PacBio下机数据如何看?】的更多相关文章

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的…
转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴…
今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透. 基本的目录结构: |-- HG002new_O1l_BP_P6_021315b_MB_100pM | |-- D01_1.c60e446d-f276-41fc--ffa937e22683.tar.gz | |-- D01_2.19ee4f13-c420---cb1da56beccd.tar.gz | |-- D01_3.94e34f0a-eef3-4b71-8f1b-c9790dec647e.tar.gz | |…
pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421…
推荐给每个“数据分析师”看的PPT——关于开会的那点事 经常对开会“深恶痛绝”,大概的原因有两个,其一,开会之前的准备,各种指标.各种分析.各种PPT,其二,开会中的板凳.废话,尤其是走形式的会议,战线长,说没有在会议上打盹的看官应该不多吧.反而是会后才缓过一口气,心情顿时好多了.就像 秋叶老师 说的,这个话题大家都有共鸣,有吐槽的欲望,值得驻留读一读,思一思. 另外,秋叶老师原文中有三句话十分有深度,读后思考了好一阵子,深有感悟,先贴在前面大家共享: 会议不过是一种工具,要达到目标,低效率的会…
深度挖坑:从数据角度看人脸识别中Feature Normalization,Weight Normalization以及Triplet的作用 周翼南 北京大学 工学硕士 373 人赞同了该文章 基于深度学习的人脸识别发展,从deepid开始,到今年(或者说去年),已经基本趋于成熟. 凡是基于识别的,总是离不开三个东西:数据,网络,以及loss. 数据方面, 目前的公开数据集中有主打类别数的MS_celeb_1M,有主打各种姿态角与年龄的VggFace2:也有一些主打高质量的数据集,像WebFac…
继续并发专题~ FutureTask 有点类似Runnable,都可以通过Thread来启动,不过FutureTask可以返回执行完毕的数据,并且FutureTask的get方法支持阻塞. 由于:FutureTask可以返回执行完毕的数据,并且FutureTask的get方法支持阻塞这两个特性,我们可以用来预先加载一些可能用到资源,然后要用的时候,调用get方法获取(如果资源加载完,直接返回:否则继续等待其加载完成). 下面通过两个例子来介绍下: 1.使用FutureTask来预加载稍后要用的的…
前言 文的文字及图片来源于网络,仅供学习.交流使用,不具有任何商业用途,版权归原作者所有,如有问题请及时联系我们以作处理. 作者: 朱小五 凹凸玩数据 PS:如有需要Python学习资料的小伙伴可以加点击下方链接自行获取 http://note.youdao.com/noteshare?id=3054cce4add8a909e784ad934f956cef 前段时间老罗和王校长都成为自己的创业公司成了失信人,小五打算上IT桔子看看他们的公司. 意外发现IT桔子出了个死亡公司库,统计了2000-2…
背景 Feed流:可以理解为信息流,解决的是信息生产者与信息消费者之间的信息传递问题.我们常见的Feed流场景有:1 手淘,微淘提供给消费者的首页商品信息,用户关注店铺的新消息等2 微信朋友圈,及时获取朋友分享的信息3 微博,粉丝获取关注明星.大V的信息4 头条,用户获取系统推荐的新闻.评论.八卦 关于Feed流的架构设计,包括以上场景中的很多业内专家给出了相应的思考.设计和实践.本人是大数据方向出身的技术人,所在的团队参与了阿里手淘.微淘Feed流的存储层相关服务,我们的HBase/Lindo…
简单来说,事务就是要保证一组数据库操作,要么全部成功,要么全部失败.在MySQL中,事务至此是在引擎层实现的,但并不是所有的MySQL引擎都支持事务,这也是MyISAM被InnoDB取代的原因之一. 隔离性与隔离级别 提到事务,想到的是ACID(原子性,一致性,隔离性,持久性) 原子性:原子性操作就是这个事物执行要么成功,要么失败.将整个过程看作是一个不可分割的整体. 一致性:一致性指的是一个事务在执行前后其状态一致.比如你和小明各有100元,无论你俩之间相互借还多少钱加起来都是200.这就是事…