Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

Java虚拟机JVM学习01 流程概述 Java虚拟机与程序的生命周期 一个运行时的Java虚拟机(JVM)负责运行一个Java程序. 当启动一个Java程序时,一个虚拟机实例诞生:当程序关闭退出,这个虚拟机实例也就随之消亡. 如果在同一台计算机上同时运行多个Java程序,将得到多个Java虚拟机实例,每个Java程序都运行于它自己的Java虚拟机实例中. 在如下几种情况下,Java虚拟机将结束生命周期: 1.执行了System.exit()方法 2.程序正常执行结束 3.程序在执行过程中遇到了…

ETL流程概述及常用实现方法 http://blog.csdn.net/btkuangxp/article/details/48224187 目录(?)[-] 1抽取作业 1手工开发抽取作业时候的常用方法 11当数据源和DW为同一类数据库时 12当数据源和ODS为不同类型数据库时 2更新数据的时间和数量的问题 21实时抽取数据 22批量抽取数据 221常用实现 222根据下载时候对数据的筛选方式可以分为 2转换作业 1数据清洗 2数据转换 3加载作业 4流程控制 5常用商业ETL工具   ETL…

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

  一 概念概述: 在语音识别(Speech Recognition)和话者识别(Speaker Recognition)方面,最常用到的语音特征就是梅尔倒谱系数(Mel-scale Frequency Cepstral Coefficients,简称MFCC).根据人耳听觉机理的研究发现,人耳对不同频率的声波有不同的听觉敏感度.从200Hz到5000Hz的语音信号对语音的清晰度影响对大.两个响度不等的声音作用于人耳时,则响度较高的频率成分的存在会影响到对响度较低的频率成分的感受,使其变得不易察…

EasyRTSPClient 设计过程 概述 EasyRTSPClient 基于live555构建而成. 今天讲讲EasyRTSPClient的设计过程 EasyRTSPClient,主要包括以下部分: 1. 创建live555对象, 连接相机和收流 2. 解析收到的视频分辨率 3. 将SDP.音视频流.分辨率及其它相关信息通过回调函数进行回调 4. 回调连接.断线状态 5. 根据参数执行是否重连 创建live555对象,连接相机和收流 网上很多介绍的都是使用testRTSPClient来做客户…

1.概述 为了更好地理解调度,我们先看一下集群模式的Spark程序运行架构图,如上所示: 2.Spark中的基本概念 1.Application:表示你的程序 2.Driver:表示main函数,创建SparkContext.并由SC负责与ClusterMananger通信,进行资源的申请,任务的监控和分配.程序执行完毕后,关闭SparkContext. 3.Executor:某个Application运行在worker节点上的一个进行,该进程负责运行某些task,并且负责将数据存在内存或者磁盘…

Dubbo基础一之实战初体验 - 池塘里洗澡的鸭子 - 博客园 (cnblogs.com)中体验了Dubbo的使用,对于消费端对服务提供者的调用非常清晰明确.那么Dubbo是如何做到的呢?下面对Dubbo的架构及处理流程做简单概述. Apache Dubbo是一款高性能的Java RPC框架,其前身是阿里巴巴公司开源的一个高性能.轻量级的开源RPC框架:提供服务自动注册.自动发现等高效率服务治理方法,可以与Spring框架无缝集成.其特性等具体可参考官网文档https://dubbo.apach…

OSharp是什么? OSharp是个快速开发框架,但不是一个大而全的包罗万象的框架,严格的说,OSharp中什么都没有实现.与其他大而全的框架最大的不同点,就是OSharp只做抽象封装,不做实现.依赖注入.ORM.对象映射.日志.缓存等等功能,都只定义了一套最基础最通用的抽象封装,提供了一套统一的API.约定与规则,并定义了部分执行流程,主要是让项目在一定的规范下进行开发.所有的功能实现端,都是通过现有的成熟的第三方组件来实现的,除了EntityFramework之外,所有的第三方实现都可以轻…

本文主要介绍WebRTC的APM. 现在主要介绍一下audio_processing.h. 首先插入了几个类,这些都是audio_processing的核心模块. class AudioFrame;  class EchoCancellation;  class EchoControlMobile;  class GainControl;  class HighPassFilter;  class LevelEstimator;  class NoiseSuppression;  class V…

