下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/ 在这个目录下 其中windowmasker 为linux 平台的可执行文件 windowmasker 只需要根据基因组序列本身,就可以识别并标记高重复序列和低复杂度序列, 其有两种工作模式, 第一种为WinMasker模式, 用于识别重复序列:第二种为DUST模式,用于识别低复杂度序列: windowsmasker 的处理过程分为两步: 第一步先生成一个count文件,通过指定 …

发表时间:(2019年4月) IF:3.95 单位: 维也纳医科大学: 欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI): 分子病理学研究所: 奥地利科学院分子生物技术研究所: Gregor Mendel分子植物生物学研究所. 对象:质谱无标记定量结果 技术:聚类分析 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本文选择四个不同的数据集,分为基于谱图数计数和基于峰值强度计数的无标记定量两种情况,对谱图进行聚类算法分析,提高了低丰度蛋白的可检测性,并开发了可直接使用的聚类方法的PD节点. 二. 研…

cocoapods安装以及使用,安装过程中ruby版本过低 字数473 阅读103 评论1 喜欢2 1.打开终端 2.移除现有 Ruby 默认源 $ gem sources --remove https://rubygems.org/ 3.使用新的源 $ gem sources -a https://ruby.taobao.org/ 4.验证是否替换成功 $ gem sources -l 5.安装 CocoaPods (注意:此时如果提示ruby版本过低,请参考下边进行ruby升级) $ sud…

算法思想 统计二叉树中叶子结点的个数和度为1.度为2的结点个数,因此可以参照二叉树三种遍历算法(先序.中序.后序)中的任何一种去完成,只需将访问操作具体变为判断是否为叶子结点和度为1.度为2的结点及统计操作即可. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> int LeafCount=0; int Degree1Count=0; int Degree2Count=0; typedef char DataType; //二叉链表结点的数据类型 typ…

统计无向图中三角形的个数,复杂度m*sqrt(m). #include<stdio.h> #include<vector> #include<set> #include<math.h> #include<algorithm> using namespace std; #define LL long long vector<]; set<LL> st; ], link[], ]; int main(void) { LL ans,…

今天,我们将着眼于五个用于序列的聚合运算.很多时候当我们在对序列进行操作时,我们想要做基于这些序列执行某种汇总然后,计算结果. Enumerable 静态类的LINQ扩展方法可以做到这一点 .就像之前大多数的LINQ扩展方法一样,这些是基于IEnumerable <TSource>序列的操作. SUM() - 计算整个序列的总和 它有两种形式: SUM( ) 计算整个序列的总值. 源类型必须是以下类型之一: int,long,double,decimal,single 或这些类型的可空变种(i…

如何将Matlab中"模糊控制设计器"的隶属度函数导出图片(figure)详情参考matlab官方帮助手册:plotmf()函数https://www.mathworks.com/help/fuzzy/plotmf.html1.在利用matlab模糊控制设计器时,将设计完成的模糊控制器保存到工作区/工作文件夹:File->Export->To Workspace- / To File注意:格式为"XXX.fis" 2. plotmf(fis,'input…

jQ的一个个版本事系统都在修正着bug和不断优化, 而且看了事件系统对事件的兼容更加熟悉, 更加了解jQ内部的事件机制. 因为jQ对事件系统引入了事件命名空间,事件的代理, 事件的手动触发,事件描述等等各种概念, 对事件的可操控性大大增加, 这个也是库存在的意义, 不是说只要处理addEventListener和attachEvent可以做到的:在大型的项目中事件系统也可以作为发布者和派发者,对整个系统进行充分的解耦, 这些做为自己的笔记,一步一步走, 只是大概看了看, 还有不懂的地方, 最好的…

低保真一般用Axure Rp产出,高保真分两种,带交互的或不带交互的.不带交互的高保真直接根据低保真用PS产出即可.带交互的,需要 PS产出后,再切图,再使用Axure RP与低保真结合产出高保真. 参与人员包括领导(需求提出方).产品经理(需求细化方).产品设计师(低保真以及交互设计方).UI(高保真制作方),开发不算直接参与到这个流程中,在需求细化方面就已经会和开发讨论过. Step 1:领导提出需求Step 2:产品经理把需求细化,Feature List后,模块化并整理完毕,再交与领导讨…

问题描述: 在Centos7中,通过yum安装ruby的版本是2.0.0,但是如果有些应用需要高版本的ruby环境,比如2.2,2.3,2.4... 那就有点麻烦了,譬如:我准备使用redis官方给的工具:redis-trib.rb 这个工具构建redis集群的时候,报错了: “redis requires Ruby version >= 2.2.2” 解决方法(已经尝试,没有问题) 1,首先系统需要安装redis,毕竟是搭建redis集群,如果没有安装redis,请先执行(如果安装了,请略过此…

 1.软件版本 IDEA版本:IntelliJ IDEA 2019.1.1 maven版本:apache-maven-3.6.1 Tomcat版本:tomcat-8.5 2.问题描述 IDEA使用如下图的webapp骨架时候,自动生成的web.xml文件的web-app版本是2.3的,导致EL表达式混乱,因为EL表达式是2.4以上版本才支持的. 3.解决方案 ①找到maven-archetype-webapp的jar包位置,我的路径: D:\Apache\Maven\Repository\org…

首先选中需要标记重复的数据列 开始 -> 条件格式 -> 突出显示单元格规则 -> 重复值 选择相应的颜色即可 效果如下:…

data=[[col for col in range(4)] for raw in range(4)] #创建一个二维数组 for n in data: print (n) print('\n') for i in range(len(data)): #外层循环 for j in range(i+1,len(data)): #内层循环 #交换数据 temp=data[i][j] data[i][j]=data[j][i] data[j][i]=temp for n in data: print…

