使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

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使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系…

用GEOquery从GEO数据库下载数据--转载

https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号…

cuffdiff 和 edgeR 对差异表达基因的描述

ASE又走到了关键的一步要生成能决定是否有差异表达的table. 准备借鉴一下cuffdiff和edgeR 的结果 cuffdiff对差异表达基因的描述: 一共十四列: 第一列, test_id a unique identifer describing the transcript, gene, primary transcript, or CDS being tested. eg XLOC_000003 第二列,gene_id eg XLOC_000003 第三列, gene 第四列,…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装最简单的安装方法,注意版本下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

tile38 一款开源的geo 数据库

tile38 是基于golang 编写的geo 数据库,支持地理空间索引.实时地理围栏,同时也支持leader-flower 的部署模型备注: 下边测试一个简单的地理围栏功能环境准备 docker-compose 文件包含了一个简单的webhook 工具 version: "3" services: app: image: tile38/tile38 ports: - "9851:9851" benthos: image: je…

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q…