There are given two strings, A and B. An expansion of some string X is a string created by adding or inserting any number (zero, one or more) of blanks anywhere in the string, or in the begining or the end of the string. Eg., if the string X is ‘abcb…

进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是: [00] Query id [01] Subject id [02] % identity [03] alignment length [04] mismatches [05] gap openings [06] q. start [07] q. end [08] s. start [09] s. end [10] e-value [11] bit score…

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随…

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre…

我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用…

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

JAVA 急速WEB框架Blast --对JavaWeb的学习性框架,参考了spring的实现 --阅读Blast源码可以快速掌握JavaWeb常用技术和方法论,并付诸实践 Blast 是基于 Java 语言的极速 WEB 框架,其核心设计目标是开发迅速.代码量少.学习简单.功能强大.轻量级.在拥有Java语言所有优势的同时再拥有ruby.python等动态语言的开发效率!为您节约更多时间,去陪恋人.家人和朋友 ;) 实现功能 IOC 依赖注入 AOP 面向切面 注解支持 样例 启动Blast容…

建库 减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件1,建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb    http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 建立核算库:  formatdb -i  fa -p F -o T 2.比对 blastn为例:blastn -query tese.fa -db dbname -out…

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht…

NCBI 教程:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/ 本地使用 blast 的步骤 1. 构建本地数据库索引 $makeblastdb -in hs_chr.fasta -dbtype nucl -out hs_chr 2. 进行比对…