在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

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在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

技术背景在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件.因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题.现有的比较常见的方式,大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式.这两种方式各有优劣,明文存储可读性较好,二进制文件压缩率较好,不会占用太大的空间.又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索,因此二进制文件是一个更好的存储格式选项.如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域,在其他数据领域经常用的格式有npz等.而经过…

VMD可视化hdf5格式的分子坐标文件

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件,可以非常直观方便的展示分子的运动过程.而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件.这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件--hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式,对于规模较大的数据集有很好的性能支持. 安装hdf5插件这里本地使用的是Ubuntu20.04的系统,如果是其他系统,有可能需要针对性的修改下.首先我们将这个hdf5插件的源码下…

caffe上使用hdf5格式文件以及回归（regression）问题

最近用caffe做了一下regression问题,先用data layer中的data,float_data试了一下,data用来存放图片,float_data存放regression的values,label存放标签,发现不行,因为float_data和label这俩是指向同一块内存,两者不能共存,除非改caffe源码.我又仔细看了一下caffe的源码,发现我这个地方说的不对,具体来讲,caffe读取image和label是这样一个流程: 1.编写程序将image和label转换成Datum格…

实现android上解析Json格式数据功能

实现android上解析Json格式数据功能,该源码转载于安卓教程网的,http://android.662p.com ,个人感觉还不错的,大家可以看看一下吧. package com.practice.json; import org.json.JSONArray; import org.json.JSONException; import org.json.JSONObject; import android.app.Activity; import android.os.Bundle; i…

HTML5 上播放视频格式兼容性

视频格式当前,video 元素支持三种视频格式: 格式 IE Firefox Opera Chrome Safari Ogg No 3.5+ 10.5+ 5.0+ No MPEG 4 9.0+ No No 5.0+ 3.0+ WebM No 4.0+ 10.6+ 6.0+ No Ogg = 带有 Theora 视频编码和 Vorbis 音频编码的 Ogg 文件 MPEG4 = 带有 H.264 视频编码和 AAC 音频编码的 MPEG 4 文件 WebM = 带有 VP8 视频编码和 Vorb…

（24）ajax上传json格式的数据

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上传base64格式的图片到服务器

上传base64格式的图片到服务器 /**bash64上传图片 * @param $base64 图片的base64数据 * @param $path 保存路径 */ function base64_upload($base64, $path) { //POST过程中(加号会被替换成空格) $base64_image = str_replace(' ', '+', $base64); if (preg_match('/^(data:\s*image\/(\w+);base64,)/', $bas…