使用maxquant 设定修饰: 设定打分值: 设定有标定量方法:iBAQ,虽然是无标定量方法,但是设定该值后也会有相应有标定量方法的iBAQ值. 根据计算机性能设定线程数: 设定酶切位点 最后生成文件wps不能打开,需要将肽段定量和蛋白定量修改为xls文件 不足:没有中间数据…

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信…

质谱仪: 质谱分析法是先将大分子电离为带电粒子,按质核比分离,由质谱仪识别电信号得到质谱图. Top-down直接得到结果是蛋白. Bottom down使用shutgun方法得到结果是肽段. 由蛋白质混合物打断为肽段混合物,按特定时间分离为LC, 初次得到的谱图为一级谱,一级谱是串联质谱,其中一个峰一个肽段.选出一个峰作为二级谱的原料,选出母离子(母离子就是整个肽段 PEPMASS)并打断送入质谱仪,二级谱是一张图中的一个肽段.除此之外还可以做更多等级的图谱,tandem mass spect…

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上.不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样).毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰. 主要特点: 支…

发表时间:(2019年4月) 一. 概述: 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法.作者通过激光捕获显微切割技术(LCM)从逝者大脑中分离出目的神经元细胞,接着尝试了一系列不同的样品收集方法,裂解液和酶解方法,最终从10 um厚,60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定到了稳定重复的1500蛋白.用此方法,作者从分出的贝兹细胞(Betz)和浦肯野细胞(Purkinje)分别得到了高度特异表达的2800-3600个蛋白. 二. 研究背景: 蛋白质组学研究通常需要毫克级…

文献名:Decreased Antibiotic Susceptibility Driven by Global Remodeling of the Klebsiella pneumoniae Proteome(肺炎杆菌通过整体重构蛋白质组降低抗生素敏感性) DOI:10.1074/mcp.RA118.000739. 期刊名:Molecular & Cell Proteomics 发表时间:2019年4月 单位:马里兰州巴尔的摩大学等 物种:KpV513型肺炎杆菌 技术:免疫组化,电镜,细菌培养…

文献名:Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry (DIA方法可提升定量交联质谱分析) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.232 单位: 1.      德国柏林技术大学生物技术研究所 2.      英国爱丁堡大学生命科学学院 3.      瑞典 Biognosys 公司 技术:DIA交联质谱定量 一.概述:(用精炼…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics 上的一篇关于人胃肠道间质瘤亚群蛋白质组图谱的文章,题目是Proteomic maps of human gastrointestinal stromal tumor subgroups,通讯作者是四川大学生物治疗国家重点实验室的戴伦治. 胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor, GIST)是一种起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,也是最为常见的胃肠道肉瘤(Gastrointest…

实验设计中,一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性,尤其在下游分析中.但有时会遇到没有生物学重复,而又需要进行差异分析的情况,这时一般建议考虑foldchange即可,因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛.但是如果必须要算一个P值(个人觉得没啥必要...),那么不同组学有各自处理的方法(虽然并不是靠谱),比如NGS的转录组的一些软件会预估一个离散度做校正,而质谱的蛋白组则是用Significance A/B算法,这篇文章主要讲下Significance A/B是怎么来的 一般在网上搜Si…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:…