First]前处理 Second]运行MD Third]后处理 一.获得结构文件-来自实验数据或者某些化学软件工具 1]第一步: 获取并处理pdb文件 从Protein Data Bank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载). 在Linux下你可使用如下命令: wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1OMB.pdb 二.选择力场,获得力场参数 pdb2gmx  -f *.pdb -o *.gro -ignh -ter -water spc 三.构…

Author:Maddock Date:2015.04.22 转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/adong7639/p/4446828.html DNG格式基本概念 DNG格式是在TIFF的基础上扩展出来的,要了解DNG,需要清楚TIFF, TIFF/EP, DNG,RAW之间的关系. TIFF/EP TIFF是一个灵活适应性强的文件格式.通过在文件标头中使用"标签",它能够在一个文件中处理多幅图像和数据.标签能够标明图像的如图像大小这样的基本几何尺寸,或者…

spark集群中的节点可以只处理自身独立数据库里的数据,然后汇总吗? 修改 我将spark搭建在两台机器上,其中一台既是master又是slave,另一台是slave,两台机器上均装有独立的mongodb数据库.我是否可以让它们只统计自身数据库的内容,然后将结果汇总到一台服务器上的数据库里?目前我的代码如下,但是最终只统计了master里的数据,另一个worker没有统计上. val config = new Configuration() //以下代码表示只统计本机数据库上的数据,猜测问题可能…

CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |…

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1  Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file irest=0 Do not restart simulation maxcyc=2000 Ma…

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)…

SMASS 是在vasp的DFTMD中决定着系综的类型,在手册中给出的该参数具体信息如下: SMASS = -3 | -2 | -1 | [real] ≥ 0 Default: SMASS = -3 Description: SMASS controls the velocities during an ab-initio molecular dynamics run. ---------------------------------------------------------------…

基于CUDA的粒子系统的实现 用途: 这篇文章作为代码实现的先导手册,以全局的方式概览一下粒子系统的实现大纲. 科普: 对粒子进行模拟有两种基本方法: Eulerian(grid-based) method : 相对于固定坐标系的点进行属性计算 Lagrangian(particle) method : 相对于移动坐标系的点进行属性计算 这是两个完全不同的坐标系参考下的方法,而且这两种方法各自发展出了自己的方法派系. 在刚体动力学中的应用: 欧拉方法多被应用于固定坐标系下的动力学模拟,比如吊车,…

1. Can I use lammps to chemical reaction systems?Please note that you can only get as good an answer as you question is. nobody can tell without knowing what kind of chemical reaction. most likely not.In most cases that i know of you need to do ab in…