二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of…

目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2…

mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >>…

C语言小练习:计算非压缩fastq格式的GC含量 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #define buff 1024 5 6 typedef unsigned long long int u_llong; 7 8 static void usage(int num,const char *str) 9 { 10 if(num !=2) 11 { 12 fprintf(s…

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta…

最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,…

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

如何统计指定文件夹下含有.xml格式的文件数目?如题 ------解决思路----------------------Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml").Length------解决思路----------------------包含子目录的话:Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml",SearchOption.AllDirectories).Length…

语法:wc [选项] 文件- 说明:该命令统计给定文件中的字节数.字数.行数.如果没有给出文件名,则从标准输入读取.wc同时也给出所有指定文件的总统计数.字是由空格字符区分开的最大字符串. 该命令各选项含义如下: - c 统计字节数. - l 统计行数. - w 统计字数. 这些选项可以组合使用. 输出列的顺序和数目不受选项的顺序和数目的影响. 总是按下述顺序显示并且每项最多一列. 行数.字数.字节数.文件名 如果命令行中没有文件名,则输出中不出现文件名. 例如: $ wc -l f1 f2  …

这里介绍一个Mac系统统计代码行数的工具cloc. 1.首先,安装homebrew,已安装的请跳过. 打开终端工具Terminal,输入下列命令.过程中会让你按RETURN键以及输入mac桌面密码,按照提示进行操作即可: ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 2.利用homebrew下载并安装cloc. 继续在Terminal中输入: brew…