转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

GEO  Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.GPL GEO Series Study  GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能会涉及不同平台. GEO DataSet  GDS号(GDSxxx)对应的是一个同一平台的数据集,这些包括包括从微整列和高通量序列技术生成的数据. GEO Sample …

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

可以拿来用的JavaScript实用功能代码(可能会有些bug,用时稍微修改下,我用了几个还可以) 转载自 1.原生JavaScript实现字符串长度截取 function cutstr(str, len) { //str:截取的字符串 len:截取的长度为len-1 var temp; var icount = 0; var patrn = /[^\x00-\xff]/; var strre = ""; for (var i = 0; i < str.length; i++)…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

Win7 64位系统下通过VS2015编译好的最新的OpenSSL(1.0.2j)所有八个版本的链接库, 包含以下八个版本: 1.32位.debug版LIB: 2.32位.release版LIB: 3.32位.debug版DLL: 4.32位.release版DLL: 5.64位.debug版LIB: 6.64位.release版LIB: 7.64位.debug版DLL: 8.64位.release版DLL: http://download.csdn.net/detail/yaojingkao/…

使用的内核:linux-3.4.2 参考源码:第32课_新内核下的I2C驱动\i2c\1th_i2c_new_device第2课第1.1.7节文档和图片(从0写USB摄像头)\myuvc 设备地址:写 -- 0x42(01000010)读 -- 0x43(01000011) 8bit的地址 = 7bit设备地址 + 1bit的读/写控制位 设备地址 = 0100001 = 0x21 问:为什么需要复位摄像头模块?答:IIC能够正常操作CMOS摄像头模块内部的寄存器的前提是: -- 提供符合它需求…

32.1.sed介绍: 1.sed(sed软件常称做)是流编辑器,是操作.过滤.和转换文本内容的工具: 2.sed的模式空间和保持空间介绍: (1)模式空间:sed处理文本内容行的一个临时缓冲区,模式空间中的内容会主动打印到标准输出,并自动清空模式空间: 1)模式空间命令: -n:清空当前的模式空间,然后读入下一行: -N:不清空当前的模式空间,然后读入下一行 2)模式空间中的内容为: 1\n101,oldboy,CEO 2\n102,zhangyao,CTO (2)保持空间:sed处理文本内容…

32.1.JavaScript概述: 1.JavaScript的历史: 1992年Nombas开发出C-minus-minus(C--)的嵌入式脚本语言(最初绑定在CEnvi软件中),后将其改名ScriptEase(客户端执行的语言). Netscape(网景)接收Nombas的理念,(Brendan Eich)在其Netscape Navigator 2.0产品中开发出一套livescript的脚本语言,Sun和Netscape共同完成, 后改名叫Javascript. 微软随后模仿,在其IE…

零 标题:算法(leetode,附思维导图 + 全部解法)300题之(32)最长有效括号 一 题目描述 二 解法总览(思维导图) 三 全部解法 1 方案1 1)代码: // 方案1 "滑动窗口法". // 通过:229 / 231,超时! // 例子:太长,暂不罗列. // 思路: // 1)初始化状态. // 2)核心:窗口大小固定为 tempL(范围:[l, 0] ) ,不断穷举所有的可能情况.然后做处理 // tempL:当前窗口大小, left.right 分别为当前窗口的左右…

目录 1.test测试命令 (1)test命令介绍 (2)test命令使用方式 (3)示例 2.按照文件类型进行判断 3.按照文件权限进行判断 4.两个文件之间进行比较 5.两个整数之间比较 6.字符串的判断 7.多重条件判断 1.test测试命令 (1)test命令介绍 在Shell中的test测试命令,用于测试某种条件或某几种条件是否真实存在. 在Shell中的test测试命令,是判断语句和循环语句中条件测试的工具.test命令经常用于对判断语句进行测试,用于检查某个条件是否成立,它可以进行…

一. 授权,也叫访问控制,即在应用中控制谁能访问哪些资源(如访问页面/编辑数据/页面操作等).在授权中需了解的几个关键对象:主体(Subject).资源(Resource).权限(Permission).角色(Role). 1. 主体 主体,即访问应用的用户,在Shiro中使用Subject代表该用户.用户只有授权后才允许访问相应的资源. 资源 在应用中用户可以访问的任何东西,比如访问JSP页面.查看/编辑某些数据.访问某个业务方法.打印文本等等都是资源.用户只要授权后才能访问. 权限 安全策略…

1.AuthenticationStrategy实现 //在所有Realm验证之前调用 AuthenticationInfo beforeAllAttempts( Collection<? extends Realm> realms, AuthenticationToken token) throws AuthenticationException; //在每个Realm之前调用 AuthenticationInfo beforeAttempt( Realm realm, Authentica…

chr(9) tab空格       chr(10) 换行      chr(13) 回车        Chr(13)&chr(10) 回车换行       chr(32) 空格符       chr(34) 双引号       chr(39) 单引号 chr(33) !        chr(34) "        chr(35) #        chr(36) $        chr(37) %        chr(38) &        chr(39) '   …

