【org.Hs.eg.db】的更多相关文章

org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换)

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))…

org.Hs.eg.db

bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db"…

R 语言 select函数在org.Hs.eg.db上的运用

首先org.Hs.eg.db是一个关于人类的 一,在R中导入包library(org.Hs.eg.db) http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html (在org.Hs.eg.db导入前需要导入一些其它的包,按要求导入就行) 二,查看org.Hs.eg.db里面的数据类型 三,看你拥有什么类型的数据 e.g 1,"ENSEMBL" (来源于:http://www.b…

使用clusterprofile做聚类分析

library(clusterProfiler ) #cat test.txt gene_symbol EXOSC10ARHGEF10LVWA5B1SRRM1PTAFRCSMD2SH3GLB1GBP6ZNF326AKNAD1STRIP1GOLPH3L............... a <- read.table("test.txt",colClasses = "character")b <- a[,1]eg = bitr(b, fromType=&quo…

R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster…

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

org注释包

1.注释包 物种 OrgDB 按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db 拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db 牛(Brovine) org.Bt.eg.db 蠕虫(Worm) org.Ce.eg.db 犬(Canine) org.Cf.eg.db 苍蝇(Fly) org.Dm.eg.db 斑马鱼(Zebrafish) org.Dr.eg.db 大肠杆菌 strain K12(E coli strain K12) org.EcK12.eg.db 大肠杆菌str…

java基础学习总结——线程(一)

一.线程的基本概念…

探索gff/gtf格式

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto…

探索Bioconductor数据包

参考: R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介…