HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transfor…

这篇文章是Taylor Killian今年8月发表在自己的博客上的.他对比了三款平价的SDR平台,认为这三款产品将是未来一年中最受欢迎的SDR平台.我觉得这篇文章很有参考价值,简单翻译一份转过来.原文在这里:http://www.taylorkillian.com/2013/08/sdr-showdown-hackrf-vs-bladerf-vs-usrp.html 翻起来才发现,太长了.觉得这么长就没必要翻译了,不符合快速阅读的习惯,深度阅读的人显然应该直接看原文.但是既然开了个头,就翻完吧.…

这篇文章是 Taylor Killian 13年8月发表在自己的博客上的.他对比了三款平价的SDR平台,认为这三款产品将是未来一年中最受欢迎的SDR平台.我觉得这篇文章很有参考价值,简单翻译一份转过来.原文在这里:http://www.taylorkillian.com/2013/08/sdr-showdown-hackrf-vs-bladerf-vs-usrp.html 翻起来才发现,太长了.觉得这么长就没必要翻译了,不符合快速阅读的习惯,深度阅读的人显然应该直接看原文.但是既然开了个头,就翻…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

涉及到网页图片的交互,少不了图片的压缩上传,相关的插件有很多,相信大家都有用过,这里我就推荐三款,至于好处就仁者见仁喽: 1.名气最高的WebUploader,由Baidu FEX 团队开发,以H5为主,FLASH为辅,兼容 IE6+,iOS 6+, android 4+,采用大文件分片并发上传,极大的提高了文件上传效率,看了官方文档就知道,能满足你所需要的所有功能,一言以蔽之,大而全:至于缺点,大概就是插件体积太大了,自带样式文件,而且还要依赖jquery类库.详细的教程网上俯拾即是,这里我就…

下面将对目前比较主流的三款工作流进行介绍和比较,然后通过三款流程引擎分别设计一个较典型的流程来给大家分别演示这三款创建流程的过程.这三款工作流程引擎分别是 Windows Workflow Foundation,NetBPM, CCFlow. NetBPM 与 CCFlow 是两款国内知名的开源软件,尤其是ccflow在国内的发展势头强劲. 这个典型的流程假设:公司有两级领导,一级为主管Chief,一级为老板Boss 场景描述: 在某公司中,部门员工休假需要主管Chief的批准.   如果休假天…

AntPower 版权全部© 2003 技术文章http://www.antpower.org 第1 页共14 页AntPower-技术文章三款经常使用IP 发包工具介绍小蚁雄心成员郎国军著lgj@qingdao.cngb.comURL修订版本号版本号时间修订人说明AntPower 版权全部© 2003 技术文章http://www.antpower.org 第2 页共14 页1. 简单介绍在从事网络产品尤其是网络安全产品开发时,我们一直面临着一个问题,就是对产品的TCP/IP 协议栈进行稳定性…

曾几何时,虽然我们在海外VPS服务商中也可以看到各种大大小小的商家,但是真正能让Linode这样高富帅有竞争力的还真不多,这不当初在Linode商家512MB内存方案卖20美元一个月的时候,还是有很多人争先恐后的购买.但是自从有Digitalocean.Vultr商家的出现,我们看到Linode连续3年的改变方案.升级配置,甚至降价,无论是巧合还是战略改变,我个人认为这三家之间竞争是导致整个VPS行业降价,以及良心竞争的很大的关系. 在这篇文章中,笔者将来分享且谈谈个人看法,关于这三款目前算是主…

我的一位同事, John Burton, 在2017年12月底写过一篇博文:Explaining SAP's portfolio of "CRM Service" related products, 简要介绍了SAP针对CRM Service这一领域发布的一系列解决方案. https://blogs.sap.com/2017/12/27/explaining-saps-portfolio-of-crm-related-products/ 根据我工作中和中国客户及合作伙伴打交道的经验,大…

