第三章，DNA序列的进化演变

31.前言 3.1.两个序列间的核苷酸差异来自同一祖先序列的两条后裔序列,之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大.简单的计量方法,p距离 3.2.核苷酸代替数的估计 3.3.Jukes和Cantor模型该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生,且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种核苷酸中的一种.因此,每个位点每年的核苷酸代替率γ=3α 3.4.Kimura两参数法在实际情况中,转换替代速率大于颠换速率.考虑到该情况,Kimura提出了新模型,来计算每个位点的氨基酸替代数.…

DNA序列对齐问题

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i…

第三章 RNA测序

第三章 RNA测序 RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

DNA序列(JAVA语言)

package 第三章习题; /* * 输入m个长度均为n的DNA序列,求一个DNA序列,到所有序列的总Hamming距离尽量小. * 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数, * 例如,ACGT和GCGA的Hamming距离为2(左数第1, 4个字符不同). 输入整数m和n(4≤m≤50, 4≤n≤1000), 以及m个长度为n的DNA序列(只包含字母A,C,G,T), 输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离. 如有多解,要求为字典序最小的解.…

[LeetCode] Repeated DNA Sequences 求重复的DNA序列

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

《Linux命令行与shell脚本编程大全》第三章学习笔记

第三章:基本的bash shell命令 bash程序使用命令行参数来修改所启动shell的类型参数描述 -c string 从string中读取命令并处理他们 -r 启动限制性shell,限制用户在默认目录下活动 -i 启动交互性shell,允许用户输入 -s 从标准输入读取命令环境变量PS1.PS2 PS1:控制默认命令行提示符格式 PS2:控制后续命令行提示符格式 bash shell提示符字符串中使用的特殊字符字符描述 \a 报警字符 \d “日月年”格式显示的日期 \e…

[转]Windows Shell 编程第三章【转自：http://blog.csdn.net/wangqiulin123456/article/details/7987901】

第三章操作文件我依然清楚地记得,Windows95 的贝塔版出现的情形,它在朋友之间和学院中传播,好酷,全新的文件管理器,一种全图标,全彩色可客户化的界面,以及活泼的动画标识使得在文件拷贝和删除方面的操作更容易和直观. 作为真正的软件狂人,我们能为一个比萨饼的奖金开始竞赛,一直以求成为第一个能够编程再造如此行为的人—即,怎样以动画方式拷贝文件.花了几个小时的时间才在一大堆新函数中找出了SHFileOperation()函数,这是一个响应动画拷贝的API函数,它也是探测器执行所有文件操作的函数…

第三章传奇的开始--Delphi（附读书笔记）

第三章传奇的开始--Delphi "是惊世之作的Delphi让Borland重新站了起来,没有当初的Delphi,就没有今日的Borland!" "是Turbo Pascal诞生了Borland,但却是Object Pascal给予了Borland重生的机会!" 创造传奇故事的主角--Delphi 没有人会知道在两年后Borland C/C++会遭遇到这么大的失败,也没有人会预料到Borland又会再次因为Pascal而东山再起.Borland奋斗史精彩的地方就在…

[Python笔记][第二章Python序列-复杂的数据结构]

2016/1/27学习内容第二章 Python序列-复杂的数据结构堆 import heapq #添加元素进堆 heapq.heappush(heap,n) #小根堆堆顶 heapq.heappop(heap) #列表转换为堆 heapq.heapify(myheap) #替换堆顶元素 heapq.heapreplace(myheap,6) #返回前三个最大最小的元素 heapq.nlargest(3,myheap) heapq.nsmallest(3,myheap) #更多请查阅资料队列…

python学习笔记——第三章串

第三章字符串学习 1.字符串不灵活, 它不能被分割符值 >>> format = "hello, %s. %s enough for ya?" >>> values = ('world','hot') >>> print (format % values) #在%的左側放置一个字符串(格式化字符串),右側放置希望格式化的值 hello, world. hot enough for ya? >>> format =…

简学Python第三章__函数式编程、递归、内置函数

#cnblogs_post_body h2 { background: linear-gradient(to bottom, #18c0ff 0%,#0c7eff 100%); color: #fff; padding: 3px; margin: 10px 0px; font-family: "微软雅黑", "宋体", "黑体", Arial } Python第三章__函数式编程.递归.闭包欢迎加入Linux_Python学习群群号:478…

Netty5序章之BIO NIO AIO演变

Netty5序章之BIO NIO AIO演变 Netty是一个提供异步事件驱动的网络应用框架,用以快速开发高性能.高可靠的网络服务器和客户端程序.Netty简化了网络程序的开发,是很多框架和公司都在使用的技术.更是面试的加分项.Netty并非横空出世,它是在BIO,NIO,AIO演变中的产物,是一种NIO框架.而BIO,NIO,AIO更是笔试中要考,面试中要问的技术.也是一个很好的加分项,加分就是加工资,你还在等什么?本章带你细细品味三者的不同! 流程图: 技术:BIO,NIO,AIO 说明:g…

