将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态

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将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --…

怎么将txt文件转化为html格式的文件？--极为丑陋的方式

# -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #怎么将txt文件转化为html格式的文件?--极为丑陋的方式 import os #找出所有的txt格式的文件 def getAllTxtFilename(path): '找出所有的txt格式的文件,未对子文件夹进行查找' #初始化一个空list TxtFileNames=[] for dirpath,dirnames,filenames in os.walk(path): ''' #os.walk(pa…

python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP…

vcf格式文件转化为Excel（csv）格式文件（R语言的write.csv，write.table功能，Excel表的文件导入功能）

最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge.net/#links),赶紧下载安装,开始转化,结果弹出行列不一致的错误,遂放弃. 尝试了一堆无用的工具以后,想着能不能用R的write.csv来实现转化,结果顺利解决.现将示例代码演示一下: data<-read.table("/path/data.vcf",header=F)…

利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed…

将搜狗词库.scel格式转化为.txt格式

由于项目中要用到词库,而下载的搜狗词库是.scel格式,所以就用python脚本将搜狗词库.scel格式文件转化为.txt格式文件. #!/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- import struct import sys import binascii import pdb try: reload(sys) sys.setdefaultencoding('utf-8') except: pass # 搜狗的scel词库就是保存的文本的unicode编码,每两…