Repbase library|divergence rate|self-sequence alignment|genomic rearrangement|cutoffs|breakpoint

（Panda, dog and human repeat comparison）：与其他动物比较重复序列

我们使用Repbase 库（重复序列库）+已知的转录原件序列+识别软件，评估出转录原件占比，并且与狗和人相比。用Repbase数据库（扩张度来自repeat base）分析熊猫基因中的转录原件的扩张度，得到：大部分熊猫转录原件基因有超过10% 的共有序列的扩张度（这是因为repbase数据库数据基于哺乳动物基因，并没有大熊猫基因）。小部分低于10%的扩张度（这可能是哺乳动物最近起源的活性转座子）。

Repbase library：database mask and annotation repetitive DNA

RepeatModeller:de-novo repeat family identification and modeling package

（Panda genome has a low divergence rate）：

（investigate the rate of recent segmental duplication）:采用self-sequence alignment，先在全基因组识别出重复片段个数及其大小（因为测序reads与组装的全基因组相比较，测序readsmapping上的重复片段多，所以在assembly过程中丢失了一些重复片段，同时因为这些片段的reads深度明显高于其他区域，所以要与depth相乘），所以根据平均depth（重复片段的average depth）和测序reads大小，得到重复片段的大小。

self-sequence alignment：自己的基因和自己的基因相互比对得到

(investigate panda genome conservation and evolution,)比对了狗，人，熊猫的全基因组，三者有相似序列，不相似的部分：包括狗与熊猫的相似度高于（人与狗，人与熊猫），熊猫的特异性序列最少，所以熊猫基因组的扩展性是最低的。

 

 

（the panda, dog and human genomes had high genomic synteny）比人，狗，熊猫第二条染色体的35条scaffold，没发现大规模重排。conserved synteny+pairwise syntenic regions

conserved synteny：保守同源区；pairwise syntenic regions：成对同源区

（genomic rearrangement events）重排事件，用几乎全基因组的scaffold序列，比较狗和熊猫的染色体间较小同源片段，片段有大有小（之前打断成不同大小的小序列），使用人类基因作为参照，发现dog中重排是panda的三倍，所以表明panda的扩张度较低。

Cutoff：截取片段