTL) is a section of DNA (the locus) which correlates wi…

到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL,一说到中文名就清楚了,数量性状位点,就是一个性状,比如身高,会由成百上千个基因来决定,目的简单明确,那么我们如何找到这些位点呢? Quantitative Trait Locus (QTL) Analysis - 来自nature的介绍 实现层面,其实研究的不是基因,而是染色体上的区段,更明确的说就…

文件上传 Spring MVC 为文件上传提供了直接的支持,这种支持是通过即插即用的 MultipartResolver 实现的.Spring 用 Jakarta Commons FileUpload 技术实现了一个MultipartResolver 实现类:CommonsMultipartResovlerSpring MVC 上下文中默认没有装配 MultipartResovler,因此默认情况下不能处理文件的上传工作,如果想使用 Spring 的文件上传功能,需现在上下文中配置 Multip…

R的速度慢一直被人诟病,最近做一个比较大的dataset的分析,跑得实在太慢,发现症结是R的data frame的index太慢: 以下为测试: gene_list = 1:100000 eQTL_mat = matrix(nrow = length(gene_list), ncol = 7) # 创建一个matrix eQTL_df = as.data.frame(matrix(nrow = length(gene_list), ncol = 7)) # 创建一个data frame eQTL…

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

CreateFile Creates or opens a file or I/O device. The most commonly used I/O devices are as follows: file, file stream, directory, physical disk, volume, console buffer, tape drive, communications resource, mailslot, and pipe. The function returns a…

转自:http://www.gogoqq.com/ASPX/8390905/JournalContent/1303140588.aspx 研究了近半年的算法,记录下来给自己一个交代,也应该是考G前地最后一篇日志了. Weighted Gene Co-Expression Network Analysis中文名有翻译成加权关联网络分析的,感觉不是很恰当,英文来得比较直接.本来是佟昊从老汪那拿的一个课题,因为看起来比较有意思就把文章找来慢慢啃,到现在算是捣鼓出点名堂了.方法是UCLA的一个教授提出来…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…