#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the file specified by $ARGV[0]. chomp $line; next if…

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope…

在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中,出了上述4种碱基之外,还包括其他的碱基,可以代表不同类型的碱基 代码 英文含义 中文含义 G   Guanine 鸟嘌啉 A   Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine (Uracil) 胸腺嘧啶 (尿嘧啶) C   Cytosine 胞嘧啶 R (A or G) PuRine 嘌啉 Y…

awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile…

一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA GCATCTGCGAGCCGCCTGTTGATTGCATCCGCCGGGGACGCAACAAGGCAAG…

最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,…

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG…

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 1 conda install seqkit 使用 序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN…

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f…

由于项目需要,我需要给系统加权限,这真是一个让人头疼的问题,如果要每个业务方法都加上权限判断逻辑,那真的不敢想象是多么大的工作量,日后有变动的话,我会不会发疯? 所以我必须利用之前学到的AOP编程,在需要进行权限判断的业务方法前后执行一些权限判断,可是呢AOP已经被我忘记了. 幸好,百度网盘里有之前存的视频(JAVA高级进阶(张孝祥老师),shiro(孔浩老师)). 可是项目有时间要求,我必须在最短的时间内完成"加权限"这个任务.所以我在给领导报告我需要多久能研究好权限的时候,首先自己…