Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的,同时人类基因组可以组为参考数据,所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据,所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的内在机制,以此来预测和调节疾病. 两种方式获得人类基因组:方式一:多级策略:(IHGSC)工程量巨大(因为工程量巨大,所以急需的测序技术(新且造价低)),使用了BAC克隆同时高coverage(准确率…

差分进化算法 (Differential Evolution)   Differential Evolution(DE)是由Storn等人于1995年提出的,和其它演化算法一样,DE是一种模拟生物进化的随机模型,通过反复迭代,使得那些适应环境的个体被保存了下来.但相比于进化算法,DE保留了基于种群的全局搜索策略,采用实数编码.基于差分的简单变异操作和一对一的竞争生存策略,降低了遗传操作的复杂性.同时,DE特有的记忆能力使其可以动态跟踪当前的搜索情况,以调整其搜索策略,具有较强的全局收敛能力和鲁棒…

安装 evolution 有PPA可用,支持 Ubuntu 14.04 及衍生系统.打开终端,输入以下命令: sudo add-apt-repository ppa:fta/gnome3 sudo apt-get update sudo apt-get install evolution 卸载 evolution 命令: sudo apt-get remove evolution 配置: 在使用腾讯的邮箱时,都必须使用SSL加密 普通的qq邮箱 username 填写 邮箱名称      用户名…

Falcon Falcon: a set of tools for fast aligning long reads for consensus and assembly The Falcon tool kit is a set of simple code collection which I use for studying efficient assembly algorithm for haploid and diploid genomes. It has some back-end c…

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as…

http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/   http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases     wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.2.3/jellyfish-2.2.3-CentOS6.tar.gz tar -zxvf jel…

准备读四篇denovo的文献: Nature Biotechnology(2015) - Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement Whole-genome sequencing of the snub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutio…

李爱民-西安理工大学计算机科学与工程学院 ● 简介(Introduction)-> 李爱民(Aimin Li),男,湖北随州人,西安电子科学大学博士(PhD),中共党员.中国计算机学会会员,CSC访问学者,主要研究方向为生物信息学(Bioinformatics).机器学习(Machine Learning).发表学术论文30篇,其中SCI论文14篇,获发明专利1项.主审教材1部. 主持或参与科研项目20余项.高级程序员(信息产业部),软件工程师(陕西省人事厅Software Engineer),…

Evolutionary approaches towards AI: past, present, and future 2019-10-06 07:28:13 This blog is from: https://towardsdatascience.com/evolutionary-approaches-towards-ai-past-present-and-future-b23ccb424e98 Table of Contents Introduction Genetics and na…

(Panda, dog and human repeat comparison):与其他动物比较重复序列 我们使用Repbase 库(重复序列库)+已知的转录原件序列+识别软件,评估出转录原件占比,并且与狗和人相比.用Repbase数据库(扩张度来自repeat base)分析熊猫基因中的转录原件的扩张度,得到:大部分熊猫转录原件基因有超过10% 的共有序列的扩张度(这是因为repbase数据库数据基于哺乳动物基因,并没有大熊猫基因).小部分低于10%的扩张度(这可能是哺乳动物最近起源的活性转座…