扩增子图表解读6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示. 韦图绘制工具常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图” 韦恩图在扩增子中用途展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有…

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化.由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图.和上文讲的曼哈顿图类似. 火山图基本元素火山图也有很多种样式,在生物学高通量测序结果中,常见有的X和Y轴分别为aboundance 和 fold-change,或p-value和fold-change两种样式.如上图中为p-value versus fold-change的样式,,先此为例进行图中基本元素解读: - X轴:通常为两组基因表达或…

扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果. 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现. 热图优点因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律. 热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的…

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上…

扩增子图表解读1箱线图：Alpha多样性

箱线图箱形图(Box-plot)又称为盒须图.盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图.因形状如箱子而得名.在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体范围第二种情况,最大或最小值超过1.5倍箱体范围,外位延长线外,即异常值(outliers) Alpha多样性知识背景:Alpha多样性计算方法常见的丰度估计方法有Shannon, Chao1和Observed OTU和PD whole tree等.我…

宏基因组扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

散点图数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA). Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异. 分析方法在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(…

扩增子图表解读8网络图：节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性. 因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没…

扩增子分析解读6进化树 Alpha Beta多样性

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息. 接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值. 16. 进化树构建进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal…

网页图表Highcharts实践教程之标签组与载入动画

网页图表Highcharts实践教程之标签组与载入动画 Highcharts标签组在图表的大部分元素都提供了标签功能.但很多时候,我们需要额外说明一些信息.这个时候借助原有的图表元素的标签功能就不是很方便.Highcharts为用户提供了标签组功能.使用该功能可以在图表区的任意位置添加一个或者多个标签,如图3.9所示.该图表中在副标题前面增加一个标签,用以说明数据列展现的年份. 图3.9 标签组的应用 Highcharts标签组的结构在Highcharts中,标签组使用labels组件…

扩增子分析解读4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表

本节课程,需要先完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU. 接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表. 什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列…

网页图表Highcharts实践教程之标签组与加载动画

网页图表Highcharts实践教程之标签组与加载动画 Highcharts标签组在图表的大部分元素都提供了标签功能.但非常多时候,我们须要额外说明一些信息.这个时候借助原有的图表元素的标签功能就不是非常方便. Highcharts为用户提供了标签组功能.使用该功能能够在图表区的任何位置加入一个或者多个标签,如图3.9所看到的.该图表中在副标题前面添加一个标签,用以说明数据列展现的年份. 图3.9 标签组的应用 Highcharts标签组的结构在Highcharts中,标签组使用labe…

Wijmo金融图表系列之等量图&成交量柱状图

Wijmo金融图表有很多类型,我们来一一介绍.之前介绍了平均K线图(Heikin-Ashi)和砖形图,现在我们来一起看看等量图和成交量柱状图. 图表 #3: 等量图(EquiVolume) 等量图和K线图相似,但是以宽度可变的框(无蜡烛芯)代替了k线.取缔了开盘/收盘组件的是等量图线框包含了高价和低价组件,并且线框宽度成为第三个标识:成交量.下面的示例表示为一天的总交易额.颜色表示收盘价是否高于或低于前面的收盘价. 下面示例中,您可以看到股价哪里呈上升趋势,哪里下跌,在10月29至30日,在股价…

Android开源图表图形库K线图

Android开源图表图形库K线图 web端k线图一般使用TradingView,android原生的一般是在MPAndroidChart 基础上做开发的,目前看到一个比较好的K线开源组件是KChartView(看起来跟火币的app K线图很像):https://github.com/tifezh/KChartView ,ios应该也有类似的开源组件. AndroidJiang/StockChart: 本demo支持pull requests,大家可以一起来完善.https://github.c…

Python的可视化包 – Matplotlib 2D图表(点图和线图,.柱状或饼状类型的图),3D图表(曲面图，散点图和柱状图)

