读书笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter5

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Chapter5 HOW DO WE COMPARE DNA SEQUENCES Bioinformatics Algorithms-An_Active Learning Approach http://bioinformaticsalgorithms.com/ 一. 1983年,Russell Doolitte 将血小板源生长因子[platelet derived growth factor(PDGF),一种刺激细胞增殖的物质]和其它已知基因比对,发现它的序列和原癌基因(oncogen…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter7

一.Lloyd算法算法1 Lloyd Algorithm k_mean clustering * Centers to Clusters: After centers have been selected, assign each data point to the cluster corresponding to its nearest center; ties are broken arbitrarily. * Clusters to Centers: After data points…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter2

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter1

Chapter1 WHERE IN THE GENOME DOES DNA REPLICATION BEGIN 一. ·聚合酶启动结构域会结合上游序列的一些位点,这些位点有多个,且特异,并且分布在两条链上.通过计算,找到出现频率最高的k-mer可能为为聚合酶结合位点:dnaA BOX. 但是如何定位Ori的大概位置呢? ·DNA链复制的不对称性,其导致突变速率的不对称,使得有(forward链C->T,脱氨基)的趋势.由此,依据skew增的处于forward链,skew减的处于revers…

读书笔记-Coding faster(英文版)

读书笔记-Coding faster(英文版) Getting More Productive with Microsoft visual Studio Author: Zain Naboulsi Sara Ford Chapter1: 开始. 在一台机器上可以安装多个版本的Visual Studio.推荐先从低版本开始安装,最后安装高版本. 可以修改Visual Studio的默认帮助信息为Online Help(需要连接网络). 导入和导出Visual Studio环境信息(备份,还原).…

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读书笔记-实用单元测试(英文版) Pragmatic Unit Testing in C# with NUnit Author: Andrew Hunt ,David Thomas with Matt Hargett Chapter1: 介绍. 单元测试不是用户和管理人员使用的工具.而是程序员自己为自己写的,用于验证代码的工具. 单元测试提高了我们对自己输写的程序的信心. 单元测试可以证明程序是按照程序的意愿进行工作的. 单元测试可以让我们把更多的时间放在coding上,而不是debugging…