DNA序列局部比对（Smith–Waterman algorithm）

生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现. 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm. DNA序列局部比对转载请保留出处! import numpy as np import pandas as pd sequence1 = 'TGTTACGG' sequence2 = 'GGTTGACTA' s1 = '' s2 = ''…

Android艺术开发探索第三章————View的事件体系（下）

Android艺术开发探索第三章----View的事件体系(下) 在这里就能学习到很多,主要还是对View的事件分发做一个体系的了解一.View的事件分发上篇大致的说了一下View的基础知识和滑动,现在我们再来聊聊一个比较核心的知识点,那就是事件分发了,而且他还是一个难点,我们更加应该掌握,View的滑动冲突一直都是很苦恼的,这里,我们就来一起探索一下 1.点击事件的传递规则我们分析的点击事件可不是View.OnClickListener,而是我们MotionEvent,即点击事件,关于M…

Android艺术开发探索第三章——View的事件体系（上）

Android艺术开发探索第三章----View的事件体系(上) 我们继续来看这本书,因为有点长,所以又分了上下,你在本片中将学习到 View基础知识什么是View View的位置参数 MotionEvent和TouchSlop VelocityTracker,GestureDetector和Scroller View的滑动使用scrollTo/scrollBy 使用动画改变布局参数各种滑动方式的对比弹性滑动使用Scroller 通过动画' 使用延时策略这章的概念偏自定义View方…

程序员编程艺术：第三章续、Top K算法问题的实现

程序员编程艺术:第三章续.Top K算法问题的实现作者:July,zhouzhenren,yansha. 致谢:微软100题实现组,狂想曲创作组. 时间:2011年05月08日微博:http://weibo.com/julyweibo . 出处:http://blog.csdn.net/v_JULY_v . wiki:http://tctop.wikispaces.com/. --------------------------------------…

《深入理解Java虚拟机》读书笔记（第三章）

垃圾收集器与内存分配策略(第三章) 前言,众所周知,Java是由c++进化而来,c++在内存需自己申请,自己释放,于是就有了Java的动态内存分配.书的第三章开篇,有这样一句话描述的很妙——Java与C++之间有一堵由内存动态分配和垃圾收集技术所围成的“高墙”,墙外的人想进去,墙内的人却想出来. 如何判断对象已经死去引用计数器法概述:给对象添加一个引用计数器,每当有一个地方引用它时,计数器值就加1:引用失效,计数器就减1:当一个对象的引用计数器为0时,表示对象已死,可回收优点:实现简单,并…

python全栈开发中级班全程笔记（第二模块、第三章）（员工信息增删改查作业讲解）

python全栈开发中级班全程笔记第三章:员工信息增删改查作业代码作业要求: 员工增删改查表用代码实现一个简单的员工信息增删改查表需求: 1.支持模糊查询,(1.find name ,age form staff_table where age > 22(查找 staff_fable (文件)内所有 age > 22 的name 和 age全部打印)(2.find * from staff_table where dept = "IT"(查找所有部门是 IT的所有列打印…

Python3-Cookbook总结 - 第三章：数字日期和时间

第三章:数字日期和时间在Python中执行整数和浮点数的数学运算时很简单的. 尽管如此,如果你需要执行分数.数组或者是日期和时间的运算的话,就得做更多的工作了. 本章集中讨论的就是这些主题. Contents: 3.1 数字的四舍五入 3.2 执行精确的浮点数运算 3.3 数字的格式化输出 3.4 二八十六进制整数 3.5 字节到大整数的打包与解包 3.6 复数的数学运算 3.7 无穷大与NaN 3.8 分数运算 3.9 大型数组运算 3.10 矩阵与线性代数运算 3.11 随机选择 3.12…

Netty序章之BIO NIO AIO演变

Netty序章之BIO NIO AIO演变 Netty是一个提供异步事件驱动的网络应用框架,用以快速开发高性能.高可靠的网络服务器和客户端程序.Netty简化了网络程序的开发,是很多框架和公司都在使用的技术.更是面试的加分项.Netty并非横空出世,它是在BIO,NIO,AIO演变中的产物,是一种NIO框架.而BIO,NIO,AIO更是笔试中要考,面试中要问的技术.也是一个很好的加分项,加分就是加工资,你还在等什么?本章带你细细品味三者的不同! 流程图: 技术:BIO,NIO,AIO 说明:gi…