一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3, chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置,染色体第一个碱基的位置是0 3.chromEnd, 目标区段在染色体结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面.例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chrom…

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要…

最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,…

今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index Executi…

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro…

原文地址:http://www.2cto.com/os/201411/352015.html 原文地址:http://logstash.net/docs/1.4.2/tutorials/getting-started-with-logstash (纯英文) 英语水平有限,如果有错误请各位指正 简介 Logstash是一个接收,处理,转发日志的工具.支持系统日志,webserver日志,错误日志,应用日志,总之包括所有可以抛出来的日志类型.怎么样听起来挺厉害的吧?在一个典型的使用场景下(ELK):…

#region 从Excel获取数据 /// <summary> /// 从Excel获取数据 /// </summary> /// <param name="Path">文件路径(完整路径)</param> /// <returns></returns> public static DataSet ReadExcelToDS(string Path) { DataSet ds = new DataSet(); O…

[Spark][Python]spark 从 avro 文件获取 Dataframe 的例子 从如下地址获取文件: https://github.com/databricks/spark-avro/raw/master/src/test/resources/episodes.avro 导入到 hdfs 系统: hdfs dfs -put episodes.avro 读入: mydata001=sqlContext.read.format("com.databricks.spark.avro&qu…

将图片序列转化为视频文件 程序如下: framesPath = 'E:\img\';%图像序列所在路径,同时要保证图像大小相同 videoName = 'Bolt.avi';%表示将要创建的视频文件的名字 fps = 25; %帧率 startFrame = 1; %从哪一帧开始 endFrame = 350; %哪一帧结束 if(exist('videoName','file')) delete videoName.avi end %生成视频的参数设定 aviobj=VideoWriter(v…

ashx文件获取$.ajax()方法发送的数据 今天在使用Jquery的ajax方法发送请求时,发现在后台中使用ashx文件无法接收到ajax方法中传递的参数,上网查了一下原因后发现了问题所在,原来是我在$.ajax方法中指明了"contentType: 'application/json; charset=utf8'",所以才导致了在ashx文件中处理请求时无法获取传递到服务器端的参数, 正确的写法如下: 1 $.ajax({ 2 url: '/Handler1.ashx?operF…