基于 F23.StringSimilarity.dll  组件.Github 上可以搜索到该组件. 核心方法: var l = new Levenshtein(); double tempValue = l.Distance("我是中国人", "我是中国人."); // 将返回 1 下面是我扩展的方法,从一个集合中找到与目标字符串最相似的一个或多个字符串. 比如:["我是中国人", "我是美国人", "我的中国心&q…

Google了一下,现成的工具不多. 自己写代码也可以,就是速度肯定不快,而且每次写也很麻烦. 偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能,从name list中提取多个序列. filter_fasta.py -f extract_no_N_200.fasta -o remain.fasta -s out.list [REQUIRED] -f, --input_fasta_fp Path to the input fasta file -o, --output_fasta_fp…

背景 在springboot中使用redis缓存结合spring缓存注解,当缓存成功后使用gui界面查看redis中的数据 原因 springboot缓存默认的序列化是jdk提供的 Serializable 方式 解决方法 如果想要序列化成json格式的缓存数据,可以自定义一个redis的config类,设置序列化规则即可,如下: @Configuration public class RedisConfig extends CachingConfigurerSupport { @Autowir…

题目描述: 每年六一儿童节,JOBDU都会准备一些小礼物去看望孤儿院的小朋友,今年亦是如此.HF作为JOBDU的资深元老,自然也准备了一些小游戏.其中,有个游戏是这样的:首先,让小朋友们围成一个大圈.然后,他随机指定一个数m,让编号为1的小朋友开始报数.每次喊到m的那个小朋友要出列唱首歌,然后可以在礼品箱中任意的挑选礼物,并且不再回到圈中,从他的下一个小朋友开始,继续1...m报数....这样下去....直到剩下最后一个小朋友,可以不用表演,并且拿到JOBDU名贵的"名侦探柯南"典藏版…

题目描述: 亲们!!我们的外国友人YZ这几天总是睡不好,初中奥数里有一个题目一直困扰着他,特此他向JOBDU发来求助信,希望亲们能帮帮他.问题是:求出1~13的整数中1出现的次数,并算出100~1300的整数中1出现的次数?为此他特别数了一下1~13中包含1的数字有1.10.11.12.13因此共出现6次,但是对于后面问题他就没辙了.ACMer希望你们帮帮他,并把问题更加普遍化,可以很快的求出任意非负整数区间中1出现的次数. 输入: 输入有多组数据,每组测试数据为一行. 每一行有两个整数a,b(…

在SSM向oracle数据库中插入语句时,报错如下: ### Error updating database.  Cause: java.sql.SQLException: 不支持的特性 ### SQL: insert into standard(id,zhname,version,keys,release_date,impl_date,ackage_path)   values(seq_id.nextval,?,?,?,?,?,?) ### Cause: java.sql.SQLExcepti…

一. 元组与列表的区别 元组中的数据一旦定义就不允许更改. 元组没有append().extend()和insert()等方法,无法向元组中添加元素. 元组没有remove()或pop()方法,也无法对元组元素进行del操作,不能从元组中删除元素. 从效果上看,tuple()冻结列表,而list()融化元组. 元组的速度比列表更快.如果定义了一系列常量值,而所需做的仅是对它进行遍历,那么一般使用元组而不用列表. 元组对不需要改变的数据进行"写保护"将使得代码更加安全. 元组可用作字典键…

1.问题 最近在使用高德地图的API,有一个需求是画出对象的历史轨迹,采用了高德地图API中的折线polyline函数.但如果需要跨180度经度线的折线,会出现不能跨越的情况,如下图所示: 图中有三个标记点,从西向东坐标点依次为[135, 21],[165, 23],[195, 25].我们想要画出对象的历史轨迹方向应该一直是从西向东,依次连接三个点,由图可知第一个点到第二个点是从西向东,但是第二个点到第三个点是从东向西,绕了大半个地球到达第三个点 2.解决方案 首先需要了解一下高德地图中的坐标…

这样设置的Schema文件会怎么样呢?用Saiku预览一下. 如果这时候想同时引用两个项目进行计算就会出问题了.那么这种情况怎么解决? 参考网上一段实现思路 <VirtualCube name="Sales and Interests" enabled="true"> <!-- common dimensions --> <VirtualCubeDimension name="Client"/> <!--…

// ConsoleApplication5.cpp : 定义控制台应用程序的入口点. // #include "stdafx.h" #include<vector> #include<iostream> #include<string> #include <stack> #include<algorithm> using namespace std; int main() { int n; while (cin >&g…

RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database is a collection of Repetitive DNA element sequence alignments, hidden Markov models (HMMs) and matches lists for complete Eukaryote genomes. Repbase是…

1.简介 RepeatMasker是一款基于Library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).提供有在线服务.RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法,包括nhmmer.cross_match.ABBlast/WUBlast.RMBlast .Decypher(可以安装多个比对引擎,但每次只能使用其中一个). Repbase是由美国遗传信息研究所(GIRI)创建并维护,收录了转座子和其他重复序列及其注释…

目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与其他暖季豆科植物共线性分析 重复元素和基因组扩张 豇豆基因家族变化 多器官增大候选基因的鉴定 来源 The genome of cowpea (Vigna unguiculata [L.] Walp.). Plant J . 2019 Jun;98(5):767-782. doi: 10.1111/tpj.…

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种…

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl…

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台…