题目:Peptidomics analysis of milk protein-derived peptides
released over time in the preterm infant stomach
 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:March 14, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00604 作者及单位: Robert L. Beverly--Nutrition Program, School of Bi…

文献名:Integrative Analysis of MicroRNAome, Transcriptome, and Proteome during the Limb Regeneration of Cynops orientalis(东方蝾螈肢体再生的小RNA组,转录组,蛋白质组综合分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年1月4日) IF:3.950 单位: 西北大学生命科学学院组织工程实验室 陕西生物技术省级重点实验室 教育部西部资源…

文献名:Label-Free Proteomic Analysis of Exosomes Secreted from THP-1- Derived Macrophages Treated with IFN‑α Identifies Antiviral Proteins Enriched in Exosomes 期刊名:Journalof Proteome Research 发表时间:December 14, 2018 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00514 单位:…

文献名:Quantitative proteomic analysis of small and large extracellular vesicles (EVs) reveals enrichment of adhesion proteins in small EVs(小型和大型胞外囊泡的定量蛋白质组学分析揭示小型胞外囊泡中粘附蛋白的富集) 期刊名:Journal of proteome research 发表时间:2019年1月 单位: 范德比尔特大学医学院 新墨西哥大学 莎拉坎农研究所…

题目:Optimized fragmentation improves the identification of peptides cross-linked by MS-cleavable reagents 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:29 January 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00947 作者及单位: Christian E. Stieger——Institute of Molecular Patho…

文献名:Analysis of endogenous peptides released from osteoarthritic cartilage unravels novel pathogenic markers(分析骨关节炎软骨释放的内源肽从而揭示新致病标记) 期刊名:MCP(molecular and cellular proteomics) 发表时间:(2019年10月) 单位: 拉科鲁尼亚生物医学研究所(INIBIC) 拉科鲁尼亚大学附属综合医院(CHUAC) Grupo de In…

Journal Name:Journal of Proteome Research Issue:2019 March Shared by: Weining Zhao 1.     Acetylome: Zhuo Zhou et al from Zhejiang University profiled the lysine acetylome as protein acetylation which is believed to play a key role in autophagy. Empl…

a scRNA-seq genomic anlysis pipline .caret,.dropup>.btn>.caret{border-top-color:#000!important}.label{border:1px solid #000}.table{border-collapse:collapse!important}.table td,.table th{background-color:#fff!important}.table-bordered td,.table-borde…

单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了. 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断. velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of single cells 首先需要了解一些基本概念: RNA velocity:the time derivative of the gene expression state—can be dire…

由数据库导出的数据是格式化数据,如下所示,每两个<REC>之间的数据是一个记录的所有字段数据,如<TITLE>.<ABSTRACT>.<SUBJECT_CODE>.但是每条记录中可能某些字段信息为空, 在导出的文本文件中,就会缺失这个字段,如记录3,缺失<ABSTRACT>这个字段,记录4,缺失<SUBJECT_CODE>这个字段. <REC>(记录1) <TITLE>=Regulation of the pr…

As enterprises have adopted open-source monitoring tools, there is growing market demand by enterprises that were not comfortable relying on community support channels. This created a business opportunity for commercial open-source vendors to enter t…

在疯狂java中,多态是这样解释的: 多态:相同类型的变量,调用同一个方法时,呈现出多中不同的行为特征, 这就是多态. 加上下面的解释:(多态四小类:强制的,重载的,参数的和包含的) 同时, 还用人这解释: 多态性是Java面向对象的一个重要机制,本文将向您详细介绍Java语言中多态性的实现原理和方法,通过多态一点带出更多Java面向对象有趣而实用的知识. 多态性是面向对象程序设计代码重用的一个重要机制,我们曾不只一次的提到Java多态性.在Java运行时多态性:继承和接口的实现一文中,我们曾详…

