Genome Aggregation Database (gnomAD) 这是一个关于什么的数据库?broad institute开发的,整合了目前几乎所有的公共的WES和WGS测序数据,并对数据做了一些总结,可供其他开发者使用. 怎么使用gnomAD? 查感兴趣的基因 查感兴趣的variant 参考人群等位基因频率数据库 基因变异耐受性 可以不做这方面的工作,但是该领域一些最基本的概念必须了解,这样才有问问题和合作的可能性. 参考: 遗传资源数据库专题-gnomAD gnomAD 数据库简介…

引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf) Global minor allele frequency (MAF):  dbSNP is reporting the minor allele frequency for each rs included in  a default global population. Since this is being provided…

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86…

1.  Job机制 一个job项代表ETL控制流中的一项逻辑任务.Job项将会顺序执行,每个job项会产生一个结果,能作为别的分支上job项的条件. 图 1 job项示例 1.1. Job类图简介 图 2 Job entry类图结构 1.1.1.    JobEntryInteface接口 JobEntryInterface是Job Entry插件的主要实现接口.主要包含以下功能: 1          保存Job Entry设置 实现类使用私有变量保存设置的参数,通过get.set方法获取和设…

使用 JAVA 代码连接 Azure SQL Database 时产生了 SSL 错误,对于此问题大多数用户都是因为不知如何编写 JDBC 连接字符串而产生的,以下为相关示例代码,供您参考:   package sqldbtest; import java.sql.*; import com.microsoft.sqlserver.jdbc.*; public class sqldbconn { public static void main(String[] args) { // TODO A…

数据库简介 数据库--即电子文件柜,用户可以对文件中的数据进行增,删,改,查等操作. 数据库分类 关系型数据库 关系型数据库管理系统(Relational Database Management System,RDBMS) 非关系型数据库 noSQL(Not Only SQL ) 关系型数据库与非关系型数据库的区别 关系型数据库 数据以二维表格的形式存储,可以通过外键关联,一致性强: 数据存储在磁盘中,每次读取数据都是一次I/O请求,数度慢,系统开销大,高并发的情况下很影响性能 使用方便,易于维…

mybatis3.0-全局配置文件_   下面为中文官网解释 全局配置文件的标签需要按如下定义的顺序: <!ELEMENT configuration (properties?, settings?, typeAliases?, typeHandlers?, objectFactory?, objectWrapperFactory?, reflectorFactory?, plugins?, environments?, databaseIdProvider?, mappers?)> /plu…

SQLite  是一个轻量级的免费关系数据库.SQLite最初的设计目标是用于嵌入式系统,它占用资源非常少,在嵌入式设备中,只需要几百K的内存就够了,可以在(http://www.sqlite.org/docs.html)查看详细的文档. 第一步:在mac os上打开终端,打开finder在应用程序下, 应用程序 ->实用工具  ->终端. 打开之后如图所示: 第二步:创建数据库,使用命令 sqlite3 user.db , 在终端输入然后回车,然后再输入分号结束,这样就创建了一个没有数据表的…

SQLite  是一个轻量级的免费关系数据库.SQLite最初的设计目标是用于嵌入式系统,它占用资源非常少,在嵌入式设备中,只需要几百K的内存就够了,可以在(http://www.sqlite.org/docs.html)查看详细的文档. 第一步:在mac os上打开终端,打开finder在应用程序下, 应用程序 ->实用工具  ->终端. 打开之后如图所示: 第二步:创建数据库,使用命令 sqlite3 user.db , 在终端输入然后回车,然后再输入分号结束,这样就创建了一个没有数据表的…

CodeFirst 工作流程 创建或修改领域类-->使用数据注解或者Fluent API来配置领域类-->使用自动数据库迁移技术或者基于代码的数据库迁移技术来创建数据库. CodeFirst默认约定 约定就是一系列的默认规则,通过这些规则,在使用EF Code-First的时候,可以自动的基于你的领域类配置概念模型.默认约定的命名空间:System.Data.Entity.ModelConfiguration.Conventions; ①schema(模式)  默认情况下,EF会为所有的数据库…