如何画出高级感的曼哈顿图，Manhattan++工具介绍

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如何画出高级感的曼哈顿图，Manhattan++工具介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解,Manhattan的升级版. 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢. 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上. 可视化很漂亮,特别有高级感. 好了,以下进入主题,讲讲怎么画这个图. 1 准备需要的输入文件需要的输入文件有三个,分别是infile, configfile, snpfile infile的文件格式如下: i…

【机器学习】【条件随机场CRF-3】条件随机场的参数化形式详解 + 画出对应的状态路径图 + 给出对应的矩阵表示

1.条件随机场概念CRF,Conditional Random Field,是给定一组输入随机变量条件下另一组输出随机变量的条件概率分布模式,其特点是假设输出随机变量构成马尔可夫随机场. 条件随机场用于不同的预测问题.CRF条件随机场是给定随机变量X时,随机变量Y的马尔可夫随机场. 有一种条件随机场是线性链条件随机场(Linear Chain Conditional Random Field).线性链条件随机场可以用于标注等问题.then,在条件概率P(Y|X)中,Y是输出变量,表示标记序列,X…

从BUG工具redmine上获取数据后借助python模块pycha 画出BUG分析类报表

整体代码比较冗长,但是很好读.写的方法全是按照BUG分类去写的.所以写死了,凑合看吧,画出饼图,树状图和生成对应的数据excel,希望大家举一反三能帮助自己分析BUG #__author__ = 'xu.duan' # -*- coding: utf-8 -*- import cairo import pycha.pie import pycha.bar import pycha.scatter import pycha.stackedbar import pycha.line import t…

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上…

R语言画全基因组关联分析中的曼哈顿图（manhattan plot）

1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(…

achartengine画出动态折线图

achartengine画出动态折线图的效果最近有个项目需要用到实时曲线图,我也上网搜索了一下,最后还是选择使用achartengine这个现成的东西,毕竟自己再canvas一下实在是太麻烦,而且项目时间上也不允许,虽然这个画图引擎比较简单,不过勉强够用了. 下一步问题就来了,我仓促上手,只会画静态图,就是事先定义好几个坐标,然后activity载入的时候折线就已经画好了,可是我的项目要求我每隔一秒种都要把新搜集到的数据添加到图表中去,类似于windows中那个任务管理器里的性能统计图,网上搜来…