blatSrc35.zip下载地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 对于下载好的源代码安装包blatSrc35.zip,需进行编译,安装过程如下: 1.用unzip blatSrc35.zip 解压缩包: 2.bash:cd blatSrc 进入blatSrc文件夹下(此后直到设置环境变量,都在blatSrc文件夹下操作): 3.bash:uname -a  查看linux系统类型,我的系统是x86_64 GUN/LINUX; 4.bash:export…

Blat - A Windows (32 & 64 bit) command line SMTP mailer. Use it to automatically eMail logs, the contents of a html FORM, or whatever else you need to send. 没错,这个就是这个开源小工具的开发者(blatman, mussont)在sourceforge.net发布的时候的描述. 下载链接(包括了可执行文件和源代码): 官网:http://w…

1)  产生背景---------------------------------------------------2002年的时候,随着人类基因组项目不断推进,需要将大量ESTs(300万) 及mouse基因组的reads (130万)比对到人类基因组来进行注释,而这项任务需要在2周内完成 (90 CPU  Linux 集群),因为blast工具速度相对偏慢,结果也不易处理,无法提供intron 的信息等,因此一款新的比对软件的开发迫在眉睫.为了完成这项任务,W.James Kent(UCS…

1.先下载blat.exe文件,下载地址: https://sourceforge.net/projects/blat/files/ 2.解压后只需要blat.exe即可,进入此文件夹,运行如下脚本进行blat测试,其邮件正文必须采用预先定义的文件读取,如下的channel.txt @echo off :: blatt安装目录 set _extendDir=E:\myFiles\process_monitor cd /d %_extendDir% :: 设置消息 :: 标题 set s="chn…

blat的下载地址:http://www.blat.net 我用它进行了smtp服务的邮件发送.这里我使用的qq邮箱,qq邮箱使用的密码是授权码,可以再qq邮箱设置里面开启smtp服务.下载下来是文件目录结构这样的: 首先可以再本机上注册,要用管理员运行cmd,cd到blat.exe目录输入如下命令:blat -install smtp.qq.com 576484879@qq.com 3 25具体操作如下: 下面就是编写代码,主要就是引入blatdll.h头文件,引入lib,加载blat.dll…

本文地址 原文地址 分享提纲: 0. 引子 1. 感性认识GeoHash 2. GeoHash算法的步骤 3. GeoHash Base32编码长度与精度 4. GeoHash算法 5. 使用注意点(曲线突变--8个邻居来解决) 6. geohash的php .python.java.C#实现代码 7. 参考资料 引子 机机是个好动又好学的孩子,平日里就喜欢拿着手机地图点点按按来查询一些好玩的东西.某一天机机到北海公园游玩,肚肚饿了,于是乎打开手机地图,搜索北海公园附近的餐馆,并选了其中一家用餐…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas…

1.geohash特点 2.geohash原理 3.geohash的php .python.java.C#实现代码 4.观点讨论 w微博:http://weibo.com/dxl0321 geohash有以下几个特点: 首先,geohash用一个字符串表示经度和纬度两个坐标.某些情况下无法在两列上同时应用索引 (例如MySQL 4之前的版本,Google App Engine的数据层等),利用geohash,只需在一列上应用索引即可. 其次,geohash表示的并不是一个点,而是一个矩形区域.比…

1. For the Impatient # Download bwakit (or from <http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/> manually) wget -O- http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.15_x64-linux.tar.bz2/download \ | gzip -dc | tar xf - # Genera…

2013-11-13 23:28:09   超级Bootstrap模板库:http://www.wrapbootstrap.com/ 免费的HTML5 响应式网页模板:http://html5up.net/ WP & Bootstrap:http://www.dxthemes.com/ 点击即全屏:https://github.com/codrops/FullscreenLayoutPageTransitions Responsivewebinc:[http://responsivewebinc…