[注]该系列文章以及使用到安装包/测试数据 可以在<倾情大奉送--Spark入门实战系列>获取 .MLlib实例 1.1 聚类实例 1.1.1 算法说明 聚类(Cluster analysis)有时也被翻译为簇类,其核心任务是:将一组目标object划分为若干个簇,每个簇之间的object尽可能相似,簇与簇之间的object尽可能相异.聚类算法是机器学习(或者说是数据挖掘更合适)中重要的一部分,除了最为简单的K-Means聚类算法外,比较常见的还有层次法(CURE.CHAMELEON等).网格…

理论原理部分可以看这一篇:http://www.cnblogs.com/charlesblc/p/6109551.html 这里是实战部分.参考了 http://www.cnblogs.com/shishanyuan/p/4747778.html 采用了三个案例,分别对应聚类.回归和协同过滤的算法. 我觉得很好,需要每一个都在实际系统中试一下. 更多api介绍可以参考 http://spark.apache.org/docs/2.0.1/ml-guide.html 1.1 聚类实例 1.1.1 …

多态性是面向对象程序设计代码重用的一个重要机制,我们曾不只一次的提到Java多态性.在Java运行时多态性:继承和接口的实现一文中,我们曾详细介绍了Java实现运行时多态性的动态方法调度:今天我们再次深入Java核心,一起学习Java中多态性的实现. “polymorphism(多态)”一词来自希腊语,意为“多种形式”.多数Java程序员把多态看作对象的一种能力,使其能调用正确的方法版本.尽管如此,这种面向实现的观点导致了多态的神奇功能,胜于仅仅把多态看成纯粹的概念. Java中的多态总是子类型…

(下文内容为转载,不过已经不清楚原创的是哪里了,特此说明) 转自: http://www.cnblogs.com/dotLive/archive/2006/10/09/524633.html 该网址下面有更多的讨论. 最小二乘法(least squares analysis)是一种 数学 优化 技术,它通过 最小化 误差 的平方和找到一组数据的最佳 函数 匹配. 最小二乘法是用最简的方法求得一些绝对不可知的真值,而令误差平方之和为最小. 最小二乘法通常用于 曲线拟合 (least squares…

介绍 本文将介绍如何编写一个只有200行的Python脚本,为两张肖像照上人物的“换脸”. 这个过程可分为四步: 检测面部标记. 旋转.缩放和转换第二张图像,使之与第一张图像相适应. 调整第二张图像的色彩平衡,使之与第一个相匹配. 把第二张图像的特性混合在第一张图像中. 完整的源代码可以从这里下载: https://github.com/matthewearl/faceswap/blob/master/faceswap.py 1．使用dlib提取面部标记 该脚本使用dlib的Python绑定来提…

一.使用背景 近期在Xcode中使用OpenGL ES 2.0实现一些效果,刚开始存在一些性能问题(CPU和GPU),幸运的是Xcode中自带了免费的性能工具Instruments,其中包含OpenGL ES Analysis,查找方法如图1,图2所示,英文好的童鞋可以访问Apple官方提供的资料(https://developer.apple.com/library/content/documentation/3DDrawing/Conceptual/OpenGLES_ProgrammingG…

面向对象编程的基本理念与核心设计思想 解释下多态性(polymorphism),封装性(encapsulation),内聚(cohesion)以及耦合(coupling). 继承(Inheritance)与聚合(Aggregation)的区别在哪里. 你是如何理解干净的代码(Clean Code)与技术负债(Technical Debt)的. 描述下常用的重构技巧. 阐述下 SOLID原则. 其他的譬如 KISS,DRY,YAGNI 等原则又是什么含义. 什么是设计模式(Design Patte…

CyclicBarrier类介绍A synchronization aid that allows a set of threads to all wait for each other to reach a common barrier point. CyclicBarriers are useful in programs involving a fixed sized party of threads that must occasionally wait for each other.…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于人的尿蛋白质组学的文章,题目是Comprehensive analysis of individual variation in the urinary proteome revealed significant gender differences,通讯作者是北京师范大学的Youhe Gao,北京肾病临床研究中心的Di Wu和北京协和医学院的Wei Sun. 尿液是一种无创可得的生物样本,它积累…

