tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框 在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构 选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为 >tdbD00000241|…

tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 结果界面如下: 首先是预测的tRNA基因 表头解释如下: Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称 tRNA #              : 预测到的tRNA的个数 Predict…

生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Python语言基本介绍,语言所有成分介绍,高级编程,数据可视化,生物信息通用包Biopython,最后给出20个"编程秘笈",范围涵盖了从二级结构预测.多序列比对到蛋白质三维结构的广泛话题.附录包括了大量的生物信息常用资源的信息. 学习参考: <Python生物信息学数据管理>中…

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz…

最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多机多卡支持丰富,拥有着良好的技术架构.目前是亚马逊AWS的官方深度学习框架.由于其团队以MXNet产品本身为先,所以文档资料较少.现在还稍微多了一点. 1. 搭建Jupyter notebook远程开发环境 Jupyter notebook支持python.R.shell等等,功能非常全面.基于Ju…

N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的大规模研究,为我们理解啮齿动物和人类细胞中蛋白质糖基化的分子结构和生物网络做出了重大贡献.不过在许多无脊椎动物,N-糖基化的研究仍然很少. 捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)是寄生于反刍动物的一种吸血寄生线虫,在世界范围内广泛分布.先前的研究表明该寄生虫存在一系列哺乳动物缺失的…

1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related object— 返回所有primary object 字段 和每个字段至少一个related object字段相对应 3,Primary object with or without related object - 返回所有primary object字段 和 已有related object 字段,但是…

一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过程或者表示多个数据之间的差异. 1.引入javascrippt 使用flotr2这个JavaScript库来创建图表.使用flotr2之前,不需要引入其他的JavaScript库(比如jquery),但是flotr2必须依赖HTML5的canvas元素的支持.canvas支持的主流浏览器有:chro…

前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojson数据报错,然后本地调用这些数据,通过d3.js或者echart.js通过地图中的api把他显示到页面上,这样可以更直观更方便的进行预览,也就是现在比较火的数据可视化,也是未来前端发展的一个不错的方向.由于第一次做所以有些需要优化的地方自己可以根据需求优化.代码如下: html: <!DOCTYPE…

SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存在就会新建缓存,所有的insert,update操作都会更新缓存. redis的好处也显而易见,可以使系统的数据访问性能更高.本节只是展示了整合方法和效果,后面会补齐redis集群.负载均衡和session共享的文章. 下面就开始整合工作: 后台首先启动redis-server(后台启动与远程连接l…