记得以前管理的一批windows服务器,一些开源程序做的web站点总会遭到入侵.然而就想找找看有没有办法可以知道服务器有没有被入侵.服务器在什么时候登陆过,如果登陆马上发邮件通知,感觉这种问题肯定有人处理过,于是网上搜罗了一下.转载至此,至于是哪个地方转载过来的已经无从跟踪. 朋友一台Windows服务器被黑了,而且还被人恶意删除了一些数据备份,帮其做了下安全加固,考虑到服务器都是通过Windows 终端服务器来管理的,就想办法对其登录做个监控,找了个命令行下发邮件的小工具blat还有批处理,做…

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释. IGV这个工具很牛,发了NB: James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Na…

在Android google map中,有时候会碰到计算两地的距离,下面的辅助类就可以帮助你计算距离: public class DistanceHelper { /** Names for the units to use */ public final static int KILOMETERS = 0; public final static int STATUTE_MILES = 1; public final static int NAUTICAL_MILES = 2; /** Ra…

第一种 function foo() { ; function bar() { a *= ; } bar(); return a; } 第二种 function foo() { ; function bar() { a *= ; return a; } return bar; } 两种效果相同. 调用结果 var baz = foo(); // baz is now a reference to function bar. alert(baz()); // returns 20. alert(b…

利用Excel批量高速发送电子邮件,分两步: 1. 准备待发送的数据: a.) 打开Excel,新建Book1.xlsx b.) 填入以下的内容, 第一列:接收人,第二列:邮件标题,第三列:正文,第四列:附件路径 注意:附件路径中能够有中文,可是不能有空格 这里你能够写很多其它内容,每一行作为一封邮件发出. 注意:邮件正文是黑白文本内容,不支持加粗.字体颜色等.(假设你须要支持彩色的邮件,后面将会给出解决的方法) 2. 编写宏发送邮件 a.) Alt + F11 打开宏编辑器,菜单中选:插入->…

作用域,嵌套函数和闭包 <script type="text/javascript"> function foo(){ var a = 10; function bar(){ a *= 2; } bar(); return a; } </script> 在这个示例中,a定义在函数foo中,但函数bar可以访问它,因为bar也定义在foo中.当bar在foo中北调用时它可以访问a,但是如果bar是在foo外部被调用呢? <script type="…

原文:[百度地图API]百度API卫星图使用方法和卫星图对比工具 百度地图API推出卫星图接口也有一个月啦~ 本文除了介绍如何使用百度地图API来操作卫星图外,还顺带制作了个卫星图对比工具. 一.百度地图API卫星图 调用百度卫星图有两种方式,一是地图类型控件,一是地图底图设置.下面分别介绍这两种方法: 1.利用控件 使用控件有一大优势,就是地图类型控件上,有百度全部的地图类型,比如二维.三维.卫星等. 而且,只需要一句话,就能简单加上这个控件. map.addControl(new BMap.…

使用Excel快速发送大量的电子邮件.两个步骤: 1. 准备发送数据: a.) 打开Excel,新Book1.xlsx b.) 填写以下内容. 第一列:接受者,第二列:邮件标题,第三列:文,第四列:附件路径 注意:附件路径中可以有中文,但是不能有空格 这里你可以写更多内容,每一行作为一封邮件发出. 注意:邮件正文是黑白文本内容.不支持加粗.字体颜色等.(如果你需要支持彩色的邮件.后面将会给出解决办法) 2. 编写宏发送邮件 a.) Alt + F11 打开宏编辑器,菜单中选:插入->模块 b.)…