Python的可视化包 – Matplotlib Matplotlib是Python中最常用的可视化工具之一,可以非常方便地创建海量类型地2D图表和一些基本的3D图表.Matplotlib最早是为了可视化癫痫病人的脑皮层电图相关的信号而研发,因为在函数的设计上参考了MATLAB,所以叫做Matplotlib. 1. 2D图表Matplotlib中最基础的模块是pyplot.先从最简单的点图和线图开始,比如我们有一组数据,还有一个拟合模型,通过下面的代码图来可视化. a.点图和线图 x=[0,1,…

扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类 4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…

扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析. 接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的…

R绘制韦恩图 | Venn图

解决方案有好几种: 网页版,无脑绘图,就是麻烦,没有写代码方便极简版,gplots::venn 文艺版,venneuler,不好安装rJava,参见Y叔酷炫版,VennDiagram 特别注意: 目前主流的韦恩图都只支持5个类别,多了不能使用韦恩图. UpSet某种程度上可以显示多于5个类别,但是结果不是很直观,不推荐. library(ComplexHeatmap) m = make_comb_mat(venn.list) UpSet(m) 1. 网页版的就不说了,非常简单,直接输入数据就…

SQL Server里在文件组间如何移动数据？

平常我不知道被问了几次这样的问题:“SQL Server里在文件组间如何移动数据?“你意识到这个问题:你只有一个主文件组的默认配置,后来围观了“SQL Server里的文件和文件组”后,你知道,有多个文件的自定义文件组会是个更好的主意.但你现在如何从主文件组里移动现有数据到新加的文件组? 这篇文章的目的是向你展示你如何在文件组间移动数据.首先我会谈下聚集和非聚集索引,然后我会谈下如何在堆表里移动数据.让我们开始吧! 移动聚集和非聚集索引一般来说在你的表上通常应该有一个聚集索引.有了现存的聚集…

UML类图与类间六种关系表示

UML类图与类间六种关系表示 1.类与类图类封装了数据和行为,是面向对象的重要组成部分,它是具有相同属性,操作,关系的对象集合的总称. 类图是使用频率最高的UML图之一. 类图用于描述系统中所包含的类以及它们之间的相互关系,帮助开发人员理解系统,它是系统分析和设计阶段的重要产物,也是系统编码和测试的重要模型依据. 2.类的UML表示方法在UML类图中,类使用包含类名,属性和方法且带有分隔线的长方形来表示. (1) 属性及方法表示形式: 可见性名称 : 类型 [=缺省值] (2) 方法表示形…

Linux命令之pstree - 以树状图显示进程间的关系

pstree命令以树状图显示进程间的关系(display a tree of processes).ps命令可以显示当前正在运行的那些进程的信息,但是对于它们之间的关系却显示得不够清晰.在Linux系统中,系统调用fork可以创建子进程,通过子shell也可以创建子进程,Linux系统中进程之间的关系天生就是一棵树,树的根就是进程PID为1的init进程. 常用参数格式:pstree 以树状图显示进程,只显示进程的名字,且相同进程合并显示. 格式:pstree -p 以树状图显示进程,还显示进…

[Linux] Linux命令之pstree - 以树状图显示进程间的关系

转载自: http://codingstandards.iteye.com/blog/842156 pstree命令以树状图显示进程间的关系(display a tree of processes).ps命令可以显示当前正在运行的那些进程的信息,但是对于它们之间的关系却显示得不够清晰.在Linux系统中,系统调用fork可以创建子进程,通过子shell也可以创建子进程,Linux系统中进程之间的关系天生就是一棵树,树的根就是进程PID为1的init进程. 常用参数格式:pstree 以树状图显…

Jmeter线程组间传递参数

现在做测试和以前不太一样了,以前只要站在一个用户的角度做端到端的UI测试就可以了,现在不会做接口测试,出去都不好意思和别人打招呼.那提到接口测试,就不得不提一下接口测试利器Jmeter,大家也都知道,Jmeter是基于线程来跑接口甚至压力测试的,所以在使用中会有一个线程组的概念,同一个线程组下面是可以共享参数的,那换句话来说,不同线程组直接就无法直接共享参数,这样对我们的使用是非常不便的. 大家可以想象一个场景,假设我们在测试一个购物车程序,而加东西进购物车之前,我们需要先登录.在正常的场景下,…