条款32 确保你的public继承塑模出is-a关系 记住: ★public继承意味着is-a.适用于base class身上的每一件事情一定也适用于derived class身上,∵每一个derived class对象也都是一个base class对象. 条款33 避免遮掩继承而来的名称 记住: ★derived classes内的名称会遮掩base classes内的名称.在public继承下从来无人希望如此 ★为了让被遮掩的名称再见天日,可使用using声明式或转交函数 ---------…

chr(9) tab空格       chr(10) 换行      chr(13) 回车        Chr(13)&chr(10) 回车换行       chr(32) 空格符       chr(34) 双引号       chr(39) 单引号 chr(33) !        chr(34) "        chr(35) #        chr(36) $        chr(37) %        chr(38) &        chr(39) '   …

Core Data 使用 “带符号的整数”,通常我们会选择Integer 32,如果不够,可以升级为Integer 64 (第3章),通过升级托管对象模型. 这三种类型对应的特性(Property)类型为NSNumber.…

版权声明:本文为博主原创文章.未经博主同意不得转载. https://blog.csdn.net/cutter_point/article/details/32301839 定制操作_2 完整的biggies 好吧上一章是有点2B了,我的,昨天可能是刚考完心情有点小激动就不想学习了,我错了! . /** * 功能:定制操作 * 时间:2014年6月19日07:32:03 * 作者:cutter_point */ #include<iostream> #include<vector>…

分布式应用 在分布式系统中,国内常用zookeeper+dubbo组合,而Spring Boot推荐使用全栈的Spring, Spring Boot+Spring Cloud. 分布式系统: Zookeeper和Dubbo ZooKeeper ZooKeeper 是一个分布式的,开放源码的分布式应用程序协调服务. 它是一个为分布式应用提供一致性服务的软件,提供的功能包括:配置维护. 域名服务.分布式同步.组服务等. Dubbo  Dubbo是Alibaba开源的分布 式服务框架,它最大的特点是按…

接着上节,我们通过jsonify返回json数据非常方便 ... return jsonify({"code": 400, "message": message}) 返回什么数据则是公司接口编写的规范 返回值的规范(就算值为空,我们也必须返回以下字段) { "code": 200, #状态码 "message": "", #信息提示 "data": {}, #返回的数据,比如文章列表等等…

我的收藏有3个页面:课程机构,授课教师,公开课程 课程机构 1.编辑usercenter-fav-org.html继承usercenter-base.html 2.编辑users.views.py ... from operation.models import UserFavorite class MyFavOrgView(LoginRequiredMixin, View): def get(self, request): user_orgs = UserFavorite.objects.fi…

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主同意不得转载. https://blog.csdn.net/cutter_point/article/details/32066151 定制操作 向算法传递函数 用 sort 接受第三个參数!! 谓词 bool isShorter(const string &s1, const string &s2) { return s1.size()<s2.size(); } int main() { //按长度由短至长排序words sort(words.…

0.java绘制shape 在官方API介绍中: ShapeDrawable:This object can be defined in an XML file with the <shape> element(这个对象可以用<shape>元素在xml文件中定义) GradientDrawable:This object can be defined in an XML file with the <shape> element(这个对象可以用<shape>…

  题目描述:   输入一个正整数数组,把数组里所有数字拼接起来排成一个数,打印能拼接出的所有数字中最小的一个.例如输入数组{3,32,321},则打印出这三个数字能排成的最小数字为321323.   解题思路:   本题最直观的解法就是求出数组中所有数字的全排列,然后比较所有的排列,最后找到最小的排列,但是时间复杂度为O(n!),所以不是一个好的解法.   换一种思路可以发现,本题实际上希望我们找到一个排序规则,数组根据这个排序规则进行重排之后可以连成一个最小的数字.要确定这样的排序规则,也就…

chr(9) tab空格       chr(10) 换行      chr(13) 回车        Chr(13)&chr(10) 回车换行       chr(32) 空格符       chr(34) 双引号       chr(39) 单引号 chr(33) !        chr(34) "        chr(35) #        chr(36) $        chr(37) %        chr(38) &        chr(39) '   …

一.MySQL简介 1.数据库管理软件分类 主要分为关系型和非关系型. 可以简单的理解为,关系型数据库需要有表结构,非关系型数据库是key-value存储的,没有表结构. 关系型:如sqllite,db2,oracle,access,sql server,MySQL,注意:sql语句通用. 非关系型:mongodb,redis,memcache 2.MySQL MySQL是一个关系型数据库管理系统 ,由瑞典MySQL AB 公司开发,目前属于 Oracle 旗下产品.MySQL 是最流行的关系型…