GTF/GFF文件的差异及其相互转换

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name…

diff 比较两个文件的差异

功能:比较两个文件的差异,并把不同地方的信息显示出来.默认diff格式的信息. diff比较两个文件或文件集合的差异,并记录下来,生成一个diff文件,这也是我们常说的补丁文件.也使用patch命令对相应的文件打补丁.differential [ˌdɪfəˈrenʃəl] 语法:diff [options] FILESFILES的格式: FILE1 FILE2 :源是一个文件,目标也是文件.这两个文件必须是文本文件.以逐行的方式,比较文本文件的异同处.DIR1 DIR2 :源是一个…

delphi 创建DBASE和FOXPRO两类DBF数据文件的差异

delphi 创建DBASE和FOXPRO两类DBF数据文件的差异,主要有几点: 1.创建方法不同 DBASE的创建方法: Self.Table1.Close; Self.Table1.Active :=False; Self.Table1.DisableControls; Self.Table1.DatabaseName:=Path; Self.Table1.TableName:=Fname; Self.Table1.TableType :=ttDBase;//与FoxPro的不同 Self.…

文件夹差异文件对比工具 meld

/***************************************************************************************** * 文件夹差异文件对比工具 meld * 说明: * 之前就听说Lee使用文件夹文本差异对比软件winmerge,不过如果要在Linux下使用,那么就要 * 装wine才行了,索性还是换一个在Linux下通用的比较好,于是选择了meld. * * 2016-9-15 深圳南山平山村曾剑锋 ************…

JAVA中文件与Byte数组相互转换的方法

JAVA中文件与Byte数组相互转换的方法,如下: public class FileUtil { //将文件转换成Byte数组 public static byte[] getBytesByFile(String pathStr) { File file = new File(pathStr); try { FileInputStream fis = new FileInputStream(file); ByteArrayOutputStream bos = new ByteArrayOutp…

从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要…

git使用记录八：不同提交的指定文件的差异

不同提交的指定文件的差异 git diff commit-id1 commit-id2 path-to-filename…

使用DOS比较两个txt文件的差异

将两个文件放入到同一个文件夹下 DOS下提供了FC命令点击开始->运行->输入cmd,进入DOS下,进入指定目录,输入FC a.txt b.txt进行比较,下面会显示出之间的差异…

rsync 文件同步(差异复制)

Rsync 是一种快速且极其通用的文件复制工具.以其 Delta 传输算法,通过仅发送源文件和目标中现有文件之间的差异来减少通过网络发送的数据量 Rsync 的几种复制方式:Local,SSH 和 RSH,TCP(rsync://URL)(但不支持在两个远程主机之间复制文件) 本地访问: rsync [OPTION...] SRC... [DEST] 通过远程 shell 访问: 拉取 Pull: rsync [OPTION...] [USER@]HOST:SRC... [DEST] 推送 Pu…

git比较两个分支的文件的差异

Git diff branch1 branch2 --stat //显示出所有有差异的文件列表 Git diff branch1 branch2 文件名(带路径) //显示指定文件的详细差异 Git diff branch1 branch2 //显示出所有有差异的文件的详细差异…

git 比较不同版本文件的差异

Git 比较不同版本文件差异的常用命令格式: git diff 查看尚未暂存的文件更新了哪些部分 git diff filename 查看尚未暂存的某个文件更新了哪些 git diff –cached 查看已经暂存起来的文件和上次提交的版本之间的差异 git diff –cached filename 查看已经暂存起来的某个文件和上次提交的版本之间的差异 git diff ffd98b291e0caa6c33575c1ef465eae661ce40c9 b8e7b00c02b95b320f14b…

