植物GO注释

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本文主要是对没有GO term库的植物进行注释. 1.选用AgriGo 进行注释,在agriGO中点击species后,查看与你目标物种相近的物种作为库 2.比如我以甜菜为例为了找到和GO term对应的ID,先找到PLAZA,进入网站https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/download/index 点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜,下载改ID对应的文件,进…

植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不…

【基因组学】maker的安装和注释

本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容. maker作为比较受人认可的基因组注释软件,其流程较为清晰简单. 不知何故,我的conda无法安装maker,故而采用手动安装方式. maker软件官网:http://www.yandell-lab.org/software/index.html. 植物基因组注释使用maker-p,包含了maker主程序和其他依赖: mkdir /abyss/soft/maker # 新建流程文件夹植物基因组注释包含了一些东西: #maker…

R包对植物进行GO，KEGG注释

1.安装,加载所用到到R包用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包…

GO注释

1.GO资源简介由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加,生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识.基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源.GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构,表现为有向无环图. GO注释(GO annotations)的语料库,将特定的基因产物(蛋白质.非编码RNA或大分子复合物,为简单起见,我们通常将其称为“基因”)与特定的…

【最大权闭合图】BZOJ1565-[NOI2009]植物大战僵尸

害怕地发现我以前写的Dinic几乎都是有错的……??!!! [题目大意] (以下摘自popoqqq大爷)给定一个m*n的草坪,每块草坪上的植物有两个属性:1.啃掉这个植物,获得收益x(可正可负)2.保护(r,c)点的植物不被啃掉.任何一个点的植物存活时,它左侧的所有植物都无法被攻击,求最大收益. [思路] 首先我们很容易发现,植物存活有一个依赖关系,显然是一个最大权闭合图,即从被保护者指向保护者(简单来说,就是只有保护者被吃掉的情况下,被保护者才有可能被吃掉). 注意,如果构成了一个环,则不会被…

扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类 4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…

KEGG注释

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG…

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------…

浅谈JSP注释

HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:  <table><tr><td>欢迎访问!</td></tr></table> 使用该方法注释的内容在客户端浏览器中是看不到的,但是可以通过查看页面源代码看到注释内容.查看源代码如下: <head> <met…