本来是自学python,后来又了解到有biopython这个包,将想安装下来,结果折腾了我一上午...终于安装成了,哈哈哈,功夫不负有心啊 过程如下: 1.首先去http://biopython.org/wiki/Download现在一个biopython 因为我用的是win7,所以一开始我下载的是 biopython-1.68.win32-py3.5.exe 2Mb – 32 bit Windows .exe Installer for Python 3.5 and NumPy 1.11.1.…

其实好多东西装过好多次,然而每次都要翻文档,经常掉进前面掉进过的坑...所以这里重新写一份指南,以防下次再装又忘了(魂淡我并不想再装了啊不要立flag) 1. 安装biopython 1.1 因为biopython目前支持的是python2,所以我先把python调到2 1.2 安装numpy (http://www.numpy.org/) NumPy is the fundamental package for scientific computing with Python. It cont…

Biopython 官网:https://biopython.org/ 安装 Biopython  https://biopython.org/wiki/Download 可以使用 pip 进行安装, 注意有时需要使用管理员权限,即管理员打开 cmd pip install biopython 验证安装是否成功 Biopython 官方教程 https://biopython.org/wiki/Documentation Biopython 的 API 文档 http://biopython.o…

转载Part 2  Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象…

Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一,由国际开发人员协会创建. 它包含表示生物序列和序列注释的类,并且能够读取和写入各种文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和Clustal等), 支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库(例如,NCBI). 独立的模块扩展了Biopython的序列比对,蛋白质结构,群体遗传学,系统发育,序列基序和机器学习等功能. 序列操作 >>> # This script creates a DNA sequence and…

Biopython 第三方库示例 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/…

1.安装包 pip install bcbio-gff pprint 2.显示中蜂的序列 from Bio import SeqIO genome_name = 'GCF_001442555.1_ACSNU-2.0_genomic.fna' recs = SeqIO.parse(genome_name, 'fasta') for rec in recs: print(rec.description)…

Python 资源大全中文版 我想很多程序员应该记得 GitHub 上有一个 Awesome - XXX 系列的资源整理.awesome-python 是 vinta 发起维护的 Python 资源列表,内容包括:Web框架.网络爬虫.网络内容提取.模板引擎.数据库.数据可视化.图片处理.文本处理.自然语言处理.机器学习.日志.代码分析等.由伯乐在线持续更新. Awesome 系列虽然挺全,但基本只对收录的资源做了极为简要的介绍,如果有更详细的中文介绍,对相应开发者的帮助会更大.这也是我们发起这…

Python是一种面向对象.直译式计算机程序设计语言,也是一种功能强大的通用型语言.首先,Python非常简单,以Hello World为例: Java的Hello World程序一般这么写: public class Hello { public static void main(String[] args) { System.out.println("Hello, world!"); } } 用C++可以这么写: #include <iostream> int main…

原文链接:Python 资源大全 环境管理 管理 Python 版本和环境的工具 p – 非常简单的交互式 python 版本管理工具. pyenv – 简单的 Python 版本管理工具. Vex – 可以在虚拟环境中执行命令. virtualenv – 创建独立 Python 环境的工具. virtualenvwrapper– virtualenv 的一组扩展. 包管理 管理包和依赖的工具. pip – Python 包和依赖关系管理工具. pip-tools – 保证 Python 包依赖…