输入 input.txt ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA ATTCGATTATAAGCACT…

背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Denovo组装流程:原始数据--数据过滤--纠错--kmer分析--denovo组装. 组装测序策略:根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值,构建contig所需的数据量以及所需的构建的文库数量.对于植物基因组一般考虑的是大kmer(>31),动物一般在27左右,具体根据基因组情况调整.需要在短片段数据…

已知 genomic_dna.txt TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCAT…

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量,需要对接头进行截断处理,并过滤过短的reads,用python写了一个简短的程序,指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到,并且长度小于50bp的reads过滤,在以下程序基础上添加传入参数,可以适用比较多的情况(单端.双端.含有single等): import sys import re from…

strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_t count); strncmp函数的语法参数说明如表2.4所示. 表2.4  参数说明 参    数描    述string1 给定的字符串string2 给定的字符串count 要进行比较的长度 返回值:当string1大于string2时,返回1:等于时,返回0:小于时,返回-1. 示例 …

原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : Newtuple) 函数作用: 生成特定长度的元组及初始化元素,参数Length为新元组的元素个数,如果输入Length是浮点型,只取其整数部分. 新元组生成的个数及值是由输入参数Const决定的,Const只由一个元素组成.元组中所有的元素的数据类型和值同于参数Const. 参数列表: Lengt…

Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path using System.Windows.Forms; 控制台程序添加System.Windows.Forms; 因为是控制台应用程序,还要去添加引用 //获取了应用程序路径,不包括可执行文件名称. string path1 = Application.StartupPath; Console.Write…

Python关于去除字符串中空格的方法 在编写程序时我们经常会遇到需要将字符串中的空格去掉的情况,通常我们可以使用下面几种解决方法: 1.strip()方法:该方法只能把字符串头和尾的空格去掉,但是不能将字符串中间的空格去掉. s=' This is a demo ' print(s.strip()) lstrip():该方法只能把字符串最左边的空格去掉. s=' ! This is a demo ' l='!' print(s.lstrip()+l) rstrip():该方法只能把字符串最右边…

python 中去除空格的方法: def trim(s): l=[] for i in s: if i!=' ': l.append(i) return ''.join(l) 其中可以使用下面的 ''.join(list) ','.join(list) python 去除收尾空格的方法: def trim(s): while len(s)!=0: if s[0]==' ': s=s[1:] elif s[-1]==' ': s=s[:-1] else: break return s # 测试:…