转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件…

NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transfor…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要 现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-…

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件. 软件的下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz StringTie 使用说明:新…

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng…

参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个东西是多么的诱人,可以毕业,可以评职称,可以拿绩效. 现在的文章都是有套路的,也不能说是水文,但大多是一个模式下的产物,真正有价值的好文其实是少之又少的. 大部分的Paper都是八股文,只需要填词就好了. Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies gen…