下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v…

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg…

split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如下: var mystr = "www.imooc.com"; document.write(mystr.split(".")+"<br>"); document.write(mystr.split(".", 2)+&…

/** *  从msg中提取指定的内容 * *  @param msg 字符串集合 * *  @return 从msg中提取指定的内容 */ -(NSString*)extractBodyFromMessage:(NSString* )msg{ NSString* body=msg; NSString* keyString=@"[来自网易邮箱的超大附件]"; NSScanner*scanner=[NSScanner scannerWithString:body]; [scanner s…

假设有文件长如下样子: CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  samplename 1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1 1 3552842 . T . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0…

提取指定数目的字符substr() substr() 方法从字符串中提取从 startPos位置开始的指定数目的字符串. 语法: stringObject.substr(startPos,length) 参数说明: 注意:如果参数startPos是负数,从字符串的尾部开始算起的位置.也就是说,-1 指字符串中最后一个字符,-2 指倒数第二个字符,以此类推. 如果startPos为负数且绝对值大于字符串长度,startPos为0. 使用 substr() 从字符串中提取一些字符,代码如下: <sc…

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s…

提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID) 同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”…

一.前言 我们在使用webpack构建工具的时候,通过style-loader,可以把解析出来的css通过js插入内部样式表的方式到页面中,插入的结果如下: <style> .wrapper { width:100%; height:50px; } .container { width:1200px; margin:0 auto; } ... </style> 如果不想使用这种方式,想用外部样式表的方式,那应该怎么做呢? 二.使用插件 这里有两个插件可以用,extract-text…