DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击…

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))…

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI…

mid为62进制编码,id为常见的10进制编码. id从低位到高位,7个数字为一组,转换为62进制,并顺序合并,即转换为mid. mid从地位到高位,4个字母为一组,转换为10进制,并右移7位,计算和,得到id. 7位的10进制数最大为9999999,转换为62进制后为FXsj:8位的10进制数最大为99999999,转换为62进制后为9FXsj. 7位分隔10进制数,能保证最多获得4位62进制数. 参考了http://blog.csdn.net/dier4836/article/details…

select  U.CnName+','  from f_splitstr('1828,1055333,1,1035681,752,494,22549,219,23860,478,23453,677,718,782,2358', ',')     join T_BD_User U on U.ID=F1  for xML PATH('') select RoleName,ExecutorName,  case  when temp.CnName='' then ''  when temp.CnNa…

每个物种都有一个对应的Taxonomy ID: 9606 :人类 10090 :小鼠…

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.…

FORM frm_coverted_name USING usrid TYPE sy-uname                        CHANGING name TYPE adrp-name_text.     DATA: l_name_last TYPE adrp-name_last,           l_name_first TYPE adrp-name_first,           l_persnumber TYPE usr21-persnumber.          …

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte…