RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物…

数据分析流程 来自知乎孟浩巍的“快速入门生物信息学的”Live,超棒的~ 1.数据质控 首先是质控部分,使用fastqc进行对结果分析. 对于Illumia二代测序的结果质控包括两个方面,去掉测序质量不好的序列,即Quality Control:二是需要去掉连在玻璃上的短的接头,cut adaptor. -t 8表示调用8个核心去运算. 之后,对每一个序列文件都生成一个zip和一个html文件. 例如: 那么这2500000肯定是不同的基因,只不过这个机器的测序长度是150,所以所有的基因长度都…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

感谢这篇文章的作者:    http://www.cnblogs.com/strugglesometimes/p/4231359.html 编译是个很蛋疼的事情,本想把linux0.12在bochs上跑起来然后就可以各模块的学习,没想各种问题. 问题1: 1 gas -c -o boot/head.o boot/head.s 2 make: gas: Command not found gas已过时,将所有Makfile里gas -> as 具体解决方法 1 msed gas as msed 是…

文章发布于公号[数智物语] (ID:decision_engine),关注公号不错过每一篇干货. 数智物语(公众号ID:decision_engine)出品 策划.编写:卷毛雅各布 「我们相信,在垃圾泛滥的互联网海洋中,真正有价值的信息是绝对的稀缺品.」知乎CTO李大海曾在全球移动互联网大会提到知乎诞生的初心,而这位CTO也在各种场合不遗余力的提到知乎对于AI投入和应用. 知乎合伙人.CTO李大海 对于一个的坐拥1.4亿多用户,平均日活跃用户量超过 3400 万,人均日访问时长 1 小时,月累计…

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组…

让DB2跑得更快——DB2内部解析与性能优化 (DB2数据库领域的精彩强音,DB2技巧精髓的热心分享,资深数据库专家牛新庄.干毅民.成孜论.唐志刚联袂推荐!)  洪烨著 2013年10月出版 定价:79.00元 编辑推荐 本书作者在DB2China数据库论坛担任热点讨论版块版主,主持多次热点讨论以及专家现场诊断,擅长DB2数据库及相关产品的性能调优及故障分析,对DB2技能及实践经验有多年积累,并且近年来多位业界专家一直在积极推动DB2领域的技术交流,真正理解DB2技术人员真正的需求与痛楚,是DB…

php大力力 [025节] 来不及学习和分类的,大力力认为有价值的一些技术文章合集(大力力二叔公)(2015-08-27) 比较好的模版 免费模板网,提供大量DIV+CSS布局网页模板下载及后台管理 iOS 开发 UI 搭建心得(一) 驾驭 StoryBoard 零基础手写一个博客首页(视频播放已修复) - 兄弟连云课堂-猿代码 更接地气的线上IT技术精讲平台 使用ThinkPHP框架快速开发网站(多图) 清除页面广告?身为前端,自己做一款简易的chrome扩展吧 职位:前端攻城狮 单位:欢聚时…