SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列…

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P). REPuter 是可在线注释, 详情可戳参考文献. Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale 其中重复序列的4种类型如下所示 1 示例文件操作 进入网站后,点击Submission, 而后使用示例文件example…

http://mingxinglai.com/cn/2013/07/gdbtui/ MySQL源码注释与类图 http://mingxinglai.com/cn/2015/08/mysql-annotation/…

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化. 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb 可选文件 比对程序 (一般选第3个即可) a. AVID b. LAGAN c. Shuffle-LAGAN 序列名称(序列名称会显示在结果图片中) 注释文件 (添加注释文件,可显示在结果图片中) 注释文件格式如下 < 106481…

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque…

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性…

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG…

目录 一.前沿概述 二.主要结果 重测序.组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化,WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一.前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联合发表大豆泛基因组,这篇文章具有里程碑意义,预示着作物泛基因组时代到来.今年水稻泛基因组同样的策略发在cell. 大豆泛基因组的…

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec…

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE…