bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] $bowtie2 -x ./index/GCF reads.fa -S ./bowtie2 #-x的写法:index文件夹下,bt2的文件名是GCF. #-S的目录必须先建立,不会自动建立. -x <bt2-idx>:参考基因组的索引路径 {-1 <…

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测…

Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti…

今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index Executi…

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…

title: EditText 基本用法 tags: EditText,编辑框,输入框 --- EditText介绍: EditText 在开发中也是经常用到的控件,也是一个比较必要的组件,可以说它是用户跟Android应用进行数据传输的窗户,比如实现一个登陆界面,需要用户输入账号密码,然后我们获取用户输入的内容,提交给服务器进行判断. EditText 支持的 XML 属性及相关方法 XML 属性 相关方法 说明 android:text setText(CharSequence text)…

一．使用cookie 插件 插件官方网站下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ cookie 插件的用法比较简单,直接粘贴下面代码示例: //生成一个cookie: $.cookie('user', 'bnbbs'); //设置cookie 参数 $.cookie('user', 'bnbbs', { expires : 7, //过期时间,7 天后 path : '/', //设置路径,上一层 domain : 'www.ycku.com', //设置域名…

                               Java中的Socket的用法 Java中的Socket分为普通的Socket和NioSocket. 普通Socket的用法 Java中的网络通信时通过Socket实现的,Socket分为ServerSocket和Socket两大类,ServerSocket用于服务器端,可以通过accept方法监听请求,监听请求后返回Socket,Socket用于完成具体数据传输,客户端也可以使用Socket发起请求并传输数据.ServerSocke…

一.C#中MessageBox.Show用法 MessageBox.Show (String) 显示具有指定文本的消息框. 由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWin32Window, String) 在指定对象的前面显示具有指定文本的消息框. MessageBox.Show (String, String) 显示具有指定文本和标题的消息框.由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWi…

A new built-in function, enumerate() , will make certain loops a bit clearer. enumerate(thing) , where thing is either an iterator or a sequence, returns a iterator that will return (0, thing [0]) , (1, thing [1]) , (2, thing [2]) , and so forth. A c…