一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

文献名:Repeat-Preserving Decoy Database for False Discovery Rate Estimation in Peptide Identication (用于肽段鉴定中错误发生率估计的能体现重复性的诱饵数据库) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2020年3月) IF:3.78 单位: 滑铁卢大学计算机科学学院 多伦多细胞生物学和SPARC生物项目中心 多伦多大学分子遗传学系 技术:肽段鉴定,诱饵数据库构建 一…

[转载请注明出处]http://www.cnblogs.com/mashiqi Today let's talk about a intuitive explanation of Benjamini-Hochberg Procedure. My teacher Can told me this explanation. Suppose there are $M$ hypothesis:$$H_1,H_2,\cdots,H_M$$and corresponding $M$ p-values:$$p…

铛铛铛,我的第一篇文章终于上线了,过程曲折,太不容易了--欢迎访问--- https://ieeexplore.ieee.org/document/8382271/ 后面有需要的话可以更新一下介绍,毕竟都是几何,其实不太容易看懂T^T--…

一.概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率,蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点,由Ac-LysargiNase(N端蛋白酶)和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性,这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子,基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白组de novo测序. 二.研究背景 De novo测序是基于二级质谱谱图解析未知蛋白.翻译后修饰及蛋白突变位点的测序方法,这项技术适用于没有氨基酸序列信息的蛋白及蛋白组解析.De novo测序的难点…

文献名: DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics(DIAlignR 为DIA和靶向蛋白质组学提供了准确的保留时间对齐的算法) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年1月) 单位: 多伦多大学 斯坦福大学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 我们提出了一种新的保留时间算法,直接比对原始swathm – ms的二级色…

Previously in this series: The beta distribution Empirical Bayes estimation Credible intervals The Bayesian approach to false discovery rates Bayesian A/B testing Beta-binomial regression Understanding empirical Bayesian hierarchical modeling Mixture…

<CATALINA_HOME>/webapps: Tomcat的主要Web发布目录,默认情况下把Web应用文件放于此目录. 1.war包部署:  将需要发布的web应用打成war文件, (例如:ROOT.war) 拷贝到<CATALINA_HOME>/webapps下, 启动Tomcat, 如果是ROOT.war,直接通过http://ip:port/即可访问 如果是xxxx.war,可通过http://ip:port/xxxx/访问 这种方式比较简单,但是web应用程序必须在we…

何处使用 PropertyGrid 控件 在应用程序中的很多地方,您都可以使用户与 PropertyGrid 进行交互,从而获得更丰富的编辑体验.例如,某个应用程序包含多个用户可以设置的“设置”或选项,其中一些可能十分复杂.您可以使用单选按钮.组合框或文本框来表示这些选项.但本文将逐步介绍如何使用 PropertyGrid 控件创建选项窗口来设置应用程序选项.上面所创建的 OptionsDialog 窗体即是选项窗口的开始.现在,我们创建一个名为 AppSettings 的类,其中包含映射到应用…

JavaWeb开发Tomcat中三种部署项目的方法,开始Java web开发必不可少的步骤,经过查找,觉得有篇文章介绍的不错 1.在conf目录中新建Catalina\localhost目录,在该目录中新建一个xml文件,名字可以随意取,只要和当前文件中的文件名不重复就行了. 在Tomca的安装目录 conf/Catalina/localhost下,里面有Tomcat自带的三个应用,随意复制其中的一个XML文件,然后修改docbase指向你自己的应用程序,并把文件名改名, 改xml文件的内容为:…

一.静态部署 1.直接将web项目文件件拷贝到webapps 目录中      Tomcat的Webapps目录是Tomcat默认的应用目录,当服务器启动时,会加载所有这个目录下的应用.所以可以将JSP程序打包成一个 war包放在目录下,服务器会自动解开这个war包,并在这个目录下生成一个同名的文件夹.一个war包就是有特性格式的jar包,它是将一个web程序的所有内容进行压缩得到.具体如何打包,可以使用许多开发工具的IDE环境,如Eclipse等.也可以用 cmd 命令:jar -cvf my…

web开发,在tomcat中部署项目的方法: 可以参考http://m.blog.csdn.net/blog/u012516903/15741727 定义$CATALINA_HOME指的是Tomcat根目录. 注意大小写 1.在conf目录中新建Catalina\localhost目录,在该目录中新建一个xml文件,名字可以随意取,只要和当前文件中的文件名不重复就行了. 在Tomca的安装目录 conf/Catalina/localhost下,里面有Tomcat自带的三个应用,随意复制其中的一个…

