bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

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bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq. cat gffcmp.combined.gtf | grep -v exon | cut -f1,4,5,9 | cut -f1 -d";" | awk '{print $1, $2, $3, $5}' | sed -e '…

Revo Uninstaller Pro - 真正彻底卸载软件不留垃圾的强大神器！(清理安装残留文件/注册表)

大家都知道 Windows 在卸载软件时总是不够彻底,系统C盘总会留下大量难以辨别和清理的垃圾文件和临时文件,时间长了注册表也会变得非常臃肿,不仅浪费硬盘空间,而且也会明显拖慢系统响应和启动速度. Revo Uninstaller Pro 是一款极为强大好用的原生64位专业级软件彻底卸载工具,拥有先进智能扫描算法,可在卸载软件同时更彻底有效地清除与之相关的垃圾/临时文件和注册表键值:它能强制卸载那些正常卸载出错误的软件,也能通过监视软件安装过程来记录下系统更改之处,从而实现最干净的卸载.如果你希…

Beyond Compare文件对比神器，快来给文件找茬！

在工作中很多场景下都需要比对两个文件之间的差异,你是否还傻傻的同时打开两个文件,用眼睛一行一行的核对? 赶紧来试试这个神器Beyond Compare!!它可以快速的帮你找出两个文件的差异,而且还有其他很强大的功能! Beyond Compare Beyond Compare 4 是最好的文件同步对比工具,专门用于帮助您比较,合并或同步文件夹和文件.您可以轻松地比较整个驱动器或文件夹,并检查大小和修改日期.而且Beyond Compare还能够使用专为代码和文本文件制作的语法突出显示和比较规则来…

GTF/GFF文件的差异及其相互转换

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name…

Python基础（8）--文件

文件是我们储存信息的地方,我们经常要对文件进行读.写.删除等的操作,在Python中,我们可用Python提供的函数和方法方便地操作文件.文件可以通过调用open或file来打开,open通常比file更通用,因为file几乎都是为面向对象程序设计量身打造本文地址:http://www.cnblogs.com/archimedes/p/python-file.html,转载请注明源地址. 文件处理的函数和方法使用Open()函数可打开文件,语法格式如下: file_handler = ope…

分享一些 Windows 平台上的神器

下面分享一些 Windows 平台上日常开发使用的软件,有些软件我自认为是神器,可以大大提高效率. 编辑器类软件 IntelliJ IDEA IntelliJ IDEA 内部集成 Java 开发环境,具有代码智能提示,智能搜索,代码重构,版本控制工具集成(git,svn等),以及支持主流开源框架,如Spring.另外 IntelliJ IDEA 拥有一个丰富的插件库,可以很方便安装插件.通过安装插件,IDEA 还可以支持其他语言,如 Python. 建议通过 ToolBox 安装 Intelli…

RNA-seq 数据文件处理

http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具.它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理.一般的使用方法是: wget + 空格 + 参数 + 要下载文件的url路径,例如: 1wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz Wget常用参数 -b:后台下载,W…

使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864…

力推：无限制下载神器aria2

百度网盘是一个非常方便的存储以及寻找资源的好帮手,但是百度为了挣钱把非会员的下载网速一再限制(无力吐槽),还还好一直使用油猴插件加idm下载神器来下载百度云文件.奈何idm对bt种子文件不支持下载,终究不完美.所以当你下载bt种子文件时可以使用无限制下载神器aria2.这样下载东西就可以全覆盖了甚是完美. Aria2是一款免费开源跨平台且不限速的多线程下载软件,Aria2的优点是速度快.体积小.资源占用少:支持 HTTP / FTP / BT / Magnet 磁力链接等类型的文件下载:支持 W…

python基础——元组、文件及其它

Python核心数据类型--元组元组对象(tuple)是序列,它具有不可改变性,和字符串类似.从语法上讲,它们便在圆括号中,它们支持任意类型.任意嵌套及常见的序列操作. 任意对象的有序集合:与字符串和列表类似,元组是一个位置有序的对象集合(内容维持从左到右的顺序),可以嵌入到任何类别的对象中. 通过偏移存取:同字符串.列表一样,在元组中的元素通过偏移(而不是键)来访问.支持基于偏移的操作.如索引和分片. 属于不可变序列类型:类似字符串,元组是不可变的,它们不支持应用在列表中任何原处修改的操作.…

9_bootstrap less 移动端

chrome,firefox提供了"Device Emulation"功能,可模拟常见的各种浏览设备 android ADT或ios Xcode附带的设备模拟器,或第三方在线测试工具www.browerstack.com Responsive Web Design:响应式/自适应网页设计流式网格布局(Fluid:流式): 可伸缩的图片/文字 CSS3 Media Query技术,根据浏览设备的宽高调用不同的css ①允许用户缩放:head内声明viewport <head>…

自定义Sublime Text图标详细教程

改造后的Sublime 先看看我改造后的神器图标,接下来你就知道下面是干什么的了 : 之前无意间在刘哇勇的博客上看到这么一篇文章,很好奇就尝试着更改Sublime Text图标,可总是出错(出错原因是图标尺寸不对称),后来自己网上查了一下,搜到一个叫eXeScope 的神器,用它就顺利的更改成功了!雕虫小技,让大家也尝尝鲜. 准备工作: 1.把我分享到网盘上的神器eXeScope 下载下来. 2.准备好你要替换的.icon图标,切记尺寸为:16,32,48,推荐到这个…

