DNA序列编码中Hairpin的定义和计算 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文献 [1] 张凯. DNA计算核酸编码优化及算法设计[D]. 2008. [2] Shin, Soo Yong , et al. "Multiobjective evolutionary optimization of DNA sequences for reliable DNA computing." IEEE Transactions on Evolutionary Compu…

概述 Mermaid(美人鱼)是一套markdown语法规范,用来在markdown文档中定义图形,包括流程图.序列图.甘特图等等. 它的官方网站是 https://mermaid-js.github.io/mermaid/#/ 另外有一个在线的测试网站 https://mermaid.live 强烈建议用这个来编写,因为有语法智能提示,还能实时看到效果.写好后,再复制到你的文档里面来,mermaid 还提供了可以将图形文本生成网页地址,或者图形链接的功能,可以很方便地进行分享 如何使用 博客园…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

题目描述: 一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成.G和C的比例(定义为GC-Ratio)是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度).在基因工程中,这个比例非常重要.因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点. 给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列. 输入 输入一个string型基因序列,和int型子串的长度 输出 找出GC比例最高的字串 样例输入 AACTGTGCACGACCTGA…

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i…

5.1循环序列模型 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 1.1什么是序列模型 在进行语音识别时,给定了一个输入音频片段X,并要求输出片段对应的文字记录Y,这个例子中的输入和输出都输序列数据.因为X是一个按时序播放的序列音频而输出Y是一系列单词. 音乐生成使用的也是序列数据,在这个例子中只有输出数据Y是序列,而输入数据可以是空集也可以是个单一的整数,这个数可能指代想要生成的音乐风格也可能是你想要生成的那首曲子的前几个输入. 情感分类问题中,输入是一串文字,输出是情感的评价 DN…

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0…

重复的DNA序列 所有 DNA 由一系列缩写为 A,C,G 和 T 的核苷酸组成,例如:"ACGAATTCCG".在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助. 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列(子串). 示例: 输入: s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT" 输出: ["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 思…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================…