1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa…

未用到的引脚设置,浮空引脚设置.可以设置浮空电压…

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

转载:http://www.realbio.cn/news/124.html https://blog.csdn.net/seallama/article/details/43820763 http://www.cnblogs.com/huangying78/p/8638506.html 1. 数据库的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库.关于mysql用户的创建我们不在此进行介绍,我们以已经建立好的账户(账户名user,密码123456)为例进行操作.A. …

[环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一个环境空间,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了.…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至…

前言 nginx分段下载通过ngx_http_range_filter_module模块进行处理,关于HTTP分段下载过程,可以参考HTTP分段下载一文,主要分为一次请求一段和一次请求多段 涉及数据结构 typedef struct { /*文件开始位置*/ off_t start ; /*文件结束位置*/ off_t end ; /*一次请求多个部分时Content-Range字段 格式:SSSS-EEEE/TTTT*/ ngx_str_t content_range ; } ngx_http…

这个版本,只能算是一个雏形,把最基本的东西给完成了,不过,后面可添加的也不多.有一点,还是想去实现,那就是敌方坦克自己寻找对手!也就是游戏AI. emmm, 什么时候可以了解一下这个AI.顺便学学python. 这个帖子只是为了贴上代码,对后续的代码作为优化和添加游戏AI做准备的. 1. 各类接口 package Event; /* *具有攻击力的接口 */ public interface Attackable { /* * 校验具有攻击力的实物, 和, 具有被攻击的实物,是否能撞在一起 *…

融合基因(Fusion gene)是指两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因的过程.其有可能是染色体易位.中间缺失或染色体倒置所致的结果. 异常的融合基因可以引起恶性血液疾病以及肿瘤.例如典型的EML4-ALK BCR-ABL融合基因可以导致白血病,此外还有在前列腺癌症里面经常被发现的TMPRSS2-ERG,在非小细胞肺癌里面经常发现的EML4-ALK,VTI1A-TCF7L2 (直肠癌). 目前的融合基因分类有可分为一下5种: 目前已经很多在线工具,基于高通量测序数据来对检测融合基…

1. ngx_http_top_header_filter 该链表主要是用于构造响应消息的消息报头. ngx_http_top_header_filter 单链表有如下模块插入了操作: ngx_http_not_modified_filter_module: ngx_http_not_modified_header_filter ngx_http_headers_filter_module:ngx_http_headers_filter ngx_http_userid_filter_module…

Nginx 是一位俄罗斯人 Igor Sysoev(伊戈尔·塞索斯夫)编写的一款高性能HTTP和反向代理服务器. Nginx 主要是有C编写的,安装Nginx需要GCC编译器(GNU Compiler Collection).除了这个,Nginx的一些模块需要其他第三方库的支持,例如gzip的zlilb库,rewrite的pcre库,ssl功能需要openssl库等. 1)安装Pcre Perl语言兼容正则表达式 (Perl Compatible Regular Expressions) ,首先…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

1)blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大.当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际.因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间.与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度. 2)blast的大致原理 blast 程序首先查询query序列的所有子…

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.…

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa…

链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+): 1.  下载软件BLAST: 在以下网址  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载:   ncbi-blast-2.2.29+-x6…

进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是: [00] Query id [01] Subject id [02] % identity [03] alignment length [04] mismatches [05] gap openings [06] q. start [07] q. end [08] s. start [09] s. end [10] e-value [11] bit score…

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随…

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre…

我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用…

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

JAVA 急速WEB框架Blast --对JavaWeb的学习性框架,参考了spring的实现 --阅读Blast源码可以快速掌握JavaWeb常用技术和方法论,并付诸实践 Blast 是基于 Java 语言的极速 WEB 框架,其核心设计目标是开发迅速.代码量少.学习简单.功能强大.轻量级.在拥有Java语言所有优势的同时再拥有ruby.python等动态语言的开发效率!为您节约更多时间,去陪恋人.家人和朋友 ;) 实现功能 IOC 依赖注入 AOP 面向切面 注解支持 样例 启动Blast容…

建库 减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件1,建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb    http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 建立核算库:  formatdb -i  fa -p F -o T 2.比对 blastn为例:blastn -query tese.fa -db dbname -out…

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht…

NCBI 教程:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/ 本地使用 blast 的步骤 1. 构建本地数据库索引 $makeblastdb -in hs_chr.fasta -dbtype nucl -out hs_chr 2. 进行比对…

用bioperl 解析blast的默认输出结果, 整理成-m8格式的输出 #!/usr/bin/perl use Bio::SearchIO; my ($blast) = @ARGV; my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => "blast", -file => "test.bls"); while (my $result = $searchio->next_result) { while (my $h…

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc…

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后…

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…