Python自动化运维——文件内容差异对比

Infi-chu: http://www.cnblogs.com/Infi-chu/ 模块:difflib 安装:Python版本大于等于2.3系统自带功能:对比文本之间的差异,而且支持输出可读性比较强的HTML文档,与Linux中的diff命令比较相似. 两个字符串的差异对比: #import difflib #text1='’’ #hello world. #how are you. #nice to meet you. #'’’ #text1_lines=text1.splitlines…

diff比较两个文件的差异

1.diff -ruN a.txt b.txt>patch.txt比较第二个文件与第一个文件相比的变化,并将变化添加到patch.txt文件中,-表示删除的行,+表示添加的行 2.下面的,“<”表示第一个文件中的差异,“>”表示第二个文件中的差异,“---”用于区分两个文件,“5c5”表示第一个文件的第5行和第二个文件的第5行[hui@localhost t]#diff a.txt b.txt5c5< bdc---> der9c9< aa---> cc…

SQL2012还原数据库操作在本地服务器上操作和用别的电脑远程连接到服务器进行操作的文件路径差异

在数据库服务器上想还原一个数据库到某个备份文件时期的,服务器的数据库文件本身是保存在 D:\DEVDB目录通过开发电脑上的MS manager来连接数据库服务器操作还原虽发现文件卡项上,原始文件名与"还原为"的文件路径有所不同, 但由于想着是选了"覆盖现有数据库"方式进行还原,像以前操作sql2000一样,以为还原后的数据库会自动替换原文件结果还原成功好,发现 D:\DEVDB目录下的数据库文件已经不见了,而是被移到了C:\Program Files\Micr…

C# 文件比较差异

参考:https://www.cnblogs.com/vaevvaev/p/7115721.html 这里我就比较2个文件使用了fc命令. 2个文件路径如下 path1,path2 static void Main(string[] args) { string path1 = @"C:\Users\Tyler\Desktop\1.txt"; string path2 = @"C:\Users\Tyler\Desktop\2.txt"; string resul…

文件二进制与String相互转换

//转换base64 OpenFileDialog dialog = new OpenFileDialog(); //dialog.Filter = "所有文件(*.*)|*.*"; dialog.CheckFileExists = true; dialog.ShowDialog(); if (!string.IsNullOrEmpty(dialog.FileName)) { try { byte[] byteArray = FileBinaryConvertHelper.File2B…

linux比较两个文件的差异

1. vimdiff $ vimdiff in.txt out.txt 垂直打开: vimdiff point.c point-a.c 水平打开: vimdiff -o point.c point-a.c 保存所有文件并退出:wqa! 不保存所有文件并退出:qa! vimdiff依赖于diff命令,在使用之前确保你的系统有diff命令,更多操作参考vim手册. 2.diff man diff $ diff in.txt out.txt Re: 1.vimdiff; 2…

文件内容差异对比-python

上次没精力时候,看了下python自动化运维,给print加了颜色,新鲜哒今天来写写文件对比 step1:引入difflib库(无需安装,python自带) step2:将文件内容按行分割,splitlines() step3: 用difflib.Differ()类的compare() 方法比对2个字符串列 step3RE: 用difflib.HtmlDiff() 类,输出html格式的比对…

linux对比两个文件的差异

gff文件提取cds

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; ########input######## ];my $cut = &cut($gff);my %cut = %$cut; ],],]); #########main####### my %hash_2 = %{$cut{$gene_name}}; foreach my $key_2(keys %hash_2) { ][]+-;][]-+; print "$gene_name\t$key_2\t$arr[…

使用Python自带difflib模块进行文件内容差异对比

difflib_text.py #!/usr/bin/python import difflib import sys try: textfile1=sys.argv[1] textfile2=sys.argv[2] except Exception,e: print "Error:"+str(e) print "Usage: difflib_text.py filename1 filename2" sys.exit() def readfile(filename)…

object与byte[]的相互转换、文件与byte数组相互转换

转载自 https://blog.csdn.net/scimence/article/details/52233656 object与byte[]互转 /// <summary> /// 工具类:对象与二进制流间的转换 /// </summary> class ByteConvertHelper { /// <summary> /// 将对象转换为byte数组 /// </summary> /// <param name="obj&quo…

GFF format

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data.自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htse…