目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f…

myeclipse和eclipse集成编译软件,都提供了一个快捷键用来批量重命名变量:Alt+Shift+R组合键,用来在一个java文件中批量的重命名变量.扩展知识:如果想要重命名文件名,又不想手动去更改已经引用的文件名,这时候,点击右键,找到Refactor,重新命名,勾选引用变量一同修改的选项,点击确定,就可以自动更改所有引用该文件名的文件.…

常规情况下,我们利用Crtl+F可以在文档中查找字符串,进行替换等操作. 但要有的时候,我们要在大量文件中做这种查找操作,显然,一个个的打开文档是不现实的. 比如: 最近,谷歌被墙的很厉害,导致很多wordpress的主题访问速度极其慢.主要是JS脚本,甚至字体都严重依赖GOOGLE的公共类库.这种情况下,我们要把主题中相关的连接进行更换才能解决. 但是,主题中的文件非常多,一个个的打开根本不现实. 这种情况下,我们可以使用 Editplus实现批量替换. 1.点击搜索 ->在文件中查找 2.指…

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP…

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get…

目录 需求 解决 方法一 方法二 需求 客户随手丢来一个基因型文件,类似于hapmap格式,只是少了中间多余的那几列,像这种类hapmap格式文件,往往是芯片数据. 这样的数据因为缺乏等位基因:参考碱基和变异碱基信息,对应在vcf文件中就是REF和ALT,导致后续一些分析没法进行. 那么,问题来了:怎么根据这个基因型文件来推断参考和变异等位基因? 样本量大的时候是否能通过计算等位基因频率来判断?推断出来的结果不一定准确,鬼知道你的变异多不多? 解决 在网上查了下,不能只通过基因型文件来推断,还需…

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s…

一.MP4格式基本概念 MP4格式对应标准MPEG-4标准(ISO/IEC14496) 二.MP4封装格式核心概念 1  MP4封装格式对应标准为 ISO/IEC 14496-12(信息技术 视听对象编码的第12部分: ISO 基本媒体文件格式/Information technology Coding of audio-visual objects Part 12: ISO base media file format) 附-- 标准免费下载: Freely Available Standar…

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc313106(v=office.12).aspx  微软文档 PartI ****************************************************************************** 简单讲一下如何找到VbaProjectStgCompressedAtom的偏移值 1.在.PPT文件中,搜索 5F C0 91 C3, 这个值后面的4字节long,就是 offsetT…

bag文件是ROS常用的数据存储格式,因此要从bag文件中提取数据就需要了解一点ROS的背景知识. 1. 什么是ROS及其优势 ROS全称Robot Operating System,是BSD-licensed系统用于从PC上控制机器人组件.ROS系统由一系列的独立node组成,彼此间通过publish/subscribe消息传递模式相互沟通.比如某个传感器驱动由某个node执行,将该传感器数据用message stream的形式publish,而这些message则可以在数据处理或者日志节点被…