GFF format

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

android菜鸟学习笔记2----关于adb

adb : android debug bridge android调试桥路径:adt-bundle目录/sdk/platform-tools/adb.exe 常见的adb命令: adb devices 列出所有启动的模拟器 adb start-server 启动adb服务 adb kill-server 停止adb服务 adb shell 之后可以执行linux shell命令 adb [–s 模拟器名称] install 应用程序.apk 同时有多个模拟器在运行时,必须使用-s指定要…

这些小众软件让你的效率提升N倍！（必备，收藏）

大部分的我们,电脑买来之后,软件越装越多,电脑越来越卡,导致工作的效率也是越来越低. 同时还可能长期处于软件安装完又卸载的无限恶性循环中.提高工作效率是我们利用电脑办公的一大优势,安装好的软件更是可以极大的提高我们的工作效率. 小编对电脑软件安装.摆弄也算是个小发烧友,这两天整理了正在使用的一些小众软件分享给大家.相信用完这些软件不仅可以让你极大的提高工作的效率,还会让你用电脑时有一种如沐春风的感觉. 1 Everything 系统文件搜索神器 Windows自带的文件搜索功能真的让人不忍直视,…

记录利用ettercap进行简单的arp欺骗和mitm攻击过程

方法均来自网络,本人只是记录一下自己操作的过程,大神请无视之- 攻击主机平台:kali-linux 被攻击主机:安卓手机192.168.1.107 (在同一局域网内) 1.利用ettercap进行arp欺骗: root权限下打开ettercap:ettercap -C (curses UI) ettercap -G (GTK+ GUI) curses UI工作界面: GTK+ UI工作界面: 这里以GTK+ UI为例,打开ettercap之后,选择Sn…

Ubantu16.04系统优化

系统清理篇系统更新安装完系统之后,需要更新一些补丁.Ctrl+Alt+T调出终端,执行一下代码: sudo apt-get update sudo apt-get upgrade 卸载libreOffice libreoffice事ubuntu自带的开源office软件,体验效果不如windows上的office,于是选择用WPS来替代(wps的安装后面会提到) sudo apt-get remove libreoffice-common 删除Amazon的链接 sudo apt-get…

ubuntu16.04主题美化和软件推荐

前几天把ubuntu从15.10更新到了16.10,在网上看到有很多直接更新出问题的,正好赶上换SSD,于是采用全新安装,之前用ubuntu的时候装软件最让人头疼了,这回又得头疼一次了!! 索性把他记录下来,既能方便以后重装,又能与大家分享一下! 系统清理篇系统更新安装完系统之后,需要更新一些补丁.Ctrl+Alt+T调出终端,执行一下代码: sudo apt-get update sudo apt-get upgrade 卸载libreOffice libreoffice事ubuntu自带…

干货分享：vue2.0做移动端开发用到的相关插件和经验总结(2)

最近一直在做移动端微信公众号项目的开发,也是我首次用vue来开发移动端项目,前期积累的移动端开发经验较少.经过这个项目的锻炼,加深了对vue相关知识点的理解和运用,同时,在项目中所涉及到的微信api(微信分享,微信支付),百度地图api(如何实例化地图,给地图添加自定义覆盖物,给地图添加自定义标注,对地图进行缩放,拖拽等)的相关使用,开阔了自己的知识眼界:现将我开发过程中积累的相关经验与大家进行分享,希望和大家一起学习和进步.... vux:Vue 移动端 UI 组件库的使用: vue-lazy…

拯救安卓手机的数据（无法进入系统只能打开recovery）

这里不得不赞一个谷歌的开放,如果不是这样读取数据就很糟糕了,记得一千带着我的mac本子到苹果店,那个所谓的“天才”就说苹果的数据无法读取,我了个艹,为了避免丢失你必须得准备一个TM.好了废话不多说,进入正题. 准备工作: 这里必须是能进recovery的手机,如果你的屏幕按了半天都没反应的话就不属于这个范围: 应该是要root的,不root就能读取数据安卓就没安全可言了,当然我是非要root不可的: 电脑装好你设备的usb驱动,不懂哪个是驱动就把官方提供的东西全部装一边: 下载ADB工具,这可是…

StringTie用法详解

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA…

七种常见的核酸序列蛋白编码能力预测工具 | ncRNAs | lncRNA

注:这些工具的应用都是受限的,有些本来就是只能用于预测动物,在使用之前务必用ground truth数据来测试一些.我想预测某一个植物的转录本,所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下.(测试的结果还是比较惊人的) CPC (熟悉的名字,原来是北京大学的高歌.魏丽萍开发的) 搜文章时才发现2017年已经出了CPC2了 CPC可在线使用a Support Vector Machine-based classifier, named Coding Potential Calculator (CP…

swift--歌曲播放示例

使用MPMoviePlayerController我们可以是进行音乐播放,如下图: 接口的话,我是自己在本地上搭建了个服务器,自己请求自己…

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南内容前言各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南.这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分.这是这篇文章的通讯作者,…

vue2.0做移动端开发用到的相关插件和经验总结

最近一直在做移动端微信公众号项目的开发,也是我首次用vue来开发移动端项目,前期积累的移动端开发经验较少.经过这个项目的锻炼,加深了对vue相关知识点的理解和运用,同时,在项目中所涉及到的微信api(微信分享,微信支付),百度地图api(如何实例化地图,给地图添加自定义覆盖物,给地图添加自定义标注,对地图进行缩放,拖拽等)的相关使用,开阔了自己的知识眼界:现将我开发过程中积累的相关经验与大家进行分享,希望和大家一起学习和进步.... vux:Vue 移动端 UI 组件库的使用: vue-lazy…