http://sourceforge.net/projects/het-smooth/ equencing technologies, such as Illumina sequencing, provide the sequences ofshort "reads" of DNA that come from random positions on the genome. These readsthen must be assembled de-novo into the origi…

如下图片所示: 对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合: 如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合.…

1.下载gometalinter release地址为:https://github.com/alecthomas/gometalinter/releases/tag/v3.0.0 下载windows版本:https://github.com/alecthomas/gometalinter/releases/download/v3.0.0/gometalinter-3.0.0-windows-amd64.zip 解压缩 copy所有.exe到C:\Users\ahfuzhang\go\bin 2…

曾经在做手机上传图片的时候.直接获取相机拍摄的原图上传,原图大小一般1~2M.因此上传一张都比較浪费资源,有些场景还须要图片多张上传,所以近期查看了好多前辈写的关于图片处理的资料.然后试着改了一个图片压缩的方法.经測试用着还不错.压缩效果非常理想,主要是失真不明显.在这里分享一下. 以下直接上代码: /** * 上传server时把图片调用以下方法压缩后 保存到暂时目录 图片压缩后小于200KB.失真度不明显 * * @param path * @return * @throws IOExcep…

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=5754 题意: 给一个国际象棋的棋盘,起点为(1,1),终点为(n,m),现在每个棋子只能往右下方走,并且有4种不同的棋子,棋子的走法与国际象棋走法一致.问最后谁能取得胜利. 思路: 首先推荐一个博客http://www.matrix67.com/blog/archives/6784,这里面对这问题有很好的讲解. 我还是简单解释一下: ①king: 国王每次只能横.竖.斜走一格,这个很好分析,(x,y)如果连个…

1.熟悉项目开发流程 需求分析——>脚手架工具——>数据mock——>架构设计——>代码编写——>自测——>编译打包. 2.熟悉代码规范 从架构设计.组件抽象.模块拆分,到代码风格统一.CSS代码规范和JavaScript变量命名规范,以标准写代码,开发出扩展性.通用性强的优质代码. 3.掌握Vue.js在实战中应用 4.学会使用Vue.js完整地开发移动端App 5.学会工程化开发.组件化开发和模块化开发的方式 6.酷炫的交互设计 所用到的技术 后端:vue-reso…

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我跑了下,结果不佳.提了issue,张老师特意开发了个为简单基因组设计的流程:https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/master/bin/ALLHiC_pip.sh,主要增加了对contig的纠错.至于效果,我还在跑. 3D-DNA 优秀的纠错功能.我认…

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…