Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

系统环境 Win11 22H2 企业版 开启虚拟化.window subsystem for liunx等虚拟机相关的功能 应用商店中安装WSL2 安装步骤 打开Ubuntu,输入sudo apt full-upgrade,并输入设置好的密码 安装cmake编译器sudo apt install cmake 安装c和c++编译器sudo apt install gcc&g++ 下载gromacs源码sudo wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2…

序:这段时间忙于奔波,好久没有更新了,今天更新一下,继续上节课的完善讲解,算是对前段时间的一个总结吧.披星戴月的时光也算有点应用效果了. 对于webgl(three.js)性能这一块我在上节课<使用webgl(three.js)搭建一个3D建筑,3D消防模拟——第三课>已经给了详细的说明比较与解决方案 技术交流邮箱1203193731@qq.com 本节概要: 继上节课我们说的消防相关的操控模拟,本节课我们继续讲解用three.js创建大场景模拟与实现 本节课我们主要实现一个园区的消防三维模拟…

引言 这两天沉迷了Google SketchUp,刚刚玩够,一时兴起,研究了一下WebBrowser. 我在<WebBrowser控件使用技巧分享>一文中曾谈到过“我现在可以通过WebBrowser实现对各种Html元素的操控,唯独无法控制Html的上传控件”,出于安全原因,IE没有对上传控件提供操控支持,这使得我们没法像控制其他控件一样用简单的代码进行赋值. 比较实际的解决方案就是模拟操作了,下面我就将演示通过键盘.鼠标两种方式模拟点击“浏览”按钮,然后配合键盘模拟输入文件路径,并按回车键确…

Jsoup实现java模拟登陆 2013-10-29 14:52:05|  分类: web开发|举报|字号 订阅     下载LOFTER我的照片书  |     1:如何获取cookies. 1.1:由于需要登录,故先模拟登陆时的那一个<form>,这里用map来装载变量名称,变量值.   Map<String, String> map = new HashMap<String, String>(); map.put("username", use…

Liquid Input 流体输入 本文主要讲解Input折叠栏中的内容.原文地址:https://docs.chaosgroup.com/display/PHX3MAX/Liquid+Input 主要内容 Overview 综述 Parameters 参数 Time Bend Controls Channel Smoothing Channels Mapping 通道映射 Overview The Input roll-out determines the path of the input…

Software Card Emulation in NFC-enabled Mobile Phones: GreatAdvantage or Security Nightmare? Michael Roland NFC Research Lab Hagenberg University of Applied Sciences Upper Austria Softwarepark 11, 4232 Hagenberg/Austria michael.roland@fh-hagenberg.at…