大部分Java应用都是Web应用,展现层是Web应用不可忽略的重要环节.Spring为展现层提供了一个优秀的Web框架-Spring MVC.和众多其他Web框架一样,它基于MVC设计理念,此外,它采用了松散耦合可插拔组件结构,比其他MVC框架更具扩展性和灵活性.Spring MVC通过一套MVC注解,让POJO成为处理请求的控制器,无须实现任何接口,同时,Spring MVC还支持REST风格的URL请求:注解驱动及REST风格的Spring MVC是Spring3.0最出彩的功能之一.此外,…

这里补一篇基础的操作吧,不然总觉得没底! 1:创建一个线程组   2:添加一个cookie管理器   33333 3:设置你的信息头管理器:application/json;text/plain;charset=UTF-8   44 4:添加一个用户参数,做全局变量使用.此处将url写成全局变量,后期只需要在此处修改url,而不需要去每一个接口中单独调整     5:添加一个默认请求值,这里的参数设置之后可以作为后期所有接口脚本模板,不需要重复填写     6:添加一个控制器,为你的接口脚本分层…

原地址:https://blog.csdn.net/h655370/article/details/77727554 图片展示了Android的五层架构,从上到下依次是:应用层,应用框架层,库层,运行时层以及Linux内核层.而Android的启动流程是自下而上的,大体上分为三个阶段:1. BootLoader引导:2. 启动Kernel:3. 启动Android.如果再细化一点,则如下图所示: Android的启动过程可以分为两个阶段,第一阶段是Linux的启动,第二阶段才是Android的启…

Legacy pairing 从名字上看可以知道它是老式设备采用的配对方法. 配对的最终目的是为了生成key,key可以给链路加密,保证双方设备通信的安全性.那配对流程的讲述其实就是key的生成过程. key的生成是经过各种各样的算法,这里不会针对具体的算法讲述,而是着重描述其流程,以及key生成过程中的逻辑推理. Legacy pairing 的流程可以分为如下的几个阶段: 随机数的生成 key的选择以及生成. key的验证 下面先看一下 legacy pair 最终建立链路的流程图: 上图中…

http://blog.csdn.net/ooonebook/article/details/52939100 [uboot] uboot流程系列: [project X] tiny210(s5pv210)上电启动流程(BL0-BL2) 建议先看<[project X] tiny210(s5pv210)上电启动流程(BL0-BL2)>,根据例子了解一下上电之后的BL0\BL1\BL2阶段,以及各个阶段的运行位置,功能. =====================================…

1. Struts2架构图  当外部的httpservletrequest到来时 ,初始到了servlet容器(所以虽然Servlet和Action是解耦合的,但是Action依旧能够通过httpservletrequest取得请求参数), 然后通过Filter chain,Filter主要包括ActionContextCleanUp,它主要清理当前线程的ActionContext和 Dispatcher:FilterDispatcher主要通过AcionMapper来决定需要调用哪个Actio…

Spark是一个基于内存的分布式计算框架,运行在其上的应用程序,按照Action被划分为一个个Job,而Job提交运行的总流程,大致分为两个阶段: 1.Stage划分与提交 (1)Job按照RDD之间的依赖关系是否为宽依赖,由DAGScheduler划分为一个个Stage,并将每个Stage提交给TaskScheduler: (2)Stage随后被提交,并由TaskScheduler将每个stage转化为一个TaskSet: 2.Task调度与执行:由TaskScheduler负责将TaskSe…

在 App Store 上发行 App 的一般流程如下. 第 1 步:选择您的构建版本 每个 App 都可以有多个版本,且每个版本也可以有多个构建版本.若要在 App Store 上发行您的 App,请选择提交以供审核的构建版本. 第 2 步:设定价格与销售范围 您必须为您的 App 设定价格,并可为您的 App 选择特定地区.您的 App 默认在所有 App Store 地区可用.您还可以选择将您的 App 以预订形式发布. 第 3 步:提交 App 以供审核 您需要提交 App 以供审核从而…

之前写了几篇载入流程的说明,是从下向上看,有点仅仅见树木不见森林的感觉.经过近期一段时间的学习,有了能加以概括抽象的方法. WebKit载入流程和页面组成是直接相关的,页面就是WebKit要载入的对象. 所以WebKit负责载入的类也与负责页面管理的类相相应.Apple关于WebView的说明里清楚表现了页面视图上的MVC结构: 一个页面从元素上也有其层次结构.而且和载入类相应,例如以下: 从页面元素上讲WebView代表了一个页面的呈现.相应一个Page. 一个Page包括一个或多个Frame…