一.静态部署 1.直接将web项目文件件拷贝到webapps 目录中     Tomcat的Webapps目录是Tomcat默认的应用目录,当服务器启动时,会加载所有这个目录下的应用.所以可以将JSP程序打包成一个 war包放在目录下,服务器会自动解开这个war包,并在这个目录下生成一个同名的文件夹.一个war包就是有特性格式的jar包,它是将一个web程序的所有内容进行压缩得到.具体如何打包,可以使用许多开发工具的IDE环境,如Eclipse等.也可以用 cmd 命令:jar -cvf myw…

一.静态部署 1.直接将web项目文件件拷贝到webapps 目录中     Tomcat的Webapps目录是Tomcat默认的应用目录,当服务器启动时,会加载所有这个目录下的应用.所以可以将JSP程序打包成一个 war包放在目录下,服务器会自动解开这个war包,并在这个目录下生成一个同名的文件夹.一个war包就是有特性格式的jar包,它是将一个web程序的所有内容进行压缩得到.具体如何打包,可以使用许多开发工具的IDE环境,如Eclipse等.也可以用 cmd 命令:jar -cvf myw…

一.前言 很多事儿啊,就是“成也萧何败也萧何”,细想一些事儿心中有感,当然,感慨和本文毛关系都没有~想起之前有篇Struts2中值栈的博客还未完工,就着心中的波澜,狂咽一把~ 二.正文 博文基于:struts-core-2.5.2.jar,ognl-3.1.10.jar 和值栈的邂逅还是大学学习Struts2的时候,老师当时在台上津津有味,我却在底下晕头转向~很长时间都没有去理清这个值栈到底是什么,实现原理是什么,偶然的际遇,让我又遇到了它,所以我决定以我现有的知识储备再次去追根溯源~ 那从概念…

[说明]上午在服务器上部署了自己的web目录(tomcat虚拟目录),下午安装并了解了nginx(出了点问题,后来解决了),晚上尝试nginx和tomcat配置(一头雾水) 一:今日完成 1)配置tomcat虚拟目录 2)部署restful项目 3)下载安装nginx 4)配置nginx下的default.conf 二:明日计划 1)完成配置Nginx,使用子域访问 2)完成查看Nginx日志,编写脚本统计访问次数,统计响应延时 三:疑难问题 1)nginx和tomcat的内部请求转发流程是什么…

一.静态部署1.直接将web项目文件件拷贝到webapps 目录中     Tomcat的Webapps目录是Tomcat默认的应用目录,当服务器启动时,会加载所有这个目录下的应用.所以可以将JSP程序打包成一个 war包放在目录下,服务器会自动解开这个war包,并在这个目录下生成一个同名的文件夹.一个war包就是有特性格式的jar包,它是将一个web程序的所有内容进行压缩得到.具体如何打包,可以使用许多开发工具的IDE环境,如Eclipse等.也可以用 cmd 命令:jar -cvf mywa…

源文 : http://blog.csdn.net/luyifeiniu/article/details/5426960 c#stringattributesobjectmicrosoftclass 目录(?)[+] 最近项目中做一模块时偶发奇想,希望使用propertygrid的控件实现类似visual studio的属性样式,于是拿来一用,发现还真不是自己想象的那么简单,如果要实现一个比较好的展示,还真的需要不少技巧,通过自己的实践和网络的力 量,“逢山开道,遇水搭桥”,总算是摸出一些门道,…