目录 作用域 全局作用域和局部作用域 块作用域与函数作用域 作用域中的声明提前 作用域链 函数声明与赋值 声明式函数.赋值式函数与匿名函数 代码块 自执行函数 闭包  作用域(scope) 全局作用域和局部作用域 通常来讲这块是全局变量与局部变量的区分. 参考引文:JavaScript 开发进阶:理解 JavaScript 作用域和作用域链 全局作用域:最外层函数和在最外层函数外面定义的变量拥有全局作用域. 1)最外层函数和在最外层函数外面定义的变量拥有全局作用域 2)所有末定义直接赋值的变量自…

bat脚本,主要作用,每个五分钟读取日文本件中新增内容,进行错误赛选,如果有错误信息,将错误信息用邮件发送给管理员. 其中awk和sed需要手动下载 :读取number.txt文档,获取上一次执行时文件的行数 for /f "delims=" %%f in (number.txt) do ( set a=%%f) :读取新增行,进行ERROR筛选,将赛选信息导入err文件中 D:\tools\awk\awk.exe '{print NR" "$0}' D:\unit…

rem 获取当前日期 set TimeName=%date:~0,4%%date:~5,2%%date:~8,2% rem 获取文件名 set file=%TimeName%   rem 获取文件大小 for %%i in ("D:\historysshqdata\%file%") do ( set indexdx=%%~zi )   rem  将文件大小导入到 echo %file% > body.txt echo %indexdx% >> body.txt   :…

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,…

Blat 是一个命令行发邮件的小工具,仅支持简单的SMTP协议,需要SMTP服务器的支持. 官网:http://www.blat.net/    下载地址:https://sourceforge.net/projects/blat/files/ 二.示例 ①解压blat3219_32.full,进入C:\blat3219\full可以看到blat.exe可执行文件 ②bat批处理脚本@echo offdel c:\ip-report.txtdate/t >> c:\ip-report.txtt…

Software Component Block Diagram RPM(Resource Power Manager)是高通MSM平台另外加的一块芯片,虽然与AP芯片打包在一起,但其是一个独立的ARM Core.之所以加这个东西,就是要控制整个电源相关的shared resources,比如ldo,clock.负责与SMP,MPM交互进入睡眠或者唤醒整个系统. 以下是高通文档中对各个功能模块的说明.  Kernel – DALSys-based lightweight kernel RPM h…

之前,我写了使用cmd查看电脑连接过的wifi密码(二)和使用cmd查看电脑连接过的wifi密码(一)但其中的功能不完善,在本次的更新中新增了更多的功能,其实2018/10/24 就更新完成了,一直拖到现在主要是为了验证程序在不同机子上的执行情况并进行修正.(大家在使用过程中有问题可以留言我,我会改进本程序) 注意本软件只用于学习和正当途径,如果有人恶意入侵别人电脑造成财产损失,或个人信息泄露,本作者并不负责.   我这里直接提供代码下载,大家自己研究(我这里没有提供findWIfi.dll需要…

转自群友的博客:https://www.xiaofengyu.com/?p=108 群友的github地址:https://github.com/jfwangncs/GPSConvert  各种坐标系的各种转换 public class TempGps { public double Tlng; public double Tlat; } public class GPS { public string oLng;//经度 度分秒坐标 public string oLat;//纬度 度分秒坐标…

在开发中经常会遇到把数据库已有经纬度的地方进行距离排序然后返回给用户 例如一些外卖app打开会返回附近的商店,这个是怎么做到的呢? 思路一: 根据用户当前的位置,用计算经纬度距离的算法逐一计算比对距离,然后进行排序.这里可以参考下面这个算法: <?php /** * 查找两个经纬度之间的距离 * * @param $latitude1 float 起始纬度 * @param $longitude1 float 起始经度 * @param $latitude2 float 目标纬度 * @para…

http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据…

摘要:说明:很多木马会利用自身的程序截取系统敏感文件或信息发往指定的邮箱,而blat并不是木马,它小巧却有强大的发邮件功能,可不要用它做违法事,感觉和木马功能有一拼!下面先看个具体的实例(在blat同目录创建个批处理): @echooff ::::::::::::::参数设置:... 说明:很多木马会利用自身的程序截取系统敏感文件或信息发往指定的邮箱,而blat并不是木马,它小巧却有强大的发邮件功能,可不要用它做违法事,感觉和木马功能有一拼!下面先看个具体的实例(在blat同目录创建个批处理):…