1.Hard and soft selective sweeps 长期以来,快速适应主要与选择作用于高度多基因的数量性状有关,例如在育种试验期间.这些性状可以通过对大量已经存在的多态性的群体频率的微小调整,对选择压力的变化作出快速反应.在这个所谓的“无穷小模型”下,适应性预计会在群体基因组数据中留下微妙的特征,因为潜在的多态性可能在群体中存在了足够长的时间,从而与其周围的遗传变异脱钩.然而,最近的研究表明,快速适应往往只涉及少数几个具有巨大个体效应的等位基因,而这些等位基因以前在种群中很少见,甚…

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因…

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac…

操作系统安装   在vmware下安装Linux (OEL5.6),用于数据库服务器 1.打开vmware,选择"创建新的虚拟机"       2.选择自定义安装   3.选择虚拟机硬件兼容性(默认设置) 4.选择安装程序光盘映像文件 5.给虚拟机命名(KS)并且指定位置 6.处理器配置(以物理cpu为准,这里设置没有效果) 7.给虚拟机设置内存 8.选择设置网络类型 9.选择I/O控制器类型 10.选择磁盘类型 11.选择磁盘(创建新的磁盘) 12.指定磁盘容量 (40G) 13.指…

一.准备: 1.1 安装依赖软件 如果系统为基本文本安装,需要安装一下软件  yum -y install ipvsadm yum -y install kernel kernel-devel reboot   重启系统切换内核 yum -y install openssl-devel 1.2 安装好这些软件之后,注意看是否安装好了GCC这些编译器,如果没有,安装GCC编译器 yum -y install gcc yum -y install gcc-c++ yum install make -…

Linux下find命令在目录结构中搜索文件,并执行指定的操作.Linux下find命令提供了相当多的查找条件,功能很强大.由于find具有强大的功能,所以它的选项也很多,其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下.即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统中同样有效,只你具有相应的权限. 在运行一个非常消耗资源的find命令时,很多人都倾向于把它放在后台执行,因为遍历一个大的文件系统可能会花费很长的时间(这里是指30G字节以上的文件系统). 1．命令格式: find pat…

因篇幅过长,故分为两节,上节主要说明hadoop运行环境和必须的基础软件,包括VMware虚拟机软件的说明安装.Xmanager5管理软件以及CentOS操作系统的安装和基本网络配置.具体请参看: [HADOOP]| 环境搭建:从零开始搭建hadoop大数据平台(单机/伪分布式)-上 6. Linux节点配置 设置主机名:根据规划修改主机名,执行hostnamectl set-hostname hdoop1,修改主机名并写入配置文件,使用hostname查看当前生效的主机名. 关闭防火墙:使用s…

背景:find命令十分的好用,特别是在查找文件的时候,这个时候需要和文件通配符一起使用. 1 前言 我们为什么要学会使用find命令? 每一种操作系统都有成千上万的文件组成,对于linux这样“一切皆文件”的操作系统来说更不例外,大家应该都能很轻松使用windows下的文件查找功能,但是对linux这一功能可能并不是很熟悉. 其实想玩linux的你更要牢牢掌握这个命令,因为linux不像windows那样有固定的文件名后缀,并且因为linux阵营下百家争鸣的特性,一个相同的文件在不同的发行版,可…

1.利用共享文件夹复制本地硬盘下(H:/share)的压缩包到指定目录 cp jdk-8u161-linux-x64.tar.gz /soft/jdk 2.进入/soft/jdk目录下,解压jdk到当前目录 tar -zxvf jdk-8u161-linux-x64.tar.gz 3.解压完成后设置环境变量,在/etc/profile文件里添加环境变量 vi /etc/profile 4.在前面添加 export JAVA_HOME=/soft/jdk/jdk1.8.0_161 export J…