常见部署方式:静态部署和容器化部署 一.下载tomcat安装包 下载地址:https://tomcat.apache.org/download-90.cgi 图上是显示最新版本,而我下载的是9.0.8版本... 得到 apache-tomcat-9.0.8.tar.gz,并将其传输到服务器的指定路径 二.部署操作 1.解压安装包 tar -xzvf apache-tomcat-9.0.8.tar.gz 2.配置环境变量 编辑配置文件 vim /etc/profile 在# Path manipu…

前言 参考上篇博文,我们利用了OneToOneField的方式使用了django自带的user,http://www.cnblogs.com/caseast/p/5909248.html , 但这么用有个问题,就是每次增删改查数据,因为有外键的存在都要查询两次(当然可以用select_related方式减少查询次数,参考: Django models对象的select_related方法(减少查询次数) ),另外在admin中需要维护2张表,先创建User,再在UserProfile中进行关联操…

来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html,http://wenku.baidu.com/link?url=3mRTbARl0uPHHRFO9CdqhBNeUj-nb8dRwtqRN2oGqu8u1kN6IsqgYy-H8ggB7jOkPXhx703oM9YW9ftfOlh2dz7KJmlliOhDa4-WZFEEus_,http://www.dxy.cn/bbs/thread/28263194#28263194 一.假设检验基…

Entity Framework Code First实现乐观并发 不定时更新翻译系列,此系列更新毫无时间规律,文笔菜翻译菜求各位看官老爷们轻喷,如觉得我翻译有问题请挪步原博客地址 本博文翻译自: https://www.codeproject.com/Articles/817432/Optimistic-Concurrency-in-Entity-Framework-Code-Fi 介绍 本文描述了使用Entity Framework Code First处理乐观并发性的不同配置 并发性 在计…

本章导读 机器学习(machine learning, ML)是一门涉及概率论.统计学.逼近论.凸分析.算法复杂度理论等多领域的交叉学科.ML专注于研究计算机模拟或实现人类的学习行为,以获取新知识.新技能,并重组已学习的知识结构使之不断改善自身. MLlib是Spark提供的可扩展的机器学习库.MLlib已经集成了大量机器学习的算法,由于MLlib涉及的算法众多,笔者只对部分算法进行了分析,其余算法只是简单列出公式,读者如果想要对公式进行推理,需要自己寻找有关概率论.数理统计.数理分析等方面的专…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果.一般情况下,在各种组学中,做完差异表达之后,会看这些差异表达基因参与的功能,一般我们会做一个GO注释和富集.这里我们先来了解一下GO.db这个包.因为该包是许多其他包的基础依赖包.对于了解GO有很大的帮…

Go语言循环语句 在不少实际问题中有许多具有规律性的重复操作,因此在程序中就需要重复执行某些语句,以下为大多数编程语言循环程序的流程如: Go语言提供了以下几种类型循环处理语句: 循环类型 描述 for循环 重复执行语句块 循环嵌套 在for循环中嵌套一个或多个for循环 循环控制语句 循环控制语句可以控制循环体内语句的执行过程,Go语言支持以下几种循环控制语句: 控制语句 描述 break 经常用于中断当前for循环或跳出switch语句 continue 跳过当前循环的剩余语句,然后继续进行…

题目如下: 解题思路:居然把卖火柴的小女孩都搬出来了.题目的意思是输入一个数组,判断能否把数组分成四个子数组,使得每个子数组的和相等.首先我们可以很容易的求出每个子数组的和应该是avg = sum(nums)/4,接下来我的思路是求出nums中所有和等于avg的子数组,子数组中保存元素下标,然后找出四个不存在相同下标的子数组求并集,如果并集长度刚好等于len(nums),那么就是符合条件的,返回true.如果在子数组列表中找到四个符合条件的子数组,我用的是DFS,为什么不用BFS?因为题目要求是…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

文献名:Proteomics Analysis of Extracellular Matrix Remodeling During Zebrafish Heart Regeneration(斑马鱼心脏再生过程中胞外基质重塑的蛋白质组学分析) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 西班牙巴塞罗那再生医学中心 巴塞罗那生物材料和纳米医学网络生物医学研究中心 物种:斑马鱼 技术:非靶向蛋白组学   一. 概述: 本研究选取斑马鱼心脏不同再生时期的心室样本,通过所建立一…