高中学生物的时候关于遗传学的部分,记得当时的教材上为了简化处理一般将基因型定义为AA, Aa, aa.其实这种抽象的理解对应付高考是很有用的,但是实际应用中如果还这样理解那么便会产生一些疑问.之所以会产生这样的抽象,原因是早期并不知道双螺旋DNA是遗传物质,就更不提什么中心法则和DNA测序了.然而当时非常有慧根的孟德尔先生他通过豌豆杂交实验发现了著名的孟德尔遗传定律.所以当早期人们对于遗传学的分子机制还没有那么深刻的认识的时候,就简单的将基因型与表型结合起来理解,所以前面提到的 AA,Aa(显性…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:…

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_7110867f0101njf5.html http://www.cnblogs.com/liuhui0622/p/6246111.html http://vcftools.sourceforge.net/specs.html http://en.wikipedia.org/wiki/Variant_Call_Format http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101f8ic.html…

引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf) Global minor allele frequency (MAF):  dbSNP is reporting the minor allele frequency for each rs included in  a default global population. Since this is being provided…

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86…

前面的话   CSS视觉格式化这个词可能比较陌生,但说起盒模型可能就恍然大悟了.实际上,盒模型只是CSS视觉格式化的一部分.视觉格式化分为块级和行内两种处理方式.理解视觉格式化,可以确定得到的效果是应该显示的正确效果,还是浏览器兼容性的bug.下面将详细介绍CSS视觉格式化 术语解释   了解CSS视觉格式化之前要先了解一些基本术语.而下面所有的术语中,最重要的就是基本框和包含块 [基本框]   CSS假定每个元素都会生成一个或多个矩形框,这称为元素框.各元素框中心有一个内容区(content…

(本文尤其适合遍览网上的讲解而仍百思不得姐的同学) 一.原理 AC自动机首先将模式组记录为Trie字典树的形式,以节点表示不同状态,边上标以字母表中的字符,表示状态的转移.根节点状态记为0状态,表示起始状态.当一个状态处有一个模式串终结则标记一下. 目前流传较多的讲解多大同小异,尤其是配图,基本采用的是Aho和Corasiek两位巨巨的文章efficient string matching an aid to bibliographic search里的,窃以为那张示意图存在失配点靠前的特点(什…

接理解加密算法(一)--加密算法分类.理解加密算法(二)--TLS/SSL 1 不安全的TCP通信 普通的TCP通信数据是明文传输的,所以存在数据泄露和被篡改的风险,我们可以写一段测试代码试验一下. TCP Server: const net=require('net'); const server=net.createServer(); const serverHost='127.0.0.1'; const serverPort=8888; server.on('connection',(cl…