Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信…

fasta格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式.在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释. 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用">"作为起始),用于序列标记.从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号(参见下表).通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母…

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟…

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto…

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要…

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name…

一.生成dex文件 我们可以通过java文件来生成一个简单的dex文件 编译过程: 首先编写java代码如下: (1) 编译成 java class 文件 执行命令 : javac Hello.java 编译完成后 ,目录下生成 Hello.class 文件 (2) 编译成 dex 文件 dx --dex --output=Hello.dex Hello.class 编译正常会生成 Hello.dex 文件 00 34指明jdk版本,这个原因是jdk版本过高了,我们得使用1.6版本的JDK来进行…

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff…

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列.每行的数据格式要求一致(见下图). 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致. BED文件结构:-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------…