Spark是一个基于内存的分布式计算框架.执行在其上的应用程序,依照Action被划分为一个个Job.而Job提交执行的总流程.大致分为两个阶段: 1.Stage划分与提交 (1)Job依照RDD之间的依赖关系是否为宽依赖.由DAGScheduler划分为一个个Stage.并将每一个Stage提交给TaskScheduler: (2)Stage随后被提交,并由TaskScheduler将每一个stage转化为一个TaskSet: 2.Task调度与运行:由TaskScheduler负责将Task…

本文首发于 vivo互联网技术 微信公众号 链接:https://mp.weixin.qq.com/s/t__Jqzg1rbTlsCHXKMwh6A作者:赖勇高 本文主要讲解的是V8的技术,是V8的入门篇,主要目的是了解V8的内部机制,希望对前端,快应用,浏览器,以及nodejs同学有些帮助.这里不涉及到如何编写优秀的前端,只是对JS内部引擎技术的讲解. 一.V8来源 V8的名字来源于汽车的“V型8缸发动机”(V8发动机).V8发动机主要是美国发展起来,因为马力十足而广为人知.V8引擎的命名是G…

版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明.本文链接:https://blog.csdn.net/ooonebook/article/details/52939100 [uboot] uboot流程系列:[project X] tiny210(s5pv210)上电启动流程(BL0-BL2) 建议先看<[project X] tiny210(s5pv210)上电启动流程(BL0-BL2)>,根据例子了解一下上电之后的BL0\BL1\BL…

芯片设计分为前端设计和后端设计,前端设计(也称逻辑设计)和后端设计(也称物理设计)并没有统一严格的界限,涉及到与工艺有关的设计就是后端设计. Front-end design flow 1. 规格制定 芯片规格,也就像功能列表一样,是客户向芯片设计公司(称为Fabless,无晶圆设计公司)提出的设计要求,包括芯片需要达到的具体功能和性能方面的要求. 2. 详细设计 Fabless根据客户提出的规格要求,拿出设计解决方案和具体实现架构,划分模块功能. 3. HDL编码 使用硬件描述语言(VHDL,…

Spark SQL模块,主要就是处理跟SQL解析相关的一些内容,说得更通俗点就是怎么把一个SQL语句解析成Dataframe或者说RDD的任务.以Spark 2.4.3为例,Spark SQL这个大模块分为三个子模块,如下图所示 其中Catalyst可以说是Spark内部专门用来解析SQL的一个框架,在Hive中类似的框架是Calcite(将SQL解析成MapReduce任务).Catalyst将SQL解析任务分成好几个阶段,这个在对应的论文中讲述得比较清楚,本系列很多内容也会参考论文,有兴趣阅…

关键词:地基激光雷达 点云模拟 XML文件 作者:李二 日期:07/05/2020 - 08/05/2020 我目前仅仅使用了TLS模式进行模拟,所以先讲一下TLS的模拟经验. ALS和MLS的模拟,以后肯定也会做一下 1. 明确模拟数据需求 在正式模拟自己的数据之前,一定要明确好自己的模拟数据需求,毕竟一次TLS的模拟耗时挺长的(在尽可能贴近野外测量参数设置条件下). 比如我这里要做森林样方的TLS点云模拟,目的是评估不同的布站模式 scan design的数据获取质量以及对树木参数计算的影响…

MapReduce处理数据的大致流程 ①InputFormat调用RecordReader,从输入目录的文件中,读取一组数据,封装为keyin-valuein对象 ②将封装好的key-value,交给Mapper.map()------>将处理的结果写出 keyout-valueout ③ReduceTask启动Reducer,使用Reducer.reduce()处理Mapper的keyout-valueout ④OutPutFormat调用RecordWriter,将Reducer处理后的ke…

Application 指用户编写的Spark应用程序,其中包含了一个Driver功能的代码和分布在集群中多个节点上运行的Executor代码. Driver Spark中的Driver即运行上述Application的main()函数并创建SparkContext.创建的目的是为了初始化Spark的运行环境.SparkContext负责与ClusterManager通信,进行资源的申请.任务的分配和监控等.当Executor部分运行完毕后,Driver同时负责将SparkContext关闭,通…

Master部分 1.master初始化 以node name创建一个distributed logical router 创建两个load balancer用于处理east-west traffic,一个处理TCP,另一个处理UDP 创建一个名为"join"的logical switch用于连接gateway router和distributed router."join"的IP地址范围为100.64.1.0/24 将distributed router和&quo…