1.MLlib实例 1.1 聚类实例 1.1.1 算法说明 聚类(Cluster analysis)有时也被翻译为簇类,其核心任务是:将一组目标object划分为若干个簇,每个簇之间的object尽可能相似,簇与簇之间的object尽可能相异.聚类算法是机器学习(或者说是数据挖掘更合适)中重要的一部分,除了最为简单的K-Means聚类算法外,比较常见的还有层次法(CURE.CHAMELEON等).网格算法(STING.WaveCluster等),等等. 较权威的聚类问题定义:所谓聚类问题,就是给…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics.上的一篇关于富马酸二甲酯在脑细胞蛋白质中新作用靶点的鉴定及功能性验证的文章,题目是Identification of Novel Protein Targets of Dimethyl Fumarate Modification in Neurons and Astrocytes Reveals Actions Independent of Nrf2 Stabilization,通讯作者是南卡罗来纳大学的N…

大家好,本周分享的是发表在MCP上的一篇关于鸟枪蛋白质组学中的错误率的文章,题目是Integrated identification and quantification error probabilities for shotgun proteomics,作者是瑞典皇家理工学院的Matthew The 和Lukas Kall. 鸟枪法蛋白质组学中蛋白的无标定量存在诸多误差.蛋白的鉴定就是其中的一个来源.然而人们经常忽略某些错误源,且在后续步骤中认为过滤得到的列表是完全正确的,这两个错误的累加很…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics. 上的一篇关于蛋白质组学样本质谱分析前处理方法改进的文章,题目是Protein aggregation capture on microparticles enables multi- purpose proteomics sample preparation,通讯作者是丹麦哥本哈根大学的Jesper V. Olsen. 对于蛋白质组学研究人员来说,在进行质谱分析之前,一个良好的蛋白样本制备方法可以有效降低…

算法说明 聚类(Cluster analysis)有时也被翻译为簇类,其核心任务是:将一组目标object划分为若干个簇,每个簇之间的object尽可能相似,簇与簇之间的object尽可能相异.聚类算法是机器学习(或者说是数据挖掘更合适)中重要的一部分,除了最为简单的K-Means聚类算法外,比较常见的还有层次法(CURE.CHAMELEON等).网格算法(STING.WaveCluster等),等等. 较权威的聚类问题定义:所谓聚类问题,就是给定一个元素集合D,其中每个元素具有n个可观察属性,…

<Python for Data Analysis>一书由Wes Mckinney所著,中文译名是<利用Python进行数据分析>.这里记录一下学习过程,其中有些方法和书中不同,是按自己比较熟悉的方式实现的. 第四个实例:USDA Food Database 简介:美国农业部(USDA)制作了一份有关食物营养信息的数据 数据下载地址: https://github.com/wesm/pydata-book/tree/2nd-edition/datasets/usda_food 准备…

catalog . 引言 . sandbox introduction . Sandboxie . seccomp(short for secure computing mode): API级沙箱 . 利用do_syscall_trace一次性对所有系统调用进行Hook监控 . cuckoo . Detux . remnux . Noriben Malware Analysis Sandbox . Limon Sandbox for Analyzing Linux Malwares . 基于do…

读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=.=)一大堆问题等着我去解决...所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案- ××××××××××××××××××我是分割线么么哒××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××× 1. PCoA: Principal coordinates analysis 如何绘制的?原理如何? 2. FDR: false discovery rate 如何计算的? Ans: 在多重检验(multiple test…

http://www.chromium.org/Home/chromium-security/client-identification-mechanisms Chromium‎ > ‎Chromium Security‎ > ‎ Technical analysis of client identification mechanisms Written by Artur Janc <aaj@google.com> and Michal Zalewski <lcamtuf@g…