install.packages(c("matrixStats", "Hmisc", "splines", "foreach", "doParallel", "fastcluster", "dynamicTreeCut", "survival")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R&qu…

这一章讲了两方面的内容,如何使用 R 包和帮助文档. R包 下载 R 包 命令: install.packages("<nameofpackage>") R 会话中启用 R 包 命令: library(<nameofpackage>) 帮助页面 求助命令 帮助页面 : ?sample帮助页面的帮助页面: ??sample 内容 帮助页面的内容包括 Description Usage Argument Details Value See Also:另请参阅 Exa…

1,先将R包下载到本地 2,getwd() setwd("F:\\CNV\\Paper\\Case-control\\mHMM") 3, install.packages("mHMM_1.0.zip",repos=NULL) 4, library(mHMM)…

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we…

通常我们都是直接使用library(pkg_name)  的形式加载R包,在同一台机器上面,对于我们而言,这个包所在的路径一定是在.libPaths() 路面的,但是对于其他用户而言,这个路径可能不存在.libPaths() 里面,此时,就无法正确的加载该R包,为了解决这一问题,可以通过添加 lib.loc 参数,指定查找该包的路径. 用法示例: library(gplots, lib.loc="/usr/lib64/R/library/gplots") 通过lib.loc 参数可以解…

目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总. 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​.看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​. 下面具体讲一下.​ 在R上安装 install.packages("remotes") remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd") 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 library(gwasrapidd) my_studie…

mysql从5.5版本开始,不再使用./configure编译,而是使用cmake编译器,具体的cmake编译参数可以参考mysql官网文档(※ 非常重要) http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/source-configuration-options.html mysql-5.5.28.tar.gz源码包下载地址: http://down.51cto.com/data/700556 我的mysql目录配置如下: 安装路径:/usr/local/mysql…

核心提示: WebStorm 是jetbrains公司旗下一款JavaScript 开发工具.被广大中国JS开发者誉为“Web前端开发神器”.“最强大的HTML5编辑器”.“最智能的JavaSscript IDE”等.与IntelliJ IDEA同源,继承了IntelliJ IDEA强大的JS部分的功能. WebStorm 是jetbrains公司旗下一款JavaScript 开发工具.被广大中国JS开发者誉为“Web前端开发神器”.“最强大的HTML5编辑器”.“最智能的JavaSscript…

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集   选自Microsoft www.tz365.Cn 作者:Lee Scott 机器之心编译 参与:李亚洲.吴攀.杜夏德 要学习怎么使用微软 Azure 机器学习,最重要的是获取样本数据集和进行实验. 在微软,我们有大量的样本数据集可用.这些数据集已经在 Azure Cortana Intelligence Gallery 中的样本模型中得到了应用. 其中一些数据集可以通过 Azure Blob 存储获取,所以…

前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta…