samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量.以“PASS + FAILED”格式显示.还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论. 命令格式: samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 运行flagstat命令…

###https://www.biostars.org/p/195758/ Left reads: Input : 49801387 Mapped : 46258301 (92.9% of input) of these: 1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20) Right reads: Input : 49801387 Mapped : 45542088 (91.4% of input) of these: 1680…

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)…

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到…

功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

1)samtools简介--------------------------------------------------------------------------背景:前面我们讲过sam/bam格式,sam文件虽然是可读的文本文件形式,但是通常是非常大,因此一般会对其压缩来节省磁盘空间,且对于很多软件来说,相比于对sam文件,对bam文件进行处理更加有效.SAMtools 是一款优秀的用以解析.处理sam/bam格式文件的一种软件包工具.其详细的文档可以在其官网里面找到.它主要包含以下…

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam…

1.sam,bam的格式转换: $samtools view -sb file.sam >file.bam $samtools view -sb file.sam -o file.bam #sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools view file.bam>file.sam$samtools view -h file.bam -o file.sam#bam文件转换为sam文件 2.对bam文件进行排序 $samtools sort -n -o…

samtools flagstat /SRA111111/SRR111222/accepted_hits.bam 78406056 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) (1)0 + 0 duplicates78406056 + 0 mapped (100.00%:-nan%)  (2)78406056 + 0 paired in sequencing (3)39915264 + 0 read1 (4)38490792 + 0 read…