TCGA一些数据库

最出名,http://www.cbioportal.org/ 特色:最基本的简单分析基因突变.共表达/共突变的基因,下载数据也可以,最常看的应该还是oncoPrint那个. 详细用法:TCGA数据库的数据怎么查? 最方便,Ge-mini 特色:手机app,可随时查看,主要关注基因表达量的变化详细用法:装这个app,妈妈再不骂我捧着手机不干正事了最细致,http://ualcan.path.uab.edu/index.html 特色:1. 对肿瘤样本做了很细很专业的分组subgroup,生存分…

TCGA系列--TCGA可视化数据库GEPIA

中国大牛力作张泽民: http://gepia.cancer-pku.cn/index.html http://cancer-pku.cn/…

TGCA数据的标准化以及差异分析--转载

转载果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中…

JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读…

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法北大\ 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

肿瘤数据库除了TCGA，还有TCIA--转载

TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析. 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的.这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择. 01 Patients list模块 TCIA分别对每个病人进行分析,数据也提供下载,我们可以看到提供了ID.疾病.性别和年龄信息,我们重点关注IPS这一列的信息,IPS这一列有4个项目,有不同的属性,作者在文章中表示IPS(immunophe…

用TCGA数据库分析癌症和癌旁组织的表达差异

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左…

TCGA phenotype各列的含义

Property name Description kind The resource type. aliquots[] List of barcodes of aliquots taken from this participant. clinical_data The clinical data about the participant. clinical_data.ParticipantBarcode Participant barcode. clinical_data.Project…

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据--转载

转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多boxplot参数 - 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据 - 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析 - 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析 - 用突变数据做生存分析 - 多个基因在多…

TCGA收官之作—27篇重磅文献绘制“泛癌图谱”

TCGA的关键数字:图片来源<细胞> 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划于2006年联合启动,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量.全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱.这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,同时研究者也将它们与临床和影像数据相关联,展…

Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库--转载

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序…

肿瘤基因组学数据库终结者：cBioPortal---转载

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以…

TCGA三个在线可视化网站

1.>c-Bioportal: www.cbioportal.org 整合和简化了包括TCGA,ICGC以及GEO等多个癌症基因组数据库的内容,提供友好可视化的界面,可供下载. 主要展示基因的somatic 突变谱,拷贝数变化,mRNA&miRNA表达量变化,DNA甲基化以及蛋白质表达的情况,并结合患者的临床资料,展示了KM生存曲线. 2.>OncoLnc: www.oncolnc.org 这是一个整合了TCGA的各种RNA数据和患者临床数据,提供生存分析的网站,灰常简单好用. 3.&…

TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas,TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院(National Cancer Institute,NCI)和美国国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute,NHGRI)于2006年联合启动的项目,目前共计研究33种癌症类型. TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术,从基因组.表观遗传组.转录组.蛋白质组等多个层析解析癌症的分子机制.最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关…

Oncomine 数据库

网址 https://www.oncomine.org/resource/login.html Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台,旨在挖掘癌症基因信息.Oncomine 拥有最全的癌症突变谱.基因表达数据以及相关的临床信息,可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点. Oncomine 整合了GEO.TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据. Oncomine 的使用并非免费的.需要学术研究机构的邮箱注册. 通过Oncomine,可以进行差异表达…

2. 在TCGA中找到并下载意向数据

听说过别人用生信分析"空手套白狼"的故事吧想做吗好想学哦~ 或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧!那么你知道怎么在数据库上找到意向数据,并且成功下载呢?这第一步要难倒一大票人. TCGA,The Cancer Genome Atlas 首先使用谷歌(海外)或必应(境内)搜索TCGA大家都知道,看到以下界面点进去 image.png 点进去后发现一堆官网介绍,简单查看每个小标签后并未找到数据下载的地方.当然啦,作为这么大一个项目,不可能仅用于数据下载,相应的首页应该会大量关于该…

nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

GreenDao 数据库：使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

一.使用Raw文件夹下的数据库文件在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public static abstract class OpenHelper extends SQLiteOpenHelper { public OpenHelper(Context context, String name, CursorFactory factory) { super(context, name,…

ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章：利用模型类创建视图、控制器和数据库

在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类.指定数据库连接字符串以及创建一个数据库.最后,我们还将添加视图和控制器来管理和显式产品和分类数据. 注意:如果你想按照本章的代码编写示例,你必须完成第一章或者直接从www.apress.com下载第一章的源代码. 2.1 添加模型类 Entity Framework的代码优先模式允许我们从模型类创…

Java MyBatis 插入数据库返回主键

最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User(); user.setUserName("chenzhou"); user.setPassword("xxxx"); user.setComment("测试插入数据返回主键功能"); System.out.println("插入前主键为:…

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa…

分享一个SQLSERVER脚本（计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间）

分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tablespaceinfo ( nameinfo ) , rowsinfo BIGINT , reserved ) , datainfo ) , index_size ) , unused ) ) ); DECLARE Info_cursor CURSOR FOR SELECT '[' + [name]…