三款免费实用的本地文件夹同步/备份软件推荐 (SyncToy/FreeFileSync/Compare Advance) Microsoft SyncToy SyncToy 是由 微软 推出的一款免费的文件夹同步工具.虽然名字中有一个 Toy,但是大家可千万不要误以为它的功能弱爆了.实际上,我感觉这款软件还真是摆脱了微软大多数软件给人复杂和臃肿的印象,通过很简单的操作便能够完成复杂的操作,免去了大量重复的手动复制.移动操作. SyncToy 支持三种同步模式: synchronize :在这个模…

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软…

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

下面将对目前比较主流的三款工作流进行介绍和比较,然后通过三款流程引擎分别设计一个较典型的流程来给大家分别演示这三款创建流程的过程.这三款工作流程引擎分别是 Windows Workflow Foundation,NetBPM, CCFlow. NetBPM 与 CCFlow 是两款国内知名的开源软件,尤其是ccflow在国内的发展势头强劲. 这个典型的流程假设:公司有两级领导,一级为主管Chief,一级为老板Boss 场景描述: 在某公司中,部门员工休假需要主管Chief的批准.   如果休假天…

商业软件:需支付费用后方可使用. 共享软件:需支付费用,但可以先免费试用(有使用期限.功能限制). 免费软件:无需支付费用,无使用期限,无功能限制. 纯净软件:无广告.无联网行为的免费软件. 自由软件:公开源码,并允许他人对其修改.出售(但同样需公开修改后的源码,并允许他人将其修改.出售). 前几天在对比三款截屏软件 Fast Stone Cpature.ShareX.Snipaste 的功能和效果时,因为Windows10自带的图片浏览器查看截图时显示不清晰,所以改用 Fast Stone I…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

Facebook今天开源了三款人工智能图像分割(Image Segmentation)软件,分别是DeepMask.SharpMask和MultiPathNet,三款工具相互配合完成一个完整的图像识别分割处理流程,DeepMask生成初始对象mask.SharpMask优化这些mask,最后由MultiPathNet来识别这些mask框定的物体.SharpMask目前已遵循BSD授权协议在GitHub上公开源码. Facebook的人工智能研究实验室(FAIR)此前曾在多篇学术论文中讨论过以上开…

 北京时间2014年7月24日消息: 上海逐一软件科技公司长下三款软件通过中国知识产权局登记,当中包含全新的CMS2 x2.0主产品.移动门户管理系统.云台管理系统. 除主产品CMS2 x2.0(软件登记号:V6.0)将在近日大幅更新公布外,两个新产品线将进一步丰富我们的研发与服务能力. 移动门户管理系统:基于移动门户管理,高速生成支持web app和微信门户,并支持安卓.windows  phone.ios等移动client浏览以及移动商务应用.当中包含:前端完美支持响应式浏览,从而使手机…

先来看看最终的效果~~ 本文同步至博主的私人博客wing的地方酒馆 嗯..一个是头像上移的 另一个是模仿UC浏览器的. (PД`q.)你不是说!有三款的吗,怎么只有两款!!!! 不要急嘛... 说了从简到难,第一款是介绍概念的啦. 关于CoordinatorLayout,以及系统预留ScrollBehavior使用网上以及有很多文章,这里就不阐述了,如果你还不了解,你可以查看[译]掌握CoordinatorLayout 基础概念 其实Behavior就是一个应用于View的观察者模式,一个Vie…

原文链接:三款免费好用的Gif录屏神器 自己用了      ScreenToGif 版本2.14.1下载地址 原文内容: 三款免费好用的Gif录屏神器 2018年06月02日 18:52:21 独家雨天 阅读数:14753   1. 免费开源的GIF录制工具ScreenToGif 官网地址:http://www.screentogif.com/        官网可能打开有点慢~ 不过也可以打开(2019/04/04)   可以直接用文章开始的下载地址 ScreenToGif,国外免费开源小巧实…

在开发上位机下位机通讯程序时,有一个好的监控工具会事半功倍.特在网上找了几款串口监控软件,作了简单对比: 一.Device Monitoring Studio 网址:http://www.hhdsoftware.com 程序截屏: 软件功能比较强大,是收费软件,免费试用15天.从截图可以看出,选择了通信端口以后,可以很轻松监控串口数据.另外从界面上看它还有数据统计等很多其它功能,我没有全部试用,就不多介绍了.需要注意一点,它的启动按钮在界面右侧下方. 二.微软portmon 微软工具包Sysin…

