已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ left.Paired.qtrim.fq.gz left.Unpaired.qtrim.fq.gz \ right.Paired.qtrim.fq.gz right.Unpaired.qtrim.fq.gz \ SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN…

java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \ P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_paired.fq.gz lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gzlane1_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 S…

http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents expected learning outcomes getting started exercise 1: checking Illumina data with the FASTX-Toolkit exercise 2: checking 454 data with the FASTX-Too…

1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip unzip Trimmomatic-0.38.zip wget http://www.usa…

EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by Bojan Niceno, it is a two-dimensional quality mesh generator. EasyMesh can generate two dimensional, unstructured, Delaunay and constrained Delaunay…

Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结了这些关于质量的定义后,可将问题的答案分为两个阵营: 符合要求(Conformance To Requirements):质量就是指产品或服务的可测量的属性满足一组固定的要求,也就是说,符合预先定义的要求. 满足客户需求(Meeting Customer Needs):质量独立于任何可测量的属性,也…

想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available. 现在这两个问题还没解决, 以后再看吧,先提交到g…

一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上,无法安装在WinXP.Win7等个人电脑的操作系统上) 二.安装前设置 1.首先在安装之前保证系统已经安装了SQL Server2000或者SQL Server2005: 2.启动服务:点击[我的电脑]右键——管理——服务和应用程序——SQLServer配置管理器——sql server 2005…