SQL Server2014 SP2新增的数据库克隆功能

SQL Server2014 SP2新增的数据库克隆功能创建测试库 --创建测试数据库 create database testtest use testtest go --创建表 )) --插入数据 ,'sdfsdf' --创建存储过程 create proc testproc as 创建克隆数据库的命令形式 DBCC CLONEDATABASE (source_database_name, target_database_name) –– Default CLONE WITH SCHEMA…

数据库优化案例——————某市中心医院HIS系统

记得在自己学习数据库知识的时候特别喜欢看案例,因为优化的手段是容易掌握的,但是整体的优化思想是很难学会的.这也是为什么自己特别喜欢看案例,今天也开始分享自己做的优化案例. 最近一直很忙,博客产出也少的可怜,今天整理了一下自己做过优化或各种方案的客户已经超过100家了,今天分享的案例算是在这些客户中比较典型的了!没有什么高大上都是常见的问题!在之前的博客中都有过提及,那么本篇我们就结合之前的技术点来看看这个案例.学习优化手段的看官们可以参见我的优化系列: SQL SERVER全面优化-------…

NoSql数据库使用半年后在设计上面的一些心得

NoSql数据库这个概念听闻许久了,也陆续看到很多公司和产品都在使用,优缺点似乎都被分析的清清楚楚.但我心里一直存有一个疑惑,它的出现究竟是为了解决什么问题? 这个疑惑非常大,为此我看了很多分析文章,但却总感觉是隔靴搔痒.为了一探究竟,半年前我决定用Mongodb这个著名的NoSql数据库做个产品试试.只有在真实的使用环境中才能得到最贴切的感受. 一晃眼,半年过去了,现在我能用亲身的体会来谈谈NoSql数据库存在的理由和试图解决的问题了.就像所有的哲学思考都来源于对日常活动的观察一样,我们也从最…

如何在高并发环境下设计出无锁的数据库操作（Java版本）

一个在线2k的游戏,每秒钟并发都吓死人.传统的hibernate直接插库基本上是不可行的.我就一步步推导出一个无锁的数据库操作. 1. 并发中如何无锁. 一个很简单的思路,把并发转化成为单线程.Java的Disruptor就是一个很好的例子.如果用java的concurrentCollection类去做,原理就是启动一个线程,跑一个Queue,并发的时候,任务压入Queue,线程轮训读取这个Queue,然后一个个顺序执行. 在这个设计模式下,任何并发都会变成了单线程操作,而且速度非常快.现在的n…

当忘记mysql数据库密码时如何进行修改

因为长时间没有使用数据库了,或者把密码改完之后就忘了数据库密码,不能正常进入数据库,也无法修改密码,有一个简单的常用修改密码方式: 1.首先找到和打开mysql.exe和mysqld.exe所在的文件夹(在你所安装的Mysql的bin文件夹下),复制路径地址. 2.Windows+R打开cmd命令提示符,进入上一步mysql.exe所在的文件夹. 3.输入命令 mysqld --skip-grant-tables 回车,此时就跳过了mysql的用户验证.注意输入此命令之后命令行就无法操作了,…

SQL数据库之DQL

初来乍到,我是一个Java行业的小学生,刚学半年. 今天老师讲了数据库的操作语句,在这里与大家分享一下我学到的知识吧,要是有不足的地方麻烦大家指出来,共同进步,共同提高! 1.数据库中的各种符号 %:表示匹配0或多个字符 _:表示匹配单个字符 in:通配符,模糊查找的关键字,某些表中或值中包含某个值.例:select * from student where studentname in '赵,钱,孙,李'; like:模糊查找的关键字,通常和%._一起使用.例如:select * from s…

数据库的快照隔离级别（Snapshot Isolation）

隔离级别定义事务处理数据读取操作的隔离程度,在SQL Server中,隔离级别只会影响读操作申请的共享锁(Shared Lock),而不会影响写操作申请的互斥锁(Exclusive Lock),隔离级别控制读操作的行为: 在读数据时是否使用共享锁,申请何种类型的锁: 事务持有读锁的时间: 读操作引用被其他事务更新,但尚未提交的数据行时,控制读操作的行为: 被阻塞,等待其他事务释放互斥锁: 获取更新之前的数据值,从tempdb中读取行版本,该行版本在事务开始时已经提交:Retrieves the…

DB1：数据库的创建和文件的修改

在SQL Server中,使用Create Database创建数据库,使用Alter Database命令,能够修改数据库的数据文件和日志文件. 一,创建数据库 1,在创建数据库时,最佳实践是: 创建一个或多个文件组,并设置默认文件组每个文件组中的数据文件和CPU的内核数据相同,将文件均匀分布在不同的物理硬盘上,使IO均匀分布在不同的物理磁盘上: 数据文件的初始大小,文件增长和最大大小保持一致,这样,能够使每个文件的IO次数相对均匀: 日志文件分配在性能最好的物理硬盘上,写日志的性能直接影响…

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