今天(2019年1月5日)是社交圈的大日子,在今天上午将有三款不同的社交软件进行发布会,王欣.张一鸣.罗永浩旗下公司三款社交产品于今日同日发布. 新的时代,共同挑战微信 2019年1月15日,张一鸣的字节跳动.罗永浩的快如科技和快播创始人王欣的云歌人工智能都将在今日发布自己的社交APP. 据媒体报道: 1)字节跳动:发布的产品可能一款名为“多闪”的短视频社交产品,Slogan是“这是年轻的时代”: 2)快播王欣:发布的产品则是名为主打匿名社交的“马桶MT”,Slogan是“我们 换个方式聊”:…

作为一个每天的接触计算机的程序员,肯定也会接触形形色色的软件,不过今天在此介绍的三款软件,则是我每天都要用到的,而且我认为它们非常好用,极大的提高了我的开发效率. 1.Chrome Google的大名可谓是无人不知无人不晓,它的出色绝不仅限于他们提供的搜索服务,早已融入人们的生活的Android系统也是他们的杰作,此外世界上最大的视频网站Youtube.屹立多年的Gmail服务等等也为人们的生活提供了极大的方便.今天要介绍的则是他们另一款令人惊艳的作品 - Chrome. 随着互联网时代的到来,…

本篇文章主要介绍了"两款JSON类库Jackson与JSON-lib的性能对比(新增第三款测试)",主要涉及到两款JSON类库Jackson与JSON-lib的性能对比(新增第三款测试)方面的内容,对于两款JSON类库Jackson与JSON-lib的性能对比(新增第三款测试)感兴趣的同学可以参考一下. 近日做一些性能优化工作,在挑选JSON类库时,发现除了一般常用的JSON-lib外,还有一款号称性能最快的JSON处理器Jackson,于是用上了刚学会的JMeter,对这两个类库进行…

一.蚂蚁金服团队推出的基于React antd (全名:ant.design) 友情跳链:https://ant.design/index-cn:使用antd模板:https://pro.ant.design/ (基于react) 优点: 不言而喻,阿里的蚂蚁金服团队,在前端组件UI上是下足了功底,喜欢开箱即用的可以直接使用,当然该组件不仅仅局限于使用react,同时你可以选用Vue与angular版本去搭配使用. 技术文档:VUE+antd  :  https://vue.ant.design…

三款免费好用的Gif录屏神器 1. 免费开源的GIF录制工具ScreenToGif 官网地址:http://www.screentogif.com/ ScreenToGif,国外免费开源小巧实用的Gif动画录制工具!使用ScreenToGif, 可以将屏幕任何区域及操作过程录制成GIF格式的动画图像,保存过程还可以对GIF动画进行编辑优化.这款非常优秀的工具原生单执行文件,界面非常简单,功能很实用,它具有录制屏幕.录制摄像头.录制画板.编辑器等功能,编辑器功能非常强大,支持自定义Gif循环播放次…

三款Nehalem至强5500塔式服务器横评对决(4) http://tech.sina.com.cn/b/2009-12-14/05051172233_4.shtml 可以看到两路服务器的设置 基本上用电量是 300w左右. http://www.sina.com.cn  2009年12月14日 05:05  中关村在线 [商用频道] [IT采购] [新品速递] [信息化] [应用] [技术趋势] [新闻与评论] [访谈] [CIO] 富士通PRIMERGY TX300 S5 富士通PRIME…

人的感知分为:视觉.听觉.嗅觉.味觉.触觉.视觉即是对光的强弱.颜色.鲜艳程度的感知.视觉在纸质上通过图像来表达,在计算机数字领域则通过图像(位图)和图形(矢量图)来表达,本文提及的三款软件均为图像(位图)编辑软件. 1.Photoshop(2020_21.0.1.57) 官网:https://www.adobe.com/cn/products/photoshop.html 官方直链:(需用官方下载器登录Adobe账户在线安装) *鉴于官方没有提供独立安装包,所有网上流传的安装包均由第三方提取的…